Слишком зацентрализована была система управления во французской армии, и слишком много взял на себя Наполеон, не предоставляя своим маршалам никакой свободы действий и инициативы. В своих приказах, не всегда чётких в изложении Бертье, Наполеон давал своим маршалам лишь географические ориентиры, нисколько не вводя их в курс своих тактических или стратегических замыслов и превращая их в бездумных исполнителей-автоматов. "Император не нуждается в советах или планировании походов; никто не знает его мыслей, и наш долг только в том, чтобы ему повиноваться", — с назиданием сообщил Бертье маршалу Нею во время этой же кампании.
…Отступавшие части принца Хоэнлоэ буквально смяли войска, находившиеся под командованием самого короля Пруссии, и на всём участке фронта от Эрфурта до Вайсензее распространилась паника. Корпус Бернадота между тем продолжал играть роль шахматной фигуры, которую Наполеон передвигал из одного конца в другой, чтобы создавать на том или ином направлении угрозу пруссакам. До настоящего сражения дело не доходило. 14 октября под Йеной и Ауэрштадтом между воюющими сторонами произошло решительное сражение, в котором победа досталась французам.
Зато корпусу Бернадота пришлось участвовать в деле под Халле и Тресковом, где ему противостояли превосходящие резервные части герцога Вюртембергского. Французы взяли здесь в плен более 5 000 человек, 4 знамени, 34 артиллерийских орудия и весь прусский обоз, а сами потеряли около 800 человек убитыми и ранеными. Маршал, действуя в своей джентльменской манере, приказал вернуть герцогу "позабытый" в Халле экипаж, а заодно с ним — "застрявшего" в городе корпусного капеллана. Бернадот отдал приказ о том, чтобы его солдаты воздержались от грабежа города и не чинили его жителям никаких неудобств.
Маршал Бернадот в битве при Халле в 1806 году. Художник Ж. Клари
На данной стадии боевых действий 1-му корпусу была предоставлена некоторая оперативная свобода, но придирки Бертье по отношению к Бернадоту продолжались, причём дело доходило до того, что начальник генштаба требовал от Бернадота отчёта в действиях, о которых в самих приказах ничего сказано не было. Оскорблённый князь Понте-Корво был вынужден письменно обращаться к императору, ссылаться на свою 30-летнюю службу в армии, свой опыт и свои заслуги, не дававшие права его врагам "лишать меня Вашего доверия" и возможности верно служить императору и впредь. В жалобе императору содержался явный намёк на Бертье.
17 ноября Бернадот поехал к Наполеону в Мерзебург, и император лицемерно засыпал его комплиментами за победу под Халле. Маршал Лефевр в доверительной форме сообщил, однако, Бернадоту; что другие его коллеги, в особенности Мюрат, Бертье и Сульт, буквально лопались от зависти. "Они чувствуют себя униженными, — писал Лефевр, — и император разделяет их чувства. Мы намеревались выйти против резервного корпуса герцога Вюртембергского с 60 000 человек, а ты его разбил с менее чем 15 000. Если бы тебе это не удалось, они были бы больше довольны…"
Недовольство императора дало о себе знать уже на следующий день: Бернадот задержался в Халле всего на один день, но уже получил за это замечание. Наполеон явно придирался к маршалу, который во всех кампаниях прославился именно своими быстрыми переходами и маневрами.
Прусская армия после поражения принца Хоэнлоэ под Пренцлау практически перестала существовать, за исключением 21-тысячного корпуса Г.-Л. Блюхера, старого знакомца Бернадота. Согласно новому приказу, маршал Бернадот должен был преследовать его при отступлении на север. Если бы Блюхер узнал, что его преследуют силы, почти вдвое уступавшие его корпусу, он бы непременно принял меры нанести поражение галантному ганноверскому губернатору. Но Бернадоту повезло. 31 октября его корпус появился под Штаргардом, наступая на пятки фельдмаршалу, который пытался спрятаться с остатками прусской армии в крепости Штральзунд. Каждый день его корпус участвовал в стычках с прусским арьергардом. 1 ноября он настиг арьергард Блюхера в лесу между Ябелем и Носсентином, а за лесом увидел вдали густые колонны пехоты и кавалерии.
Бернадот принял решение немедленно атаковать, тем более что где-то рядом под Деммином находился корпус Мюрата. Первым в атаку пошла дивизия генерала Дюпона, которая шаг за шагом вытеснила пруссаков из леса. Пехота противника спряталась за свою кавалерию — её у Блюхера оказалось здесь около 3000 всадников, в то время как у Бернадота в четыре раза меньше. Но до решительной схватки дело не дошло, противник отступил и под покровом темноты снова оторвался от преследователей.
Здесь во время преследования противника князь Понте-Корво чуть не погиб под копытами своей кавалерии. Конь сбросил его из седла на землю в тот самый момент, когда кавалерия в темноте пошла в атаку. Спасло чудо, и князь остался целым и невредимым. На следующий день он снова угодил в переделку, в которой был окружён и едва не попал в плен. На сей раз выручил конь, князю удалось вырваться из кольца вражеских всадников и добраться до своих вольтижёров.
4 ноября Бернадот взял Шверин. К нему там наконец присоединились Мюрат и Сульт, а Блюхер к этому времени собрал все свои разрозненные и измотанные части под Гадебушем. Теперь прусский фельдмаршал направлял свой взор на старый ганзейский город Любек. Там он мог отсидеться и отдохнуть от наседавших со всех сторон наполеоновских маршалов.
6 ноября 1-й корпус, поддержанный корпусами Мюрата и Сульта, выступил в направлении Любека. Захватив в ночной стычке колонну пруссаков с обозом, французы окружили город и на утро следующего дня приступили к его осаде. В городе находился прусский гарнизон, полный решимости драться и не сдавать город французам. Но сопротивление защитников на участке Бернадота было сломлено, и скоро французы ворвались в город. Блюхеру со своим штабом чудом удалось спастись от плена, но раненые полковники Йорк и Витцлебен этой участи не избежали. Блюхер предпринял попытку продолжить оборону и отбить Йорка с Витцлебеном, но тут подошли части Мюрата и Сульта, и пруссаки были вынуждены отступить в направлении к Ратекау.
Уличные бои в городе продолжались ещё два часа, но сопротивление защитников уже шло на убыль, и скоро весь Любек оказался в руках французов. Его жители подверглись жестокому грабежу, имели место и другие неприятные эксцессы. Остановить разгул победителей было трудно, поскольку в городе перемешались подчинённые трёх командиров. К князю Понте-Корво явилась депутация любекских властей с просьбой навести порядок в городе, тот ответил, что это входит и в его намерения, но пока солдат не разместят на постой, сделать что-либо будет трудно. Тем не менее, пишет Хёйер, он принял меры по ограждению любекцев от разгула своих солдат и предал нескольких мародёров трибуналу. Наполеон, приняв полковника Морио с отчётом маршала о завершении операции, недовольно буркнул: "Князь молодец, что заботится об этом. Город взят штурмом и принадлежит солдатам". А Любекцы не остались в долгу перед князем и сделали ему и его помощникам "положенные" приношения.
Блюхер, вошедший в Любек с 14 000—15 000 солдат и вырвавшийся из кольца всего с 9000, намеревался пробиться к Травемюнде и организовать оборону там. Но всё это было напрасно, разрозненные прусские части были полностью окружены, а сам Травемюнде скоро был взят французскими войсками. Остатки прусской армии попали в отчаянное положение, и, казалось, никакого спасения для них уже не было. Князь Понте-Корво предложил им капитулировать на условиях, при которых все пленные сохранят своё имущество. Блюхер, известный в своей армии по прозвищу "Старая шпага", был вынужден признать безысходность ситуации. На церемонии подписания условий капитуляции он заявил: "Я капитулирую, потому что у меня не остаюсь ни хлеба, ни амуниции". Успех Любекской операции, с удовлетворением пишет Хёйер, полностью обязан командованию Бернадота и действиям его 1-го корпуса.