Определенные трудности представляло включение в состав блока Аргентины, которая до последнего времени оставалась верна дружбе с державами «оси». Незадолго до конференции Рузвельт и другие официальные лица порицали в своих выступлениях Аргентину за профашистскую политику. Однако Рокфеллер сумел добиться пересмотра позиции США: военно-политический блок был составлен при участии Аргентины. Действия Нельсона и, в частности, допущенные им антисоветские высказывания вызвали недовольство других участников американской делегации, а также ее официального руководителя Стеттиниуса, прибывшего с запозданием из Ялты и поставленного в ряде вопросов перед совершившимися фактами. По словам Десмонда, государственный секретарь вынужден был «пойти по пути, которого сам никогда не одобрил бы».
В те дни у всех перед глазами был героический подвиг Советской Армии, остановившей продвижение фашистских орд. Впоследствии Стеттиниус писал: «Это — человеческая слабость забывать так скоро обстоятельства прошлых событий. Американский народ должен помнить, что он был на грани несчастья в 1942 г. Если бы Советский Союз не удержал свой фронт, немцы были бы в состоянии завоевать Великобританию, они бы могли также овладеть Африкой и создать плацдарм в Латинской Америке». Весной 1945 г. это еще хорошо помнили. А потому и члены американской делегации в Чапультепеке возражали против принятия каких-либо решений, которые могли послужить оскорблением совместной борьбе против фашизма. Но уже подняли голову антисоветские силы. Они спешно готовили пересмотр американской политики, и Рокфеллер был в авангарде этих сил. Занятая им позиция на конференции и принятые в Мексике решения звучали таким диссонансом декларациям о послевоенном сотрудничестве между участниками антифашистской коалиции, что в американской прессе появились критические высказывания, а в конгрессе было назначено специальное расследование. Нельсона прямо обвиняли в том, что он вел «профашистскую» и «антисоветскую» линию.
Таким образом, в результате принятых по инициативе Рокфеллера решений в Чапультепеке будущая Организация Объединенных Наций была поставлена перед реальной перспективой раскола. Это был удар по предстоящей конференции в Сан-Франциско. И в Соединенных Штатах настолько ясно отдавали себе в этом отчет, что решили не включать Нельсона в состав американской делегации. Однако события складывались явно не в пользу противников Рокфеллера. 12 апреля 1945 г. скончался Рузвельт, и президентом стал Гарри Трумэн. Он заявил, что продолжит прежний курс, а на деле сразу же взялся за ревизию политики покойного президента. Решение о том, что Рокфеллер не войдет в состав американской делегации на конференции ООН, осталось в силе, но в Сан-Франциско он поехал. Ему поручалось управлять голосами латиноамериканских стран. Зафрахтовав и на этот раз специальный самолет для делегатов Латинской Америки, Рокфеллер вместе с ними прибыл к месту действия. Он присутствовал не только на конференции, но даже на заседаниях министров иностранных дел. Впоследствии сенатор Т. Конноли, участник делегации США на конференции ООН, вспоминал: «В затруднительных случаях мы ему несколько раз говорили: „Давай, выстраивай своих латиноамериканцев!“». И Рокфеллер выстраивал их. Так было положено начало механическому большинству голосов в ООН, ставшему традиционным средством антисоветской политики США в этой организации.
На конференции в Сан-Франциско Нельсон выступал как неофициальный эксперт по латиноамериканским вопросам. «Я никогда не сознавал до этого, как важна его работа — держать при нас наших „добрых соседей“, и я не знаю, кто бы мог это сделать лучше него», — отмечал в своих записках участник конференции, сенатор США А. Ванденберг. Но Нельсона интересовал более широкий круг проблем, чем одна Латинская Америка. По свидетельству биографа его отца и одного из ближайших сотрудников Р. Б. Фоздика, Рокфеллеры проявляли «глубочайший интерес» к судьбам будущей международной организации еще со времен первой учредительной конференции в Думбартон-Оксе. Теперь, в Сан-Франциско, в развитие Чапультепекской резолюции делегация США при организованной Нельсоном поддержке латиноамериканских представителей добилась принятия в ООН Аргентины. Кроме того, Рокфеллер внимательно наблюдал за переговорами об Уставе ООН, настояв на включении в устав статьи о региональных блоках. Он мотивировал это опять-таки необходимостью поддержать решения конференции в Чапультепеке, но в действительности преследовал гораздо более далеко идущие цели.
Предложенный конференции советский проект предусматривал возможность создания блоков лишь в случае возникновения агрессии со стороны бывших держав «оси» или их сателлитов. Об этом говорилось в статье 51. Предложение СССР первоначально не вызвало возражений. Но Рокфеллер считал такую формулировку неудовлетворительной. Поскольку его попытка убедить в этом Стеттиниуса не увенчалась успехом, он решил обратиться к сенатору Ванденбергу — участнику конференции и одному из республиканских лидеров в конгрессе. Пригласив Ванденберга на обед, Нельсон быстро склонил его на свою сторону. Недаром Ванденбергу приписывали такие слова: «Все, что хочет Рокфеллер, — о’кэй». Вместе они составили письмо Стеттиниусу, в котором влиятельный конгрессмен настаивал на изменении статьи 51. В противном случае, предостерегал он, сенат не одобрит вступления США в ООН. Это была угроза, и она подействовала. Правительство Соединенных Штатов не желало повторения провала с вступлением Америки в Лигу Наций.
Вмешательство Рокфеллера в переговоры об уставе ООН вызвало недовольство со стороны других членов делегации. Даже будущий проповедник политики «на грани войны» Д. Ф. Даллес, представлявший республиканскую партию, был возмущен Рокфеллером. Он устроил резкую сцену, заявив, что действия Нельсона способны привести к краху всю конференцию. Однако Рокфеллер не отступил и сумел добиться, что в конечном итоге по настоянию делегации США указанная статья была включена в Устав в предложенной им редакции. Позднее, уже в разгар «холодной войны», Даллес признал «ошибочность» своей позиции и принес Нельсону извинения.
«Теперь, — говорил Даллес, — я оценил значение вашего предложения». Он действительно оценил его в полной мере. Ссылками на 51-ю статью Устава ООН Даллес и другие руководители американской внешней политики впоследствии обосновывали правомерность создания агрессивного Североатлантического и других антисоветских блоков.
При основании Организации Объединенных Наций важное значение имел также вопрос о том, где разместится будущая международная организация. Выбор пал на Нью-Йорк. Соединенные Штаты проявили в этом живую заинтересованность. Резиденцией всемирной организации народов должен был стать город, снискавший себе славу цитадели финансового капитала США. Такое решение импонировало честолюбивым замыслам американского бизнеса, которому после второй мировой войны, как никогда ранее, казалось, что именно ему предназначено стать руководящей силой в мире. Эта идея уже давно захватила и Рокфеллеров. Приветствуя решение о том, что резиденция ООН разместится в Нью-Йорке, Нельсон принял непосредственное участие в реализации данного решения: он вошел в состав американского комитета по подысканию места для строительства ее штаб-квартиры.
Сначала ООН предложили участок, который занимала Всемирная выставка 1937 г. Но выяснилось, что одни работы по расчистке и подготовке строительной площадки составят 35 миллионов долларов. Этот проект был решительно отвергнут. Такая же судьба постигла и ряд других предложений: владельцы участков запрашивали слишком высокую цену. Нельсон предложил было собирать Генеральную Ассамблею в театре Рокфеллеровского центра, но из этого проекта тоже ничего не вышло. Переговоры зашли в тупик, и встал вопрос о том, что Организации Объединенных Наций придется перебираться в другой город. В качестве возможного варианта называли Филадельфию.
11 декабря 1945 г. делегатам ООН предстояло собраться в последний раз, чтобы вынести окончательное решение. Известие об этом застигло Нельсона в Мексике. Бросив все свои дела, он вылетел в Нью-Йорк. До заседания оставалось менее двух суток, и была предпринята отчаянная попытка удержать ООН в Нью-Йорке. Возникла даже идея предложить Организации Объединенных Наций обосноваться в фамильном имении Рокфеллеров Покантико-Хиллз. Правда, на это еще следовало испросить согласие всех членов семьи. А один из братьев находился в Виргинии, другой — в Латинской Америке. Не теряя времени, Нельсон связался с ними по телефону. Расставаться с имением, которое принадлежало еще Рокфеллеру I и хранило в себе семейные традиции, было жаль. Но мысль о том, что организация, призванная вершить судьбами мира, будет расположена в фамильном владении Рокфеллеров, перевесила остальное. Семейный совет решил пожертвовать традициями, и Нельсон вступил в официальный контакт с представителем США в ООН У. Остином. Однако Остин не поддержал этого предложения. Представитель США мало верил, чтобы Организация Объединенных Наций могла согласиться поместить свою резиденцию в имении Рокфеллеров. Попытка провести это предложение неизбежно вызвала бы возражения и нежелательные разговоры. Поэтому Остин сказал Нельсону, что делегаты ООН едва ли согласятся на что-нибудь иное, кроме центра Нью-Йорка. Таким образом, снова все рухнуло. Между тем до назначенного заседания в ООН оставалось менее суток. Потеряв последнюю надежду, Нельсон обратился к отцу. Всем этим делом он занимался сам с группой ближайших советников. Но оказалось, что и старый Рокфеллер не сидел сложа руки. Он предложил совсем иной вариант — купить прилегающий к Ист-Ривер земельный участок на Манхэттене, передав его затем в качестве дара ООН. Такой участок уже присмотрели, с его владельцем начали переговоры, условились о цене и подписали контракт. Предложение Рокфеллеров на этот раз было принято. Нельсон мог торжествовать. Вся операция увенчалась успехом, в результате чего резиденция ООН оставалась в Нью-Йорке. В ближайшие месяцы был разработан проект, а затем под руководством Гаррисона, архитектора Рокфеллеровского центра, принимавшего деятельное участие в переговорах о покупке участка на Ист-Ривер, была выстроена штаб-квартира ООН. Земля, которую она занимает, стоила Рокфеллерам восемь с половиной миллионов долларов. Это — немалая сумма, но при их средствах такой расход допустим. Его оправдывает нажитый моральный капитал.