В отличие от Яворского, Прокопович всецело поддержал стремление Петра подчинить церковь государству. Фоккеродт, секретарь прусского посланника Мардефельда, писал, что помимо широчайшей учености, Прокоповича отличает «безмерная преданность благу страны, даже в ущерб интересам духовенства». Неудивительно, что он не находил общего языка с длиннобородыми поборниками патриархальных традиций. Конфликт Прокоповича с рядом видных иерархов обострился в связи с тем, что они поддерживали царевича Алексея. В 1718 году Петр повелел высшему духовенству «учинить суд» над царевичем, 6 апреля, в Вербное воскресенье, Феофан Прокопович произнес пламенную проповедь, возглашая с кафедры, что царская власть установлена Творцом, вооружена мечом Господним и повиноваться ей – святой долг всех подданных без изъятия, а всякое противодействие есть грех перед ликом Господним. Он гневно порицал тех, кто полагал, что духовенству не обязательно верноподданнически служить своему государю. «Многие мыслят, – заявил Прокопович, – что не все люди обязаны повиновением властям, что некоторые исключаются, именно священство и монашество. Это терн, жало змеиное, дух папский, неизвестно как нас коснувшийся: священство есть особое сословие в государстве, а не особое государство в государстве». Вполне понятно, что многие церковники упрекали Прокоповича в низкопоклонстве, честолюбии, вероотступничестве и лицемерии. Когда Петр назначил его архиепископом Псковским, московское духовенство не преминуло обвинить новопоставленного архиерея в протестантской ереси. Это обвинение поддержал и Яворский, однако, когда Петр потребовал представить доказательства еретических воззрений Прокоповича, местоблюститель, оказавшийся не в состоянии их раздобыть, вынужден был отступиться.
Война со Швецией близилась к концу, и Петр все чаще задумывался о необходимости дать наконец церкви постоянное управление. «Временное» назначение Яворского местоблюстителем растянулось на восемнадцать лет, а русские архиереи без конца досаждали царю просьбами о поставлении патриарха. Долгое время Петр оставлял эти прошения без внимания, а когда наконец откликнулся, ответ его оказался вовсе не таков, какого ожидали церковники. За годы, прошедшие со времени кончины последнего патриарха, Петр немало поездил по Европе, побывал и в католических, и в протестантских странах и познакомился с принятыми на Западе формами церковного управления. Римскую церковь единолично возглавлял папа, а в протестантских странах руководство церковью осуществляли коллегиальные органы – синоды, ассамблеи или административные советы. Эта-то система и пришлась по нраву Петру. Он уже реформировал гражданское управление, заменив приказы коллегиями, а теперь задумал и церковь переустроить по аналогичному образцу. В конце 1718 года Петр поручил Прокоповичу подготовить проект нового церковного уложения, получившего впоследствии название «Духовный регламент». Этот документ должен был определить на будущее принципы управления Русской православной церковью. Долгие месяцы Прокопович упорно трудился над текстом Регламента, и в том, что этот документ увидел свет, ему, бесспорно, принадлежит основная заслуга, однако каждый раздел проекта внимательно прочитывался, а порой и переписывался самим государем.
В 1721 году царским манифестом «Духовный регламент» был введен в действие, нанеся жестокий удар по столь ненавистной Петру московской церковной старине. Регламентом предписывалось искоренять невежество и суеверия не только среди паствы, но и среди священства, ибо при недостатке просвещения церковь не может обрести и доброе устроение. Епископам было указано завести школы для приготовления священников. Всего за четыре года с момента вступления Регламента в силу было открыто сорок шесть таких училищ. Священникам надлежало изучать богословие и, прежде всего, учиться доказывать истинность православных догматов ссылками на Священное Писание. Но тем дело не ограничивалось: по настоянию Прокоповича, будущим пастырям предстояло изучать историю, политику, географию, арифметику, геометрию и физику. От прихожан Регламент требовал непременного посещения церковных служб: на тех, кто пропускал богослужения или разговаривал в церкви, налагался штраф.
Однако наиболее примечательной особенностью нового Регламента явилось упразднение патриаршества. Во главе Русской церкви было поставлено бюрократические учреждение, названное Священным правительствующим синодом и организованное по образцу коллегий. Синод состоял из президента, вице-президента и восьми членов. Но, по замыслу Петра, Синод был поставлен выше коллегий и приравнен к Сенату. Как и при Сенате, при Синоде состоял особый надзиратель, обер-прокурор, к ведению которого относились все административные вопросы, забота о соблюдении порядка и благопристойности и разбор всяческих свар между членами Синода. Синод контролировал все стороны церковной жизни как собственно духовные, так и хозяйственные, и, по существу, стал министерством по делам церкви, а его оберпрокурор – министром духовных дел.
В пространном вступлении к «Духовному регламенту» Прокопович (за которым стоял сам Петр) так объяснил причину учреждения коллегиального управления церковью и упразднения единоличной власти патриарха: «От соборного правления нельзя опасаться отечеству мятежей и смущения, какие происходят от единого собственного правителя духовного, ибо простой народ не ведает, как разнится власть духовная от самодержавной, но, великого высочайшего пастыря честию и славою удивляемый, помышляет, что таковой правитель есть второй государь, самодержцу равносильный, или еще и более его, и что духовный чин есть другое и лучшее государство. Простые сердца так мнением этим развращаются, что не столько смотрят на самодержца своего, сколько на духовного пастыря, и когда услышат между ними распрю, то все более духовному, чем мирскому, правителю сочувствуют, хотя слепо и пребезумно, за духовного ратовать и бунтовать дерзают, и льстят себя, окаянные, надеждою, что они по самом Боге поборают и руки не оскверняют, но освящают, хотя бы и на кровопролитие устремились».
В течение двух последующих столетий, до 1918 года, управление Русской церковью осуществлялось через Синод на основе «Духовного регламента». Церковь утратила свою независимость – власть государя во всех вопросах, кроме сугубо догматических, была отныне абсолютной и непререкаемой. Принимая сан, священник приносил клятву верности самодержцу, а монархия, в обмен на безоговорочное повиновение, обеспечивала православию положение государственной религии.
Хотя Яворский был категорически против учреждения духовной коллегии, Петр назначил президентом Синода именно его, видимо полагая, что если митрополит не будет привлечен к работе Синода, он будет ей противодействовать. При его авторитете это была серьезная угроза. Яворский попытался уклониться от назначения и просил государя отпустить его на покой в монастырь, но Петр остался непреклонен в своем решении. Назначение состоялось, и Яворский возглавлял Синод до самой своей кончины в 1722 году.
Несмотря на то что Прокопович был относительно молод (в 1721 году ему исполнился сорок один год) и уступал по старшинству ряду архиереев, он получил третий по значению пост второго вице-президента Синода. На этом посту он деятельно руководил церковными делами, неотступно следуя принципам, которые сам же и разработал. Феофан пережил Петра на десять лет. При преемниках императора он сохранил влияние в Синоде и впоследствии удостоился весьма почетного сана архиепископа Новгородского.
Упразднив патриаршество и фактически превратив церковь в одно из государственных ведомств, Петр решил чрезвычайно важную задачу. Церковь, как вторая по значению власть в государстве, окончательно утратила свою силу и перестала представлять опасность для самодержавия, превратившись в одну из спиц в колесе абсолютистской государственной машины. Удалось добиться и некоторого повышения образованности духовенства, правда даже позднее, в XVIII и XIX веках, сельские священники в России отнюдь не являли собой образец учености. Поразительно, но принятие «Духовного регламента» не столкнулось с заметным противодействием ни в народе, ни в церковных кругах. В значительной мере это было связано с тем, что церковная реформа Петра не затронула обрядовую и догматическую стороны церковной жизни, почитавшиеся в православии важнейшими. Для царя имело значение, кто будет управлять церковью, а не как служить литургию, и потому все обрядовые особенности российского православия сохранились в неприкосновенности.