Народный комиссариат Военно-Морского Флота с разрешения Государственного Комитета Обороны предоставил командующему Волжской флотилией право выплачивать денежное вознаграждение личному составу соединений, кораблей и частей, гражданскому населению за каждую обнаруженную и уничтоженную мину. Это имело большое значение в борьбе с минной опасностью на Волге в навигацию 1943 года.
Важную роль в противоминной и противовоздушной обороне Волжской коммуникации играла служба войсковой разведки флотилии, возглавляемая капитан - лейтенантом А. В. Горожанкиным. Информационные данные Генерального штаба и Главного морского штаба, сведения разведки фронтов и Войск ПВО страны, наблюдения войсковой разведки флотилии позволяли своевременно и обстоятельно анализировать действия авиации противника в бассейне Нижней Волги и принимать необходимые меры по совершенствованию противовоздушной обороны Волжской водной коммуникации, усилению борьбы с минной опасностью.
Изменения в организации сил флотилии, естественно, потребовали перестройки и системы тылового обеспечения боевой деятельности кораблей и частей. Без хорошо организованной и гибкой работы тыла немыслима была борьба с высокой минной и воздушной опасностью на Волжской коммуникации, пролегавшей от Астрахани до Куйбышева. На участке Волги от Астрахани до Батраков, находившемся в зоне досягаемости вражеской авиации, действовало одновременно до 400 боевых кораблей и вспомогательных судов, десятки частей береговой зенитной артиллерии и службы наблюдения и связи, сотни постов противоминного наблюдения. К этому же времени в быстром темпе переоборудовались транспортные суда под тральщики и вспомогательные корабли. Заметно росла численность боевого состава флотилии.
Береговые органы тыла военно-морских баз флотилии, находившиеся на расстоянии до 300 км от действовавших кораблей, не могли обеспечивать своевременную подачу жидкого и твердого топлива, продовольствия и всех других видов материально-технического снабжения.
Острой была проблема ремонта боевого вооружения и размагничивания боевых кораблей и многочисленных судов транспортного флота, занятых перевозкой нефти и нефтепродуктов.
Основу сил Волжской флотилии в кампании 1943 года составляли тральщики и катера-тральщики, бронекатера и сторожевые катера. Эти малые корабли могли принимать ограниченные запасы топлива и продовольствия. На переходы в базы снабжения им приходилось затрачивать немало времени и топлива.
Все это заставило командование флотилии пойти на коренную перестройку организации тыла, всей системы материально-технического обеспечения. Смысл перестройки состоял в том, чтобы тральщики и корабли охранения получали все виды снабжения непосредственно в районах боевой деятельности и имели ремонтные мастерские на боевых участках. В мае 1943 года формируются тыл флотилии (начальник тыла - полковник интендантской службы В. И. Кривоногов) с центральными складами в Сталинграде и отделы тыла бригад траления в боевых районах. Принимаются меры к усилению береговых баз дивизионов тральщиков на боевых участках. В Сталинград, Саратов и Камышин направляются плавучие мастерские по ремонту кораблей и вооружения, самоходные станции беспроводного размагничивания кораблей. Создаются ремонтные бригады, которые в случае необходимости направлялись на дивизионы действовавших тральщиков и кораблей охранения.
Трудность состояла в том, что на Волге не было специальных вспомогательных судов для снабжения различными видами довольствия непосредственно в районах боевых действий. Не было и плавучих мастерских по ремонту кораблей и вооружения. Пришлось приспосабливать для этих целей транспортные и промысловые суда. В каждом дивизионе выделялось 1 - 2 буксира специально для снабжения этих кораблей на участках траления.
Канонерские лодки, бронекатера и сторожевые катера, конвоировавшие нефтеналивные суда во время переходов, снабжались топливом и другими видами довольствия на ходу.
Большое значение имело решение Совета Народных Комиссаров СССР, обязывавшее судостроительные и судоремонтные предприятия Народных комиссариатов судостроительной промышленности и речного флота при необходимости производить ремонт боевых кораблей Волжской флотилии.
Реорганизация системы тылового обеспечения боевых действий флотилии позволила гибко маневрировать материально-техническими средствами для снабжения действовавших соединений, кораблей и частей во всей операционной зоне. Это в свою очередь в значительной мере повысило коэффициент оперативного использования тральщиков и кораблей охранения.
Флагманский командный пункт, штаб, политотдел и управление тыла флотилии были развернуты у Сталинграда.
Новая организация сил флотилии и управление их боевыми действиями строились на общих принципах, разработанных Главным морским штабом по опыту боевых действий речных и озерных флотилий в 1941 - 1942 годах с учетом конкретной обстановки, сложившейся на Волге. Это обеспечивало гибкое решение всех вопросов обеспечения безопасности перевозок нефтепродуктов, имевших огромное общегосударственное значение и оказывавших большое влияние на достижение оперативно-стратегических целей действующими фронтами и флотами в летне-осенней кампании 1943 года.
Управление силами Волжской флотилии с середины мая 1943 года осуществлялось командующим через флагманский командный пункт, развернутый на штабном корабле "Железнодорожник" в центре операционной зоны, у Сталинграда. Штабной корабль был непосредственно связан по радио и электролинейным линиям связи с Главным морским штабом, флагманскими командными пунктами командиров бригад кораблей, со всеми организациями транспортного флота, ведавшими перевозками в Волжско-Каспийском бассейне.
На флагманский командный пункт флотилии непрерывно и быстро поступали все данные обстановки на театре, четко действовала система оповещения о воздушной и минной опасности. Оперативная служба штаба флотилии в любой момент знала обстановку во всей операционной зоне. Это давало возможность командующему принимать решения, связанные с обеспечением безопасности движения транспортных судов.
Организация управления, введенная с середины мая 1943 года, позволяла командующему флотилией руководить действиями сил на театре через командиров соединений, управлять нефтеперевозками через аппарат начальника пароходства "Волготанкер" и начальника службы пути Волжского бассейна, организовывать взаимодействие в частях Войск ПВО страны при решении конкретных вопросов, связанных с противовоздушной обороной судов на переходах и в отстойных пунктах, поддерживать связь со всеми гражданскими организациями, имевшими непосредственное отношение к перевозкам в Волжско-Каспийском бассейне.
Эти основы управления вытекали из складывавшейся обстановки и ответственности командования Волжской флотилии, силы которой играли решающую роль в противоминной и противовоздушной обороне Волжского водного пути.
Сосредоточение всех вопросов управления в руках командующего флотилией было оформлено соответствующими специальными постановлениями Государственного Комитета Обороны, приказами Народного комиссара Военно-Морского Флота и Народного комиссара речного флота.
В дальнейшем, после всех организационных изменений, борьба с минной и воздушной опасностью на Волге шла по следующим главным направлениям: создание устойчивого оперативного режима, обеспечивающего наблюдение за действиями авиации противника; разведывательное и контрольное траление фарватеров, уничтожение мин и минных банок; размагничивание боевых кораблей и транспортных судов; обеспечение соблюдения режима плавания судами транспортного флота; конвоирование транспортных судов боевыми кораблями и проводка их за тральщиками в наиболее опасных в минном отношении районах; навигационно-гидрографическое обеспечение боевого траления и проводки транспортных судов. Все это потребовало сосредоточения руководства перевозками нефтепродуктов на Волге в руках Военного совета флотилии. При этом важное значение приобрело четкое взаимодействие командования, штаба флотилии и всех гражданских организаций, имевших непосредственное отношение к планированию и осуществлению этих перевозок. Начальники пароходства "Волготанкер" и службы пути Волжского бассейна, оперативная группа ПВО транспортной службы Волжского бассейна по этим вопросам непосредственно подчинялись командующему Волжской флотилией. При штабах боевых районов (1-й и 2-й бригад траления) постоянно находились уполномоченные Народного комиссариата речного флота на правах помощников командиров боевых районов по координации взаимодействия органов речного транспортного флота с флотилией.