Вернувшись в Украину, Румянцев продолжил реформаторскую деятельность. В 1781 году территория Гетманщины была поделена на три губернии:Киевскую, Черниговскую и Новгород-Северскую, которые образовали Малороссийское генерал-губернаторство. Глухов перестал быть столицей, а в губернских городах были образованы административные и судебные учреждения, наподобие общероссийских.
Разрушение Запорожской Сечи. Запорожское воинство весьма успешно действовало в составе русской армии в войне России с Турцией. В 1770 году запорожцы во главе с полковником Третьяком разбили на Дунае турецкий флот, в следующем году полковник Колпак овладел черноморским портом Кафу. Запорожское войско сыграло решающую роль в захвате Крыма в составе второй российской армии, проделав беспримерный рейд по полуострову. Запорожцы содействовали генералу Прозоровскому в полном разгроме 30-тысячной турецкой армии. На протяжении последних двух лет войны казаки участвовали в штурме турецкой крепости Силистрии, а также были в резерве у самого генерала Суворова. Казацкая старшина старалась проводить очевидно пророссийскую политику. В Петербурге тема запорожских казаков вошла в моду, многие высокопоставленные особы стремились приписаться в какой-нибудь запорожский курень. Среди принятых были генерал-поручик граф Остерман, генерал-аншеф граф Панин, всесильный князь Григорий Потемкин (под именем Грицька Нечесы) и даже астроном и математик Христофор Эйлер. И, тем не менее, в 1775 году Екатерина II приняла решение о разрушении Запорожской Сечи. Что же перевесило чашу весов? Одно из простых объяснений, часто встречаемых в ряде учебников по истории: вследствие блестящей победы над извечным врагом российские власти пришли к выводу о ненужности и даже опасности наличия на южных рубежах запорожского казачества. Однако, все было намного сложней.
Понятно, что автономное казацкое самоуправление на огромной территории в составе российской империи, исторически было несовместимо с жесткой политикой абсолютизма царской власти. Известны и другие причины, вызывавшие недовольство в Петербурге Дело в том, что в период с 1751 по 1753 годы российское правительство разрешило сербам - выходцам из Австро-Венгерской империи переселиться на земли, принадлежащие Запорожью. Появилась две новых провинции - Ново-Сербия с центром в Елизаветграде и Славяно-Сербская с центром в городе Бахмут. Всем переселенцам были розданы огромные участки земель, они были освобождены от каких-либо налогов и даже получали значительные субсидии. Естественно, отчуждение земель без согласия исторических владельцев вызвало протест у запорожских казаков. Начались стычки, переходящие иногла в кровавые столкновения. Новые переселенцы жаловались на казаков в Петербург, вызывая неудовольствие тамошних чиновников. Польское правительство также жаловалось царскому правительству на участие запорожцев в гайдамацком движении, направленном против Польши. Но, видимо, это было все же не главной причиной разрушения Запорожской Сечи именно в 1775 году.
Окончательное закрепощение крестьян и лишение их даже малейших прав перед дворянским сословием породило в середине XVIII века серию народных восстаний. Самым крупным из них было восстание под руководством Емельяна Пугачева, начавшееся в сентябре 1773 года и закончившееся в январе 1775 года казнью предводителя. Основной силой восставших было яицкие казаки, к которым в ходе боевых действий присоединялось нерусское население (калмыки и башкиры), а также крестьянство. Крестьянская война разразилась во время русско-турецкой кампании, вследствие чего правительство было крайне раздражено. поскольку приходилось отвлекать значительные силы на погашение внутреннего пожара. В начале восстания Пугачев одерживал победу за победой, были взяты Казань, Саранск, Пенза, страна была на грани военно-политической катастрофы. Но на последнем эапе крестьянской войны снятые с турецкого фронта правительственные войска под командованием полковника Михельсона разбили восставших. Самого Пугачева схватили его же соратниками, пытавшиеся предательством сохранить себе жизнь. Ценой невероятных усилий самодержавие "казанской помещицы" было сохранено, но "пугачевский урок" не прошел даром. И, хотя запорожские казаки не участвовали в пугачевском восстании, страх перед повторением трагических для империи событий был настолько велик, что императрица приняла решение о разрушении Запорожской Сечи, как потенциального источника возмущения. Естественно, припомнились и жалобы на запорожцев со стороны сербов и поляков.
Этому решению предшествовала посылка официального историка Герарда Мюллера изучить историю Запорожья и доказать, что запорожцы никогда не имели прав на владение своими землями. Именно его изыскания стали научным обоснованием разрушения Сечи. Фаворит императрицы новороссийский генерал-губернатор граф Потемкин поручил это деяние генералу Петру Текелию (сербу по национальности) и князю Прозоровскому. Генерал Текелий должен был окружить Сечь, а князь Прозоровский с большим войском - занять паланки казаков. В это время в большая часть казаков находилась на хозяйственных работах вне Сечи, в самойСечи было не более 10 тысяч сечевиков. В жарком июле, на Троицу к Сечи подошло более 8 полков конницы, 17 эскадронов пикинеров, 10 пехотных полков, 20 эскадронов гусар и 13 полков донских казаков, -всего более 40 тысяч. Князь Прозоровский занял паланки, а генерал Текелий пригласил на встречу последнего кошевого атамана Петра Калнишевского. Атаман созвал последнюю раду, на которой голоса разделились, но Калнишевский и сечевой архимандрит склонил казаков покориться силе. Казацкая старшина отправилась с хлебом-солью к Текелию, надеясь заслужить себе милость от правительства. После этого были вывезены боеприпасы, войсковой скарб, клейноды и знаки отличия. Сдавшаяся старшина была принята генералом, но после арестована и отправлена в Петербург. Позднее Петр Калнишевский был сослан в Соловецкий монастырь, где провел более 25 лет и умер в 1803 году, будучи уже свободным после помилования Александром I. Других отправили в различные монастыри и крепости, в которых они провели остаток жизни. В самой Сечи все паланки и курени, в которых проживали запорожцы были разрушены, войсковые деньги, зимовники, все хозяйство было передано в казну. Запорожские земли были разделены: часть из них забрал сам Потемкин, более 100 тысяч десятин было подарено князю Прозоровскому, множество земли было роздано другим российским вельможам. Остальные земли были взяты в казну, а после розданы немецким колонистам, приехавшим по приглашению императрицы Екатерины.