В ноябре 1920 года Стеллецкий появляется в Лубнах, где два года назад им был создан музей. При музее открывается филиал УАН. Кроме Игнатия Яковлевича здесь работали профессора Е. Ю. Перфецкий и Н. Н. Павлов-Сильванский. Ими был написан ряд трудов по истории Лубен, устраивались лекции и выставки, проводились экскурсии по окрестностям города.

В 1921 году УАН командирует Стеллецкого в Андрусовку для продолжения поиска останков мамонтов, начатого археологом Андреевым ещё в 1916 году. Игнатий Яковлевич раскопал останки нескольких мамонтов, костяк самого крупного был отправлен в Киев и установлен в Институте геологии в 1926 году (во время войны костяк был вывезен в Германию). В 1921 году Стеллецкий попадает в бывшее имение Давыдовых Каменку. Там он находит библиотеку, которой когда-то пользовался Пушкин, в ужасном состоянии. Описав её, Игнатий Яковлевич передал книги в Чигиринский музей. Им же были произведены раскопки в замке Богдана Хмельницкого в Субботове. Возле апсиды Ильинской церкви археолог нашёл полусгоревшие человеческие кости. Он предполагал, что это останки Богдана Хмельницкого, которые пытался сжечь гетман Чарнецкий, но историки отнеслись к этому весьма скептически. Опасаясь, что после его отъезда кости выбросят из музея, Игнатий Яковлевич увозит их с собой. В 30-е годы он получает письмо с требованием Комиссии по охране памятников срочно вернуть в субботовский музей взятые им «кости Богдана Хмельницкого».

В 1922-1923 годах Игнатий Яковлевич много занимается подземными сооружениями в Лубнах. Построены они были в средние века монахами-бернардинцами и таили немало секретов. Например, подземелье ратуши, стоявшей на горе, имело в укромном уголке подземный колодец, а также ход для бегства. В Лубнах же археолог продолжил работы по поиску клада Вишневецкого. С помощью энтузиастов им было локализовано местонахождение замка польского магната. При раскопках был обнаружен плиточный пол и сгоревший подземный ход со множеством скелетов. Ход вёл в овраг к реке Суле. В нём были найдены сабли, перстни, курительные трубки и т. п. Необходимо было дальше расчищать развалины замка в поисках тайников с сокровищами, но против этой работы выступили местные власти. Они закрыли музей. Оставшись не у дел, Стеллецкий принимает решение вернуться в Москву. Сюда он приезжает осенью 1923 года со своей второй женой Марией Михайловной Исаевич.

Ещё в 1919 году Стеллецкий узнал о том, что его квартира в Хамовниках реквизирована, а архив и библиотека вывезены в неизвестном направлении. Стеллецкий обращался за помощью в Наркомпрос и уголовный розыск, но поиски ни к чему не привели. Уникальные материалы по подземной старине, истории библиотеки Грозного исчезли бесследно. В сорок пять лет учёному приходилось всё начинать заново. Не было жилья, работы, архива, библиотеки, не было и многих друзей, не нашедших общего языка с новой властью и эмигрировавших. Полгода Игнатий Яковлевич преподавал украинский язык в Академии Красной Армии. Затем ему удалось устроиться сверхштатным библиотекарем в Исторический музей. После дискуссии, на которой было принято решение о целесообразности поисков библиотеки Грозного (подробно о ней рассказано в «Мёртвых книгах...»), Игнатий Яковлевич вновь начинает собирать материалы о подземном Кремле. Он обращается за помощью к бывшему князю Н. С. Щербатову, который проводил раскопки в Кремле в 1894 году. Но фотографии и записи у Щербатова были изъяты «под честное слово» сотрудниками ЧК, «Зараз десь у ГПУ на почотнiм мiстi на думку Щербатова» [10],- язвительно замечает разочарованный Стеллецкий.

Не получив ответа на свои многочисленные обращения в разные организации с просьбой помочь организовать поиски библиотеки Грозного, Стеллецкий пошёл на маленькую хитрость. Он заключил договор на написание книги о подземной Москве с Государственным издательством РСФСР (Госиздат). С письмом от издательства исследователь направился в ГПУ, где надеялся получить разрешение на обследование тайников Москвы, а особенно Кремля. Но сотрудник ГПУ сказал: «В Кремль мы Вас не пустим, а вся Москва Ваша... Мы его сами весь ископали» [11]. Однако фраза «вся Москва Ваша» не соответствовала действительности. Тайник на Большой Дмитровке, например, обследовали сами сотрудники ГПУ, что и привело к нулевым результатам. Здания, занятые правительственными учреждениями, военными организациями, банками и т. п., также были недоступны для спелеолога. Но всё же Стеллецкому удалось собрать новый материал по подземной старине. Были найдены и по возможности обследованы подземные ходы в Сухаревой башне, Юсуповском дворце (палаты XVII в. в Б. Харитоньевском пер.), Симоновом монастыре. Но чаще всего он встречал ходы, которые требовали расчистки (дом Консистории, церковь Гребневской Божией Матери [12] на Мясницкой ул., дом Мейендорфа на ул. Герцена и др.). А в бывшем замке Бирона на Швивой горке [13] в подвале имелись свежезаложенные арки, за ними находился ход, предположительно выводящий в район Воробьёвых гор.

Минуя рогатки цензуры, Стеллецкий собрал в небольшой сборник материалы по подземной Москве, но издательства отказали ему в публикации под благовидными предлогами.

В 1927 году Игнатий Яковлевич уходит из Исторического музея и много работает в Российском обществе туристов: проводит экскурсии в Москве и Подмосковье, читает лекции в разных городах. Только в Большой аудитории Политехнического музея у него при аншлаге состоялись шесть лекций. Одна из лекций даже транслировалась по радио. А. В. Луначарский шутя называл его своим соперником. Противники Стеллецкого говорили, что его выступления носят характер нездоровой сенсации, на что он резонно отвечал: «Публика Большой аудитории чрезвычайно капризна, один раз не понравилось, в другой никакой пинкертоновщиной не заманишь, да ещё в газетах вздуют в хвост и в гриву» [14]. Темы лекций были различны: пещеры, подземные ходы, библиотека Грозного. Общение со слушателями давало Игнатию Яковлевичу информацию о неизвестных ему подземных ходах и т. п. Так, от очевидцев он узнал о находке при ремонте в Яузской больнице подземелья с прикованным к стене скелетом, об иезуитских тайниках в Полоцке, о пещерах близ Ельца и т. п.

В начале 30-х годов начинается сотрудничество Стеллецкого с Московским метрополитеном. Игнатий Яковлевич знал, что при сооружении метро в Париже подземные сооружения древности были использованы наилучшим образом: в них были размещены службы метро, служебные линии и т. п. Он считал, что так будет и в Москве, но этого не случилось. Зная о подземных ходах, расположенных над первоочередной трассой метро, Стеллецкий неоднократно предупреждал о них начальника Метростроя П. П. Ротерта. Как спелеолог, он понимал опасность подобного соседства. Вот что писал он в докладной записке Ротерту в 1933 году о строящемся здании Библиотеки имени Ленина: «Грандиозное здание библиотеки имени Ленина возводится на месте, густо истончённом на известной глубине историческими пустотами. Тоннель первоочередной трассы, который имеет пройти под ним, составляет определённую угрозу архитектурному гиганту, если таинственные пустоты под ним времён Ивана Грозного своевременно не будут учтены и обезврежены» [15].

Несколько позже мы ещё вернёмся к этому предупреждению Стеллецкого. Как видим, Игнатий Яковлевич пытался реализовать свои знания. Но на душе у него было горько. «Такие чувства остро переживал, пересматривая свои 10-летние бумаги о подземной Москве, собираясь писать очередную докладную записку (П. П. Ротерту) о подземной Москве с тем, конечно, чтобы она не была напечатана. Как никогда, меня охватило раздражение, злость. С какой стати загублен мой научный век? Почему мне долгими годами зажимают рот и я ничего не могу напечатать о своих открытиях, которые, безусловно, наделали бы шум?! [16]»