Армагеддон традиционно понимается как битва между Христом и Антихристом, архангелом Михаилом и Люцифером, силами света и силами тьмы. Это битва за Душу Человека и самой Земли (а возможно, и всей Вселенной). Воины матрицы понимают, что это всего лишь метафора менее очевидного, но, в сущности, такого же конфликта. В фильме это война между ИИ и Просветленными, жителями Зиона, истинным человечеством, или «расой учителей», которые живут в центре земли. Но поскольку большинству людей отключение еще только предстоит, они преданы ИИ, а не Зиону, В лучшем случае они разделятся, в худшем, как сказал Мел Брукс, «они мертвы и довольны».

Армагеддон происходит прежде всего в душе каждого хуматона и воина матрицы, он бушует даже в душах волшебников матрицы, так как свободы достиг только тот, кто увидел код и стал Просветленным. Эта война окончится только тогда, когда будет отключен последний хуматон и разрушена матрица. В определенной степени Армагеддон ведется по тем же правилам, что и любые военные действия: добро (просветленность) стремится искоренить зло (глупость и забытье матрицы), а зло столь же яростно старается уничтожить добро. ИИ и Стражи Врат (которые до странности безразличны к угрозе появления Избранного, по крайней мере до тех пор, пока не увидели его в действии) направляют свою энергию на обнаружение Зиона, чтобы разрушить его и тем самым положить конец сопротивлению. В этот момент правление ИИ достигнет наивысшей точки, он станет неприступным, и начнется золотой век машин. Да придет царствие твое. На самом деле это неверная цель, так как пробуждение человечества неизбежно. Но об этом знают только Просветленные.

Все, что находится вне программы, для ИИ непостижимо (тогда-то и запускается программа поиска и уничтожения), и волшебникам матрицы известно только то, что соперник силен и ему нужно противостоять любой ценой. Цель Просветленных, волшебников и воинов заключается в том, чтобы положить конец правлению ИИ, возможно, путем разрушения жесткого диска или головного компьютера — центрального компьютера, откуда действует ИИ, Источника. Обе стороны имеют свой центр управления: Зион, расположенный в центре земли, и ИИ, где-то на поверхности. Когда будет испорчен центральный Источник или головной компьютер, тогда из строя выйдут поля, Часовые и все остальные ответвления ИИ, включая матрицу, словно щупальца осьминога, которые разрушаются, когда поврежден его мозг.

Почему воины матрицы до сих пор не могут определить местонахождение этого компьютера, чтобы разрушить его? Может, известно, что его разрушение повлечет за собой смерть шести миллиардов спящих существ, неспособных выжить без матрицы? В любом случае между двумя воюющими сторонами, между ИИ и волшебниками матрицы, идет состязание. Волшебники знают, что вопрос лишь в том, когда именно ИИ обнаружит Зион и направит туда своих Часовых для его уничтожения, и знают, что в этот момент игра будет окончена. Человечество утратит последний шанс на освобождение и будет обречено на вечное рабство у ИИ. Кажется логичным, что ИИ трудится над определенной программой и что для того, чтобы найти и разрушить Зион, ему необходимо какое-то время — возможно, несколько лет, месяцев или дней. Иными словами, даже если волшебники матрицы не ошибутся и код Зиона не попадет в руки Стражей Врат, ИИ в конце концов все равно отыщет Зион. Однако сколько лет ему потребуется, чтобы найти Зион, столько же лет есть и у волшебников, чтобы освободить человечество и покончить с матрицей. Но когда это время истечет, волшебники будут вынуждены разрушить головной компьютер, независимо оттого, сколько «зерна» при этом будет утрачено, скольким хуматонам придется умереть. После разрушения ИИ, волшебники приступят к строительству для человечества (или для тех, в кого оно превратится в процессе освобождения) нового мира, и начнут они с Зиона. Далее они перейдут к очищению Земли и тем самым к созданию здоровой окружающей среды, чтобы однажды вернуться на поверхность. Сколько Просветленных или, как минимум, неподключенных людей примут участие в строительстве нового мира, зависит от того, сколько хуматонов волшебникам удастся отключить до демонтажа матрицы. Даже несколько тысяч человек были бы довольно прочной основой, на которой можно начать созидание нового мира.

Установив, что до разрушения матрицы осталось всего несколько лет, волшебники матрицы разработали план действий. За этот период времени им необходимо отключить и завербовать как можно больше хуматонов. Поскольку хуматоны должны быть не старого образца, а из племени воинов, критерии отбора для отключения и вербовки должны быть самыми строгими. Нет никакого смысла отключать хуматонов, у которых, когда они узнают правду, поедет крыша, которые разозлятся или обидятся, что их отключат, или, как Сайфер, предадут все ради синей таблетки. По логике, необходимы воины матрицы, хуматоны, которые уже начали процесс отключения по собственной инициативе. Те, кто готов, хочет и может отключиться, и те, кто будет благодарен волшебникам за вмешательство в их жизнь, даже если оно окажется опустошительным. На действия в мире, где нет ничего истинного, у волшебников есть абсолютная лицензия, то есть им разрешено делать все при условии, что погибающие в результате их действий хуматоны окажутся теми, которые все равно погибнут при разрушении матрицы. Поскольку волшебники матрицы спасают души (сознание) хуматонов, у них есть полное право, если это будет необходимо, уничтожить их тела. Действуя внутри иллюзорного царства матрицы, внедряя сверхъестественную программу отбора, волшебники матрицы подчиняются сентенции Уильяма Блейка: «Все, что может быть разрушено, должно быть разрушено!» Для волшебников матрицы это самый быстрый и экономный способ отделить зерна от плевел, воинов от хуматонов. Используя тактику, в результате которой обычные хуматоны или умрут, или сойдут с ума, волшебники прибегнут к своей магии, и выстоять тогда сумеют только достойные представители племени воинов. Конечно, к такой тактике нельзя прибегать без достаточных на то оснований, ее следует применять только в том случае, когда воин верит в выносливость и восстановление сил у потенциального хуматона. Иными словами, когда верит, что нашел воина. Если он ошибся, хуматон умрет либо сойдет с ума, если же он прав, то появится еще один воин. Нельзя приготовить омлет, не разбив яйца.

Отключая Нео, когда тот выплел из безопасного для этого возраста, Морфеус использует ту же самую тактику: рискует жизнью Томаса. (Первые слова в фильме — обращение Сайфера к Тринити: «Мы обрекаем его на смерть, ты это понимаешь?».) Морфеус верит, что Томас выживет, потому что верит, что он Избранный. Если он не прав, Томас умрет, но это только послужит доказательством того, что он — не Избранный. Однако, помимо этого простого пути (отключить всех до последнего хуматонов — и будь что будет), существует дополнительный путь, который заключается в следующем: у волшебников матрицы есть свои собственные средства подключения к матрице и, что гораздо важнее, свои программы «нейроинтерактивной модели». Так что же им мешает отключать хуматонов от матрицы и немедленно подключать к своей программе, имитирующей мир 1-го внимания? Это помогло бы подготовить хуматонов к окончательному отключению и вхождению в реальный мир, и в этом случае переход был бы сравнительно мягким. Хуматоны проводили бы в своих тематических парках 1-го внимания, совмещенных с тренировочной программой, столько времени, сколько им необходимо, а волшебники матрицы периодически наведывались бы туда и наблюдали за ними. Постепенно хуматоны привыкли бы к жуткой правде о том, что на самом деле они мертвы, что их мир погиб и что их всего лишь готовят к наступлению нового мира. Эти промежуточные программы могли бы быть и интерактивными, то есть какое-то количество хуматонов могли бы в них сосуществовать и взаимодействовать, сообща постигая истину.

Конечно, эти миры матрицы собирал бы не ИИ, а волшебники матрицы, и созданы они были бы специально для того, чтобы обрабатывать хуматонов, легко и быстро превращая их в воинов матрицы, затем в волшебников и в конце концов — в активно действующих Просветленных. Согласно такому сценарию, в Зионе были бы «поля» для хуматонов, но не для того, чтобы выращивать людей как «корм», а для того, чтобы сколь угодно долго поддерживать в них жизнь, пока они не привыкнут к правде, не оторвутся от старой программы и не будут готовы войти, с сохранением всех своих способностей, во 2-е внимание. Тем временем, подготавливая их к пробуждению, можно было бы восстановить им мускулатуру и воссоздать тело. Большинство хуматонов и за многие годы не переживают того, через что Нео прошел за несколько дней. Теперь, когда в полях ИИ пустынно, можно было бы разрушить жесткий диск, а Просветленные и волшебники матрицы занялись бы строительством нового мира среди руин старого.