В 1085 г. умер наследный принц, сын Госандзё̄ от дочери Минамото-но Мотохира. Теперь Сиракава мог передать власть собственному сыну, который в 1086 г. был возведен на трон под именем императора Хорикава; сам же Сиракава стал его соправителем.
Первые 15 лет после отречения Сиракава не был политически активен. В то время кампаку был Фудзивара-но Мородзанэ, который вполне успешно сотрудничал с императором Хорикава. Однако после смерти Мородзанэ, с 1101 г., Сиракава начал открыто вмешиваться в политичес
кие дела.
В 1107 г. под именем император Тоба на трон был возведен Мунэхито, сын Хорикава. В 1123 г. Сиракава вынудил Тоба отречься в пользу сына (своего правнука), императора Сутоку. Создалась ситуация, чреватая династическими конфликтами, поскольку власть стали делить между собой сразу 3 человека — Сиракава, Тоба и Сутоку. Положение усугублялось запутанными личными взаимоотношениями. Сутоку, сын императрицы Сёси. родился вскоре после того, как она стала женой Тоба. Она, родная дочь Фудзивара-но Канэдзанэ, была удочерена императором Сиракава, который боготворил ее. Первоначально она должна была стать женой Фудзивара-но Тадамити, но Сиракава неожиданна изменил решение и выдал ее за своего сына Тоба. Некоторые источники (например, «Хо̄гэн моногатари» — «Сказание о годах Хо̄гэн», конец XII-начало XIII в.) свидетельствуют, что Сутоку был сыном Сиракава, и слухом этим полнился двор. Поэтому Тоба был чрезвычайно недоволен, когда Сиракава вынудил его отречься в пользу Сутоку.
Сиракава умер в 1129 г., и императорский дом на 27 лет возглавил Тоба. Так же, как при его деде Сиракава, на троне за это время сменилось 3 императора: Сутоку, Коноэ и Госиракава. Сложные личные отношения, соперничество Тоба и Сутоку, обострившееся после отречения последнего, привели к событиям Хо̄гэн-но ран (смуты годов Хогэн), в которых императорский дом утратил политическую власть, перехваченную новым сословием — буси (воинами).
События Хогэн-но ран произошли в 1156 году, сразу после смерти отрекшегося императора Тоба. Причиной их стала, во-первых, вражда между Тоба и Сутоку и, во-вторых, противостояние, возникшее внутри правящей ветви дома Фудзивара (сэкканкэ).
Отрекшийся император Тоба, в целом, продолжал политику твоего деда по укреплению позиций императорского дома, особенно его экономического положения. В ин-но тё̄ он назначал людей из тех же домов, но гораздо больше внимания уделял императорского дома. Если после правления Сиракава осталось очень мало документов, свидетельствующих об образовании императорских сё̄эн, то Тоба, напротив, уделял увеличению земелькой собственности императорского дома большое внимание. Так, Хатидзё̄ин — одно из самых крупных императорских владений, созданных в то время, — состояло из 20 отдельных сёэн.
Пока императорский дом укреплялся, правящая ветвь рода Фудзивара пребывала в определенном кризисе. Судя по всему, ее глава Фудзивара-но Тададзанэ не принял факта политического усиления императорского дома при Сиракава, но его попытки восстановить былые позиции своего рода потерпели неудачу, и он покинул столицу и более чем на 10 лет удалился во владение Удзи. В дальнейшем Тоба помирился с Тададзанэ, и вернул его в Хэйанкё. Пока Тададзанэ был не у дел, дом Фудзивара возглавлял его сын Тадамити, но после своего возвращения Тададзанэ стал готовить себе в преемники не Тадамити, а младшего сына Ёринага. Это посеяло семена вражды между братьями. Одновременно обострился и вопрос о престолонаследии внутри императорского дома. Тоба мечтал передать власть по линии своего младшего сына Коноэ, но тот умер, не оставив наследника. По старшинству наследным принцем должен был стать сын отрекшегося императора Сутоку, внук Тоба, но Тоба и Бифуку Монъин (любимая жена Тоба и мать Коноэ) стремились передать трон приемному сыну принцу Морихито. Однако у Морихито был жив отец, Масахито, и по правилам именно он имел преимущественные права на престол.
В 1155 г. Масахито вступил на трон под именем императора Госиракава, а Морихито был провозглашен наследным принцем. По решению нового императора должность кампаку занял Фудзивара-но Тадамити. Предполагалось, что его младший брат Ёринага станет наставником наследного принца, но он отказался от этого. Таким образом, отрекшийся император Сутоку оказался вторично отставленным от власти своим отцом Тоба, а Тададзанэ и Ёринага также не получили желаемых постов. Их объединило недовольство политикой Тоба, и они задумали «добиться справедливости» силой.
Через несколько дней после смерти отрекшегося императора Тоба в 1156 г. императору Госиракава стало известно, что Тададзанэ и Ёринага собирают войска в своих владениях в Удзи. Тогда император отдал приказ Минамото-но Ёситомо захватить усадьбу Ёринага в столице. На улицах Хэйанкё̄ произошло сражение. В императорском войске отличился Тайра-но Киёмори, получивший за это 4-й придворный ранг и провинцию Харима в управление. Во время сражения Ёринага был ранен и вскоре умер, а Тададзанэ бежал в Нара, уступив таким образом все свои полномочия Тадамити. После победы правительство конфисковало все владения Ёринага. Отрекшийся император Сутоку был сослан в провинцию Сануки, где и умер в 1167 г. Этими событиями завершился период непосредственного правления императорского дома, после чего началась борьба за власть между Минамото и Тайра.
Долгое время считалось, что японское государство периода Хэйан не имело сколько-нибудь определенной военной организации. Однако исследования последних лет показывают, что формирование новой социальной группы — военного служилого дворянства, или самураев — началось задолго до второй половины XI века, когда они выдвинулись на общественную авансцену.
Роды, «специальностью» которых стало военное дело, обозначились довольно рано. В VIII в. потомственными воинами были Отомо, Саэки, Саканоуэ, а в IX в. — Оно, Окура.
К началу IX в. северо-восточная часть о-ва Хонсю оставалась вне контроля государства Ямато. Население этого района в хрониках носило общее название эмиси вне зависимости от этнической принадлежности. В результате военных походов 801 и 811 годов в состав японского государства были включены провинции Муцу и Дэва, где были установлены пограничные посты. Те эмиси, которые выказали лояльность по отношению к ноной власти, получили должности в провинциальной администрации и были привлечены к охране территории. Войска эмиси представляли собой хорошо организованные боевые кавалерийские отряды, превосходившие дружины Ямато по выездке и боеспособности. В X-XII вв., вплоть до северного похода Минамото-но Ёритомо в 1189 г., наиболее крупные роды, происходившие из эмиси (Абэ, Киёхара), и породнившаяся с ними северная ветвь рода Фудзивара создали практически самостоятельные владения и этих провинциях. И, вероятно, истоки воинского, самурайского искусства, во многом следует искать на северо-востоке.
Вторая половина IX и начало X вв. отмечены постоянными восстаниями на северо-востоке (в 848, 875, 883 и 90-х годах). В целом, конец IX в. был неспокойным временем. Провинциальные чиновники в сообщениях в столицу часто жаловались на бесчинства сюба-но то («конных банд»), которые грабили и убивали население. Известны факты, что они нападали на усадьбы управителей провинций (в 901 г. — в провинции Этидзэн, в 905 г. — в провинция Хида), грабили провинциальные склады, убивали чиновников.
Правительство принимало ответные меры. В IX в. в центральной и северной Японии были созданы посты кэбииси — своего рода военизированной полиции. В период между 889 и 898 гг. в наиболее беспокойный район, провинцию Кодзуса, управителем был назначен принц Такамоти, которому было даровано имя Тайра, записываемое иероглифом «усмирять, успокаивать». В 901 г. был введен закон, расширивший права управителей провинций, согласно которому они могли самостоятельно, не дожидаясь императорского указа, поднять войска для поимки преступников. Были также сняты ограничения на размеры военных отрядов, находившихся в подчинении провинциальных властей. Можно сказать, что на востоке страны региональные особенности получили и некоторое юридическое оформление.
С конца X в. среди «военных» домов на первый план выдвинулись Тайра и Минамото. В период инсэй у отрекшихся императоров служили хокумэн-но буси — дворцовые стражники, которых возглавляли то̄рё̄. Последние выбирались либо из Гэндзи (Минамото), либо из Хэйси (Тайра) — родов, имевших в то время самые крупные и боеспособные военные отряды. И хотя то̄рё̄ не занимали никаких «военных» государственных должностей, они фактически были командующими «официальной» армией, в которую в случае необходимости преобразовывались их отряды. Кроме того Тайра и Минамото «выказывали почтение» по отношению к таким государственным людям как Фудзивара-но Митинага, за что получали официальные государственные посты и ранги. Многие представители этих домов становились управителями провинций, что способствовало их обогащению и росту их политического влияния.
В IX-X вв. в Японии сложилась двуступенчатая система организации вооруженных сил. На постоянной основе существовали два вида военных формирований: столичная гвардия и провинциальные отряды, подчинявшиеся непосредственно управителям-дзурё̄. Таким образом, военная система была как бы «столичной» и «провинциальной».
Поначалу столичные силы состояли из стражи императорского дворца и городских ворот и столичной гвардии. Согласно «Тайхорё», последняя должна была формироваться рекрутскими наборами в провинциях, а стража дворца и ворот — из представителей столичной и провинциальной знати. Вероятно, данная система изначально функционировала плохо, и в 792 г. столичную гвардию ликвидировали. Главным военным ведомством в столице стало «полицейское управление» (кэбииситё̄), созданное в начале IX в., а к X в. превратившееся в крупное учреждение, организованное по типу других государственных ведомств и имевшее в своем штате как чиновников, так и воинов. Однако собственно военные отряды «полицейского управления» в X-XI вв. были небольшими, вероятно менее 500 чел.