При описании отдельных классов подробно рассматривался характер приспособленности животных к специфическим условиям обитания. Для каждого класса описывались ископаемые формы и освещались родственные связи животных разных классов и групп. Таким образом, слушатель получал целостное представление о позвоночных как о едином разделе животного мира, скрепленном тесным родством, общностью происхождения — и в то же время бесконечно многообразном в своих эволюционных разветвлениях.

Лекции Богданова для Высших женских курсов несомненно следует считать одним из интереснейших зоологических курсов своего времени. Если учесть к тому же, что они были предназначены для женской аудитории, впервые собранной в стенах высшего учебного заведения и слабо подготовленной для понимания последних достижений эволюционной теории, то следует отдать справедливость тому большому педагогическому мастерству, с каким Богданов достигал поставленной цели. В этом отношении весьма большую роль играло методическое построение лекций. В начале курса давались четкие теоретические установки, а все изложение предмета строилось как их прямое доказательство. Это придавало лекциям компактность и логическую стройность и облегчало восприятие.

Преподавание на женских курсах было для Модеста Николаевича, как и для многих передовых ученых того времени, не столько педагогическим процессом, сколько общественным долгом. Поэтому он так охотно взял на себя эту обязанность, с такой тщательностью и интересом разработал курс лекций, стараясь внести в него все наиболее ценное и новое и довести его до понимания каждой слушательницы.

Однако в 1881 г., после смерти К. Ф. Кесслера, обязанности Богданова, связанные с университетом, намного возросли. После перехода к нему заведования Зоологическим кабинетом и чтения основных зоологических дисциплин он вынужден был расстаться с Высшими женскими курсами.

В университете Богданов читал первокурсникам общую зоологию, а студентам второго и третьего курсов зоологию позвоночных. Лекции его по-прежнему пользовались большой любовью слушателей. Курс зоологии позвоночных вышел литографированным изданием в 1885 г. По плану эти лекции мало чем отличались от лекций на женских курсах. Следует лишь указать, что здесь ланцетник выделен в особый подкласс бесчерепных (Acrania), тогда как в лекциях 1880 г. он помещен в класс рыб, хотя и с оговорками. Это является несомненно результатом изменившегося понимания родственных отношений между низшими хордовыми и позвоночными. Однако такое понятие, как тип хордовых, Богданов еще не вводил.

Значительно полнее в университетских лекциях изложены вопросы теории эволюции, освещена история эволюционной мысли, дана подробная характеристика и оценка идей Линнея, Кювье, Бюффона, Сент-Илера, Ламарка и Дарвина. Высоко ставя учение Дарвина, Богданов в оценке воздействия внешних условий на организм более склонялся к идеям Ламарка, о чем также подробно говорил в своих лекциях.

Модест Николаевич призывал слушателей изучать законы развития живой природы, чтобы научиться сознательно направлять изменчивость организмов в полезную для человека сторону. «Зная, что изменения организации, прогресс и регресс ее вызываются и складываются под влиянием внешних условий, мы имеем перед собой бесконечно широкую задачу изучать этот комплекс условий и овладеть законами развития организмов для того, чтобы направить это развитие в ту или иную сторону. А в этом важнейший вопрос жизни и развития самого человечества»,— говорил он (I, 99, стр. 56).

Стремление всегда связывать изучение научных вопросов с практическими и хозяйственными задачами, ставить науку на службу человеку — черта творчества Богданова, которая непосредственно перекликается с наукой наших дней. Теперь перед биологией во всех ее отраслях встала задача — использовать знание законов биологического развития, чтобы самим вмешиваться в дела природы. На этом пути человечество достигло больших успехов. Достижения современной генетики, медицины, космической биологии, сельскохозяйственных наук — все это основывается на знании законов природы, которыми научился управлять человек. Однако все эти достижения были бы немыслимы, если бы биология в прошлом столетии не испытала кардинального перелома — перехода от накопления фактов и объяснения явлений природы к активному воздействию на нее.

Богданов был одним из пионеров нового движения в биологии. Вся педагогическая деятельность его направлялась на то, чтобы привить слушателям активное отношение к природе, стремление не только познать ее, но и практически применить свои знания. Модест Николаевич считал, что человек должен стать хозяином природы, хозяином мудрым, рачительным, бережливым. Такой взгляд был развитием направления, о котором говорил Кесслер в своей приветственной речи на Первом съезде русских естествоиспытателей в декабре 1867 г., — «употребить все старания, чтобы усилить у нас деятельность на поприще естественных наук, принять все меры, чтобы направить эту деятельность на изучение нашей земли и на пользу нашей земли», так как только «изучение природы дало человеку в руки те могучие средства, которыми он пользуется, чтобы победить природу» (III, 20, Протоколы, стр. 4).