Малката врана, Шакъпий и Жреческата бутилка заповядаха на хората си да развалят вигвамите си. Те натовариха вещите и провизиите, жените и децата в няколко фургона, взети от агенцията, и поеха на запад. Луната на Дивия ориз (септември) завършваше — наближаваха студените луни.

На 26 септември с помощта на Уабаша и Пол Мазакутемане, които вдигнаха бели знамена, Сибли влезе в лагера на сантиите и поиска незабавното освобождаване на пленниците. 107 бели и 162 метиси бяха предадени на войниците. На последвалия съвет Сибли съобщи, че сантиите трябва да се смятат за военнопленници, докато той открие и обеси виновните измежду тях. Мирните вождове отговориха с почтителни уверения в приятелство, като това на Пол Мазакутемане:

„Аз съм израснал като ваше дете. Благодарение на вас пораснах и сега поемам ръката ви като ръка на баща… Отнасял съм се с белите като с приятел и разбрах, не от тях идва благото.“

В отговор Сибли разположи кордон артилерийски оръдия около лагера. След това изпрати пратеници метиси да предупредят всички сантии от долината на Минесота да се явят в Кемп Рилийс19 (както той нарече лагера). Тези, които откажат да се предадат доброволно, ще бъдат преследвани, заловени или убити. Докато траеше излавянето и обезоръжаването на сантиите, войниците отсякоха дървета и построиха грамадна сграда от греди. Предназначението й стана ясно, когато повечето сантии мъже — около 600 от двете хиляди индианци в лагера — бяха оковани по двойки и затворени там.

Междувременно Сибли посочи петима от офицерите си, които щяха да съдят сантиите, обвинени, че са участвували във въстанието. Тъй като индианците нямаха законни права, той не намери за необходимо да им определи защита.

Първият обвиняем, изправен пред съда, беше мулат на име Годфри, които бе женен за индианка от отряда на Уабаша и от четири години живееше в Долната агенция. Свидетелки бяха три бели жени измежду бившите пленнички. Никой не го обвини в изнасилване, никой не го беше видял да извършва убийство, но те казаха, че са чули Годфри да се хвали с убийството на седем бели в Ню Улм. При тези доказателства военният съд намери Годфри за виновен в убийство и го осъди на смърт чрез обесване.

Когато по-късно Годфри разбра, че съдът би могъл да смекчи смъртната му присъда, ако посочи сантиите, участвували в нападенията, той набързо стана доносник. Процесът тръгна гладко и средно по четиридесет сантии дневно бяха осъждани на затвор или на смърт. На 5 ноември делото завърши — 303 сантии бяха осъдени на смърт, шестнадесет — на дълги срокове затвор.

Отговорността за унищожаване на толкова много човешки същества, макар и на „дяволи в човешки образ“, бе по-голяма от тази, която Дългия търговец Сибли би желал да носи сам. Той прехвърли този товар на командира на Щатското военно управление, генерал Джон Поуп. На свой ред Поуп преотстъпи окончателното решение на президента на Съединените щати Ейбрахам Линкълн. „Затворниците сиукси ще бъдат екзекутирани, освен ако президентът забрани това — съобщи генерал Поуп на губернатора Ремзи, — което, аз съм сигурен, той няма да направи.“

Като съвестен човек обаче Ейбрахам Линкълн поиска „пълно и цялостно досие на присъдите; ако досието не съдържа достатъчно данни за по-виновните и влиятелните измежду осъдените, моля внимателно подгответе изложение по тези пунктове и ми го изпратете“. След като получи досието на процеса, президентът възложи на двама юристи да го прегледат, за да се направи разграничение между убийците и тези, които само бяха участвали в сражения.

Отказът на Линкълн да разреши незабавното обесване на 303-мата осъдени сантии разгневи генерал Поуп и губернатора Ремзи. Поуп възрази, че „осъдените престъпници, от всяка гледна точка трябва веднага и без изключение да бъдат екзекутирани… Човечността изисква незабавно да приключим случая.“ Ремзи поиска пълномощия от президента да заповяда спешното екзекутиране на 303-мата осъдени мъже и предупреждава, че жителите на Минесота ще „устроят частно отмъщение“ на затворниците, ако Линкълн не действува бързо.

Докато президентът Линкълн преглеждаше досието на процеса, Сибли премести осъдените индианци в затворнически лагер в Саут Бенд на река Минесота. Когато те преминаваха край Ню Улм под охрана, тълпа граждани, включително и много жени, се опита да „устрои частно отмъщение“ на затворниците с вили, вряла вода и камъни. Преди войниците да успеят да ги изведат далеч от града, петнадесет затворници бяха ранени, един от които със счупена челюст. През нощта на 4 декември тълпа граждани отново щурмува затворническия лагер с намерение да линчува индианците. Войниците успяха да удържат тълпата и на следващия ден преместиха индианците в един по-добре укрепен затвор близо до град Манкато.

Междувременно Сибли реши да задържи и останалите 1700 сантии — предимно жени и деца — като затворници, макар единствената им вина да бе, че са се родили индианци. Той заповяда да ги прехвърлят по суша във форт Сислинг и по пътя те също бяха нападнати от разярени бели граждани. Мнозина бяха удряни с камъни и тояги, а едно дете бе изтръгнато от ръцете на майка му и пребито до смърт. Във форт Снелинг дългата четири мили процесия беше наблъскана в едно оградено пространство върху още влажната от пролетното пълноводие долина. Там, под охраната на войниците, настанени в порутени заслони и хранени с оскъдни: дажби, останките от гордите някога сиукси очакваха съдбата си.

На 6 декември президентът Линкълн съобщи на Сибли, че разрешава екзекутирането на тридесет и девет от 303-мата осъдени сантии. „Останалите осъдени затворници ще задържите до второ нареждане, като вземете мерки те да не избягат и да не бъдат подлагани на незаконно насилие.“

Денят на екзекуцията беше 26 декември (Луната, когато елените сменят рогата си). От сутринта град Манкато беше пълен с жадни за мъст и болезнено любопитни граждани. Един полк войници пристигна, за да пази реда. В последния момент един от индианците беше помилван. Към десет часа сутринта тридесет и осемте осъдени мъже бяха преведени от затвора до бесилката. Те пяха предсмъртните песни на сиуксите дотогава, докато войниците не покриха главите им с бели качулки и не сложиха примки около вратовете им. По даден от един армейски офицер сигнал въжето бе прерязано и тридесет и осемте сиукси увиснаха безжизнени във въздуха. Ако не беше намесата на Ейбрахам Линкълн, те щяха да бъдат триста дори и при това положение един зрител се похвали, че това е била „най-голямата масова екзекуция в Америка.“

След няколко часа официалните лица откриха, че двама от обесените не са включени в списъка на Линкълн, но това бе признато публично едва девет години по-късно. „Жалко е, че се допуснаха грешки — заяви един от отговорните за случилото се, — но аз съм сигурен, че те не бяха направени съзнателно“. Един от обесените невинни хора беше спасил живота на бяла жена по време на нападенията.

Някои от другите екзекутирани до последния момент настояваха, че са невинни. Рда-ин-ян-ка се бе опитал в началото да спре войната, но впоследствие се бе присъединил към Малката врана. Когато Малката врана и изследователите му се оттеглиха в Дакота, Уабаша бе убедил Рда-ин-ян-ка да не отива с тях.

Малко преди екзекуцията Рда-ин-ян-ка продиктува прощално писмо до вожда си: