Отец Нестора Кукольника — неимущий дворянин, словак по национальности — происходил из местечка Кокольники Мункаческого округа (в Закарпатской Украине), входившего тогда в состав Австрийской империи. Он получил образование в Венском университете, но славянское происхождение связывало ему руки. Перебравшись в польский город Замосць, он некоторое время преподает в тамошнем лицее физику, естественную историю и агрономию. Заручившись протекцией H. Н. Новосильцева, Василий Григорьевич Кукольник с женой (полькой С. Н. Пилянкевич) и пятью детьми едет в Петербург, и тут ему наконец повезло. В 1803 году он уже в качестве профессора Педагогического института читает физику, химию и другие дисциплины.