Работа Коллегии началась с того, что она постановила: 1) провести перепись и сделать ревизию для упорядочения взимания налогов; 2) запретить посполитым свободный переход с места на место (фактически вводя крепостничество); 3) проводить политику разделения простых людей и шляхетской верхушки, демонстрируя защиту царским правительством простых людей от украинских панов и старшин. В июле 1765 года последовал новый указ, ликвидировавший систему казацкого самоуправления в Слободской Украине. В тот же год запорожская делегация, возглавляемая кошевым атаманом Петром Калнишевским, прибыла в Петербург и подала прошение о том, чтобы рассмотрение вопросов, касающихся Сечи, происходило не в Малороссийской коллегии, а в Коллегии иностранных дел. При этом делегация в качестве аргументов в пользу своей позиции ссылалась на грамоту короля Стефана Батория от 1575 года и универсал Богдана Хмельницкого от 1655 года. Екатерина обещала запорожцам решить их проблемы, но было видно, что это не входит в приоритеты ее самодержавного правления.
Выборы в Комиссию по разработке нового Уложения. Свод Российских законов под названием "Уложение" последний раз был разработан и принят в 1649 году при царе Алексее Михайловиче. Петр I еще в 1700 году решил привести Уложение в соответствие с требованиями дня и накопленным опытом. На протяжении десятков лет над разработкой нового Уложения работало множество комиссий, но до конца дело так и не удалось довести. Екатерине предстояло завершить эту работу, тем более, что эта задача соответствовала ее политическим взглядам. В декабре 1766 года Екатерина выпустила манифест о созыве депутатов в Комиссию для разработки нового Уложения. В нее должны были войти как представители различных правительственных учреждений, так и выборные представители от различных слоев российского общества. Представительство определялось четырьмя депутатами от провинций всех двадцати российских губерний. Выборным делегатам было предоставлено право внесения предложений и изложения жалоб. И если в российских губерниях выборы представителей проходили достаточно спокойно, то в Украине этот процесс вызвал волнения, связанные с накопившимися противоречиями:с одной стороны между великорусским правительством и малороссийским обществом в целом, а с другой - между его различными слоями. То есть между шляхетством и мещанством, а также между простыми казаками и старшиной, превратившейся в крупных землевладельцев. Запорожское казачество также приняло участие в выработке положений, делая очередную попытку добиться как можно больше прав.
Сторонники автономии (а в этом вопросе практически все слои общества были единодушны) напоминали, что Украина присоединилась к Москве добровольно и вправе рассчитывать на достойное место в политическом устройстве российского государства. Граф Румянцев был поставлен в тяжелые условия, поскольку перед ним была поставлена задача обеспечить выборы депутатов, лояльных центральной власти. (Не правда ли, как знакомо!). Действовал он грубо и решительно: когда в Нежинском полку местная старшина дала наказ свои депутатам добиваться возвращения гетманской власти, Румянцев объявил выборы недействительными и арестовал депутатов. Послушный суд присудил ретивых инакомыслящих к смертной казни, однако, императрица помиловала осужденных, продемонстрировав свой либерализм. Работа депутатов в Комиссии очень напоминает работу первой государственной Думы, а также первого Съезда народных депутатов СССР 1989 года. На Комиссии был зачитан Наказ императрицы и начались бесконечные прения представителей, не имеющих навыков политических баталий и отстаивающих разные по направленности и содержанию интересы. Но ни всеобщий настрой, ни пламенные выступления депутатов, ни слезные обращения и петиции не помогли. Российское правительство и сама Екатерина только укреплялась в планах еще более тесного вовлечения Украины в государственную структуру России. Проверенным методом для решения этой задачи оказался метод "кнута и пряника", новым содержанием которого стало с одной стороны введение крепостного права в Украине, а с другой - предоставление малороссийской старшине дворянских прав.
Еще во время своего правления гетман Разумовский издал специальный универсал, запрещавший посполитым переходить из одного поместья в другое с нажитым имуществом. Одновременно под страхом угрозы уплаты штрафа другим хозяевам запрещалось принимать селян. Екатерина II продолжила этот курс в отношении закрепления крестьян: в 1763 году крестьяне могли покидать своих хозяев при условии получения от них отпускных свидетельств, а в 1772 году по ее указанию Малороссийская коллегия вообще запретила всякие переходы, после чего для поимки и возврата беглецов устанавливались заставы на дорогах. Еще некоторое время издавались указы и распоряжения, направленные на возврат крестьян к своему владельцу. Но в апреле 1783 года Екатерина издала новый указ, по которому законодательно закреплялось социальное и территориальное положение всего украинского населения на основании проведенной ревизии душ. Более миллиона крестьян оказались в частном владении, что сравняло их социальный статус со статусом большинства населения в российских губерниях. Работа Комиссии по созданию Уложений, в бесперспективности которой Екатерина убедилась довольно быстро, была прекращена начавшейся в 1768 году русско-турецкой войной. В этой войне участвовало и Войско Запорожское.
На время русско-турецкой кампании Румянцевские реформы были приостановлены, сам генерал-губернатор был назначен главнокомандующим российских войск. Война, в которой участвовали городовые и запорожские казаки, оказалась удачной для российской короны. Войска разбили турок, заняли Крым и Молдавию и закрепилась на части черноморского побережья. Русско-турецкая война закончилась Кучук-Кайнарджийским миром, по которому турки лишились протектората над Крымским ханством, а российские войска вместе с запорожцами заняли Крым, который через несколько лет (в 1783 году) был включен в состав Российской империи. Свершилось! Многовековое соперничество нашло свое разрешение, российская империя достигла теплых морей, южные рубежи России стали, наконец, безопасными.