Корреспондент газеты «Новое время» писал по поводу лекций Богданова: «... молодой ученый... читает очень интересно, почти с детской популярностью, избирая самые выдающиеся моменты из своего богатого материала» (III, 5).
Общественная значимость лекций была несомненна. Лекции посещались демократической публикой, главным образом молодежью, приходили и рабочие. В Петербурге М. Н. Богданов осуществил то, что ему не удалось в Казани, — познакомил широкую аудиторию с последними достижениями русской исторической зоогеографии и с основами учения Дарвина. Лекции Богданова рисовали перед слушателями общую картину развития животного мира на огромном пространстве — от Алтая до Карпат и от Ледовитого океана до южных морей — и еще больше усиливали интерес к естествознанию.
Модест Николаевич пропагандировал учение Дарвина и в лекциях для студентов, и для широкой публики, и даже в очерках для детей. Делал он это потому, что очень хорошо знал, насколько необходимо правильное понимание природы и законов ее развития для выработки материалистического мировоззрения.
Быть пропагандистом дарвинизма в то время было небезопасно. Даже такая правая газета, как «Новое время», писала: «Русский ученый не может сделаться дарвинистом иначе., как получив волчий паспорт, свидетельствующий об его нравственном растлении, ученом недомыслии и политической неблагонадежности» (III, 22, стр. 1).
Богданов пытался оживить популяризаторскую деятельность и в Петербургском обществе естествоиспытателей. Он предлагал, по примеру Казанского общества, организовать регулярные циклы лекций, настаивал на том, чтобы Зоологический музей университета был открыт для посетителей, особенно для учащихся средних школ. Предложения его, однако, не осуществились. Царская цензура препятствовала чтению лекций на естественноисторические темы для публики, так как видела в этом распространение материализма и подрыв общественных устоев. «На симпатию русского молодого поколения к дарвинизму, — писал корреспондент «Нового времени», — наши аракчеевцы с ужасом указывают как на весьма и весьма опасную, чреватую бедами в будущем язву, против которой необходимо принимать неотложные и энергичные меры» (III, 22, стр. 1). И начальство приняло меры. Оно возражало против общедоступности университетского музея, который так и не удалось открыть для публики.
Богданов и на этот раз не сложил оружия. Приходится удивляться, сколько было у него энергии. Он — член Петербургского общества естествоиспытателей, Вольного экономического общества, Русского географического общества, Физико-химического, Комитета грамотности, всевозможных комиссий; однако на все у него находилось время, во всем он принимал деятельное участие, делал доклады, выступал в прениях, вносил предложения, давал советы.
Е. И. Шилова в статье «Заслуги университетских естествоиспытателей в развитии сельского хозяйства в России» указывает, что профессора Петербургского университета, в первую очередь А. В. Столетов и Д. И. Менделеев, были инициаторами исследований, имевших немалое значение для развития русского сельского хозяйства. Рассматривая сельскохозяйственное производство как материальную основу жизни общества, вопросами его рационализации занимались все представители университетской науки. Они, каждый по-своему, искали пути наиболее полного и разумного использования природных ресурсов и повышения производительности труда в масштабах всего государства. Эти поиски никем не планировались и не регламентировались. Обычно такие исследования проводились силами ученых обществ, часто на средства последних, без всякой материальной помощи со стороны. Богданов принимал активное и разностороннее участие в этой деятельности.
В 1876 г. Русское физико-химическое общество предложило тогда еще молодому доценту Петербургского университета В. В. Докучаеву исследовать почвы черноземной полосы России. "В сельскохозяйственном отделении общества была создана специальная комиссия, в которую вошли А. М. Бутлеров, Д. И. Менделеев, В. В. Докучаев, М. Н. Богданов и другие ученые. В том же году Модест Николаевич выступил в Вольном экономическом обществе с докладом о практическом и научном значении чернозема. Доклад вызвал оживленные прения. Комиссия выработала программу дальнейших химических и биологических исследований почв. Таким образом, Богданов стоял у самых истоков зарождения русского почвоведения.
В феврале 1878 г. Богданов прочел четыре публичные, лекции о скотоводстве в пользу Комитета грамотности, созданного при Вольном экономическом обществе. В них он отмечал, что народности северного Урала и Сибири постепенно вымирают вследствие весьма неблагоприятных естественных и социальных условий, что по вине русских властей падает скотоводство среднеазиатских народов. Богданов не одобрял стремление царизма сделать киргизов оседлыми, так как киргизская степь, по его мнению, самой природой была предназначена для кочевого скотоводства: здесь и люди, и породы скота хорошо приспособлены к местным условиям. «Общинное степное скотоводство, — говорил Богданов, — очень важно для России, давая массу животных продуктов в обмен на произведения промышленности и земледелия» (II, 46, стр. 143). Он считал, что необходимо заботиться об улучшении степных пород скота, ограждать их от бескормицы и падежа, но не ломать естественных условий жизни кочевников. Большие опасения вызывало состояние скотоводства центральных районов России. Богданов указывал, что после отмены крепостного права крестьяне перестали пользоваться выгонами и пастбищами, которые отошли к помещикам, а распашка девственных степей резко уменьшила количество кормов. Он опасался, что при конкуренции американских и австралийских скотоводов русскому скотоводству грозит полнейший крах. Для поднятия скотоводства в России Модест Николаевич предлагал тщательно изучать и улучшать местные породы скота путем скрещивания их с более высокопродуктивными. Категорически возражал Богданов против продажи крестьянского скота за недоимки налогов.
Живой интерес и заботу вызывала у Богданова судьба узбеков, жителей Хивинского оазиса. Об их хозяйственной деятельности Модест Николаевич писал: «В культуре почвы, в земледелии, в садоводстве, в виноградарстве и шелководстве никто из русских не в состоянии будет на берегах Амударьи конкурировать с узбеками, которые довели эти отрасли хозяйства до возможного совершенства» (I, 86, стр. 132—133). Богданов возражал против передачи земли Хивинского оазиса русским колонистам, преимущественно ссыльным казакам, как это предполагалось сделать. Он предлагал оставить земли в руках узбеков, организовать им хозяйственную помощь, русским же колонистам — развивать рыболовство в Амударье, чем узбеки занимались очень слабо. Профессор А. И. Воейков в своих воспоминаниях о Богданове писал, что Модест Николаевич высказал свои соображения по поводу русской колонизации оазиса при личной встрече туркестанскому генерал- губернатору К. П. фон Кауфману и тот во многом последовал совету ученого «с большой пользой для местного края» (II, 46, стр. 142—143). С генералом фон Кауфманом Богданов был знаком еще со времен Хивинского похода.
Горячо отстаивал Богданов идею всемерного развития степного табунного коневодства, подчеркивал необходимость изучать и использовать ценные качества среднеазиатских лошадей — туркестанской, киргизской и их помеси, известной под названием карабаиров. Лошади эти отличались резвостью, выносливостью и неприхотливостью. «Скоро наступит время, — писал он, — когда степные табуны будут служить главным источником для ремонта нашей кавалерии, так как уже теперь никто не сомневается в том, что коневодство внутри России быстро клонится к упадку. Между тем степные лошади по своей способности к службе под седлом, крепости и выносливости далеко превосходят заводских, а улучшенный сорт киргизских лошадей — карабаиры несомненно удовлетворят всем требованиям кавалерийской службы» (I, 86, стр. 125).
Богданов был противником любых «искусственных мер», т. е. насильственных действий в отношении местного населения. С большим уважением относился он к узбекам, высоко ценил их умение и трудолюбие, благодаря которым сельское хозяйство Хивинского оазиса стояло на высоком уровне. «Ничего не истребили в природе эти мирные культиваторы пустыни, — писал Модест Николаевич, — а обогатили местную фауну. Не ошиблись они и в выборе места. Много нужно было труда, чтобы превратить мертвые, голые такыры в цветущий оазис, но время сделало свое, и теперь этот клочок пустыни, окруженный едва проходимыми безводными пустынями, по своей производительности и здоровому климату представляет одно из привольнейших мест для хлебопашества, садоводства, виноделия и шелководства» (I, 86, стр. 153).
Забота о народном благосостоянии, стремление оказать действенную помощь в перестройке на научных основах русского сельского, в основном крестьянского хозяйства навела Модеста Николаевича на мысль об организации добровольных обществ. Еще в Казани он предлагал охотничьему обществу и земству наладить разведение охотничьих собак улучшенных пород, снабжать ими охотников- крестьян и организовать их на коллективную борьбу с хищниками, например с волками, наносящими заметный урон крестьянскому скотоводству.
Через много лет он вновь вернулся к идее об организации общества. В 1885 г. в Петербурге он основал Русское общество птицеводства, которым успешно руководил.