В специальном обращении литовского подполья к римскому папе Пию XII в середине 1949 года содержался призыв к решительным действиям западных держав, пока СССР не ликвидировал атомную монополию США: «Обладание атомной энергией усыпило мир. Скоро большевизм будет иметь оружие такой же мощности… Нас бросили на смерть в Ялте и Потсдаме. Теперь повторяют ту же ошибку». В случае же отказа Запада забросать СССР атомными бомбами «бойцы за свободу» требовали хотя бы радиопропаганды на литовском языке.
С 1951 года начались регулярные радиопередачи «Голоса Америки» на литовском, латышском и эстонском языках. 17 августа 1951 года палата представителей США приняла поправку к закону о взаимном обеспечении безопасности, внесенную конгрессменом Керстеном, которая предусматривала выделение средств для лиц из «Советского Союза, Польши, Чехословакии, Венгрии, Румынии, Болгарии, Албании, Латвии и Эстонии или областей Германии и Австрии, находящихся под коммунистическим контролем, или других стран, поглощенных Советским Союзом». Эти средства предназначались для того, чтобы «создать из таких лиц национальные элементы вооруженных сил НАТО или для других целей, когда соответствующим образом будет решено президентом, что такая помощь необходима для обороны Северо-Атлантического региона и безопасности США».
Поправка Керстена знаменовала собой беспрецедентное нарушение международного права, когда без объявления войны страна выделяла средства для формирования воинских подразделений из граждан чужих стран для возможных военных действий против этих стран. Однако, когда конгресс выделил такие средства, в лесах, протянувшихся на юг от Финского залива до Карпат, находилось уже мало лиц, которые были готовы защищать интересы США и других стран Северо-Атлантического региона. Вооруженные силы украинских и прибалтийских националистов таяли. Хотя значительную роль в поражении УПА и «лесных братьев» сыграли советские Вооруженные Силы, его главной причиной явилась утрата антисоветским подпольем поддержки среди деревенского населения.
Несмотря на то что грубые методы администрации, нарушения законности вызывали во многих западных республиках оппозицию к советской власти, поражение, которое в конечном счете потерпело подполье, было прежде всего следствием его порочного политического курса. В каком бы малопривлекательном виде ни представала социалистическая система в Прибалтике и Западной Украине, оуновцы и «лесные братья» не могли предложить никакой реальной альтернативы, кроме беспощадного террора и перспективы атомной войны. Это вынуждены признать и апологеты «лесных братьев» Р. Мисиунас и Р. Таагепера, которые отмечали, что повстанцы… проиграли политическую борьбу в результате просчета, даже не заметив этого.
Кризис подпольного движения в Прибалтике начался уже в период земельной реформы 1945–1947 годов. Хотя реформа задела состоятельных крестьян, она вызвала поддержку тех, кто от нее выиграл. У последних теперь появилась очевидная экономическая заинтересованность в том, чтобы советский режим сохранялся (пока на коллективизацию не очень налегали), даже если это вступало в противоречие с их национальными, а в Литве и с их религиозными чувствами.
«Сопротивление очень энергично выступило против земельной реформы… Сила позитивного действия была в советских руках. Сопротивление любому советскому мероприятию сначала выглядело в высшей степени патриотичным, но по мере того как шли годы, его нельзя было отличить от социального обскурантизма… По мере того как советский режим держался, все больше и больше людей пришли к выводу, что стабильная работа и служба гораздо надежнее обеспечивается сотрудничеством. Чем больше людей сотрудничали, тем больше появлялось мишеней контртеррора повстанцев, а семьи жертв становились на сторону Советов. Все больше людей вступало в комсомол и советскую милицию. По мере того как шансы на победу повстанцев (с помощью Запада) меркли, их ореол национальных освободителей сменился образом бунтовщиков, которые нападали и убегали, оставляя гражданское население наедине с разгневанными власть имущими. Люди устали жить между двумя терроризмами».
Даже повторение в 1947–1949 годах на земле Прибалтики печального опыта коллективизации 1929–1932 годов, вызвавшего взрыв недовольства в широких слоях крестьянства Эстонии, Латвии и Литвы, лишь временно сдержало кризис вооруженного подполья. К весне 1949 года из Эстонии было депортировано около 60 тысяч «раскулаченных», 50 тысяч — из Латвии, 150 тысяч — из Литвы.
Однако депортация и коллективизация 1949 года явились пирровым импульсом для повстанческой войны. Система снабжения партизан была разрушена. Более того, их отношения с сельским населением приобрели антагонистический характер. Вместо того чтобы полагаться на добровольные подношения фермеров, повстанцы стали совершать налеты на коллективизированные скот и зерно, которые повстанцы в своем легкомысленном упоении считали советской собственностью. Однако крестьянам надо было выживать и выполнять неумолимые нормы государственной сдачи продуктов. Все в большей степени превращая свою деятельность в борьбу за собственное выживание, «бойцы за свободу» стали соответствовать ярлыку «бандит», который советские власти старались приклеить им. В борьбу против «лесных братьев» и УПА все активнее включалось местное население, создавая отряды самообороны.
Если сразу после окончания войны какая-то часть населения видела в вооруженном подполье защитников национальных интересов, связывала цели этой борьбы с желанием вернуть мирную стабильную жизнь, то продолжение деятельности ЛФА, ОУН и других все больше показывало их неспособность к созидательной деятельности. Это выглядело резким контрастом по сравнению с теми усилиями, которые прилагало население западных территорий по восстановлению разрушенного хозяйства. Одновременно все более очевидным становилось, что советская власть является надежным союзником местного населения в восстановлении мирной, процветающей жизни, развитии национальной культуры.
Огромная помощь всей Советской страны разоренным западным территориям машинами, сырьем, топливом, продуктами питания, промышленными изделиями, самоотверженный труд рабочих, инженеров, техников, ученых, переселившихся с востока в западные районы страны, позволили восстановить народное хозяйство Эстонии, Латвии, Литвы, Молдавии, Западной Украины, Западной Белоруссии в кратчайшие сроки. Например, уже в 1948 году промышленность Литвы достигла довоенного уровня.
В этих условиях вооруженное подполье все больше самоизолировалось, превращаясь во внутреннюю эмиграцию, не понимавшую реальных нужд и чаяний своих народов и не могущую предложить им ничего, кроме слепой ненависти и разрушения. В начале 50-х годов подполье могло рассчитывать лишь на чрезвычайную помощь извне. К 1949 году литовские повстанческие группы уже не могли парализовать деятельность местных Советов. В Латвии и Эстонии эта способность была в основном утрачена к концу 1946 года. К концу 1949 года латвийское движение сопротивления было в основном разгромлено, хотя даже в феврале 1950 года в боях в Окте в Курляндии участвовало около 50 повстанцев. В Эстонии стычки продолжались вплоть до 1953 года.
Террор «лесных братьев» уже перестал запугивать население. Если летом 1946 года в школах и вузах Эстонии лишь 15 процентов школьников и студентов вступили в пионеры и комсомол, то к 1950 году 44 процента всех учащихся Эстонии были пионерами или комсомольцами, и даже в Литве таких было 28 процентов.
Численность литовского сопротивления сократилась до 5 тысяч к концу 1950 года и до 700 к концу 1952 года, когда объединенное командование прекратило свое существование, объявив о демобилизации и переходе к пассивному сопротивлению. Большая часть оставшихся повстанцев перешла к гражданской жизни с подпольными документами, а многие воспользовались амнистией 1955 года. Предложение об амнистии 1956 года свидетельствовало о том, что повстанцы еще существовали. Отдельные аресты и казни продолжались в конце 50-х годов и даже позже. «Тиеса» сообщала о захвате группы повстанцев в 1961 году. В 1978 году уцелевший повстанец Аугуст Сабе утопился, чтобы не сдаться в лесах Южной Эстонии. Последний лидер литовского движения Адольфас Рамаускас-Ванагас был убит в 1956 году.