Так что император имел все основания начать расследование малороссийского конфликта, для чего он вызвал в Петербург самого Полуботка, генерального писаря Семена Савича и генерального судьи Ивана Чарныша. Сохранились протоколы допросов вызванных, анализ которых показывает, что обвиняемые старались опровергнуть нападки коллегии и доказать, что действовали вполне в соответствии, как бы сейчас сказали, с действующим законодательством. Но дело повернулось совершенно неожиданным образом. Еще ранее в августе 1723 года в Тайную канцелярию поступил донос псковского епископа, украинца по происхождению Феофана Прокоповича на Полуботка, в котором наказной гетман обвинялся в государственной измене. Речь шла о том периоде, когда "гетман в изгнании" Филипп Орлик с крымскими татарами вошел в пределы Украины и искал контактов с влиятельным Полуботком. По этому поводу царь в то время распорядился провести расследование, которое не было завершено. Во время допросов в Тайной канцелярии подъячие проговорились задержанным малороссам о тайном деле против Полуботка. Тому удалось отправить в Украину доверенного человека с инструкциями старшине как отвечать в случае нового дознания по старому делу. В те же дни Петру была вручена челобитная жалоба якобы от всего украинского казачества о ликвидации Малороссийской коллегии и о выборах нового гетмана. Эта челобитная была, действительно, написана казаками, которых в целях предосторожности вывел в степь начальник российских войск в Украине князь Голицын после отъезда Полуботка в Петербург. Император, узнав об утечке информации в Тайной канцелярии и, получив челобитную, в гневе распорядился препроводить арестованных в Петропавловскую крепость, что и было сделано в ноябре 1723 года.

Тем временем император направил в Малороссию доверенного человека Румянцева с заданием узнать, действительно ли казаки подписывали эту челобитную. Но, как и следовало ожидать, большинство опрошенных, поняв что от них хотят, заявили, что ничего не знают о челобитной. Кончилось все это печально и привычно: наказной гетман Павло Полуботок умер в Петропавловской крепости спустя год после ареста, а другие арестованные были освобождены только после смерти Петра I.

До сих пор историки дискутируют о личности Полуботка и его роли в описанных событиях. Но приходится признать, что общий ход действий Петра I в отношении Украины свидетельствует, что император сознательно вел дело к ликвидации гетманского правления, поскольку абсолютизм самодержавной власти не был совместим с самоуправлением в отдельной части российской империи. Именно проведение такой политики привело к тому, что наказной гетман Павло Полуботок стал жертвой абсолютистских устремлений императора.

И в заключение о судьбе Петровских реформ в Украине. Петр, предпринимая шаги по созданию российской промышленности, уделял внимание и окраинам империи, и не в последнюю очередь Украине. В частности, царские указы предусматривали развитие в Украине технических сельскохозяйственных культур, увеличение производства полотна и канатов. В 1719 году было положено начало развитию в Украине металлургического производства на основе создания так называемых "рудокопных заводов", мастера которых освобождались от всякого рода повинностей. Этот указ способствовал приток в левобережную Украину трудоспособного населения и прибытие из Польши специалистов. В начале 20-х годов в Украине создаются специальные комиссии по наблюдению за хлеборобством и обеспечению землевладельцев хлебом во время неурожаев. Следует также напомнить, что первое высшее учебное заведение в Российской империи находилось в Киеве, - в 1701 году по именному императорскому указу Петра I Киевский коллегиум получил статус и права академии. Это была знаменитая Киево-Могилянская академия, в которой обучались известные деятели того времени. Ректором академии с 1711 года был Феофан Прокопович, церковный деятель, пользовавшийся авторитетом у императора за обоснование идей абсолютизма, поддерживавший феодальную власть русских и украинских помещиков. Другим выдающимся деятелем был выпускник академии Стефан Яворский, приглашенный Петром в Петербург, где занимал высшие церковные должности и был убежденным сторонником объединения России и Украины. Стоит напомнить, что и Михайло Ломоносов также прошел курс обучения в Киево-Могилянской академии. В целом можно утверждать, что отношение Петра I к Украине и к ее представителям можно в значительной мере рассматривать сквозь призму содействия или сопротивления его реформам.

Украина в период дворцовых переворотов. Петр I умер в январе 1725 года, не успев оставить завещание. На российском престоле оказалась вторая жена императора - Екатерина I. Столичная знать разделилась на два лагеря: в одном были неродовитые сподвижники Петра Великого, во втором - представители родовитого боярства. В начале 1726 года был ликвидирован петровский Сенат и учрежден Верховный тайный совет, состоявший из представителей обоих лагерей, но с преобладанием неродовитых, лидером которых был князь Меньшиков. Теперь "светлейший" стал сторонником ограниченного малороссийского самоуправления и противником Малороссийской коллегии. Это было вызвано следующими обстоятельствами. Еще в 1724 году президент Малороссийской коллегии Степан Вельяминов вошел в раж и отрапортовал императору об увеличении сбора налогов более чем в 5 раз. Более того, он потребовал, чтобы налоги платили и все русские землевладельцы на Левобережье, где Меньшиков владел огромными имениями и, естественно, воспротивился такому повороту дела. Поэтому в отношении Украины произошли некоторые благоприятные для нее изменения, чему способствовала и близость войны с Турцией. По этим причинам Верховный тайный совет, действовавший при Екатерине I, принял решение об ослаблении налогового бремени для Украины, о роспуске Малороссийской коллегии и об избрании гетмана. Товарищи Полуботка были выпущены из крепости, но навечно оставлены в столице.

Однако при Екатерине I гетман так и не был избран, а обещанные послабления в большей степени остались на бумаге. Более того, казаки не были освобождены от необходимости участия в военных походах. В том же 1725 году в Персию были посланы 20 тысяч казаков, а на следующий год казаков заставили откупиться от участия в новом походе, что вызвало их неудовольствие, поскольку такого раньше никогда не бывало.