Главный удар против союзников Наполеон направил во фланг и уже одним только маневром под Ульмом создал своей армии стратегическое преимущество, оказавшись чуть ли не в тылу у противника. Макк не ожидал этого, и в октябре 1805 года капитулировал, и 80-тысячная австрийская армия практически перестала существовать. Армии эрцгерцогов Йохана в Тироле и Карла — в Адидже, вместо того чтобы прийти на помощь Макку, отходили в Венгрию, преследуемые Неем и Массена. Путь на Вену практически был свободным, и 13 ноября Йоаким Мюрат занял австрийскую столицу.
Во время битвы под Ульмом Бернадот со своим корпусом находился в Мюнхене. Здесь он нанёс поражение австрийскому генералу Кинмайеру и продолжил движение на восток, обеспечивая безопасность правого фланга французской армии. 29 октября он вошёл в Зальцбург, а в начале ноября повернул на северо-восток, чтобы принять участие в окружении 40-тысячной русской армии М.И. Кутузова. Но русским 9 ноября удалось ловко уйти от Мюрата, и к ним на соединение из Моравии шёл ещё один русский корпус. Этого было довольно, чтобы армия Кутузова спокойно перешла Дунай у Маутерна, вышла из готовящейся ей западни и попутно нанесла Мортье чувствительный удар при Дюрнштайне. Наполеон, находившийся в Линце и утративший живой контакт с вырвавшимися вперёд корпусами, стал искать виновных. Ими оказались Мюрат и Бернадот. Последний оправдывался и клялся в будущем исправиться.
11 ноября Наполеон приказал 1-му корпусу спешно форсировать Дунай, чтобы ещё раз попытаться отрезать Кутузову пути к отступлению. 15 ноября Бернадот с корпусом с большим трудом форсировал в районе Кремса Дунай и вышел к границам Богемии, собираясь парировать продвижение оттуда корпуса эрцгерцога Фердинанда. Форсирование Дуная без понтонных средств было не простым делом, и Бернадот выполнил приказ императора с опозданием на два дня. Выступить наперерез русской армии он не смог, поскольку в его наличии на левом берегу Дуная оказалось всего 6 пехотных полков, несколько эскадронов кавалерии и немного артиллерии. А Кутузов своим маневром под Холабрунном снова поставил в тупик Мюрата и ушёл от него, перечеркнув, таким образом, план Наполеона. Т. Хёйер утверждает, что критика императором Бернадота была несправедливой и что при тех средствах и дефиците времени, которыми располагал маршал, выполнить приказ Наполеона не представлялось возможным. К тому же начштаба Бертье постоянно менял свои указания и довольно поздно ставил Бернадота в известность об их постоянных изменениях. Привычка сваливать свою вину на других станет у Наполеона теперь постоянной.
Новый приказ Наполеона предусматривал преследование остатков австрийских войск, уходивших из-под Ульма под командованием молодого эрцгерцога Фердинанда. Для русско-австрийской коалиции далеко не всё было потеряно: положение занявшего Вену маршала Мюрата скоро стало довольно щекотливым, а то, что Наполеон сделал с Макком под Ульмом, могла теперь австро-русская армия сделать с ним самим. И если бы не везение, которое спасло Наполеона в своё время под Маренго, то гениальный стратег и полководец оказался бы в плачевном состоянии. Союзникам нужно было, считают А. Блумберг и Т. Хёйер, всего-навсего выждать, подождать подхода из Италии армии эрцгерцога Карла, заручиться присоединением к коалиции Пруссии и вообще не торопиться проявлять инициативу. Спас Наполеона русский царь. Молодой, горячий и тщеславный Александр 1 жаждал славы и рвался в бой. К тому же его адъютант князь Долгоруков, посланный к Наполеону, получил "достоверные" сведения от адъютанта Наполеона Савари, согласно которым французская армия была плохо подготовлена к сражению. В результате австрийский генерал Ф. Вейротер составил самый неудачный план предстоящего сражения.
На подходе к богемско-моравской границе в Иглау Бернадот 25 ноября встретил министра иностранных дел Пруссии Хаугвитца, который вёз Наполеону ультиматум своего короля. Наполеон знал, о чём будет идти речь, — Пруссия решила выступить посредником для прекращения военных действий между воюющими сторонами, — и дал указание Бернадоту задержать Хаугвитца в Иглау на целый день, что маршал с успехом выполнил, уговаривая пруссака подождать прибытия в Иглау самого императора. Убедившись, что его обманули, Хаугвитц на следующий день продолжил свой путь.
Вечером 28 ноября Бернадот получил приказ отходить к Брно, и, совершив 36-часовой марш-бросок, соединился с главными французскими силами в Моравии, чтобы 2 декабря 1805 года успеть принять участие в знаменитом Аустерлицком сражении. Немецкий биограф Бернадота А.-Э. Имхоф считает роль 1-го корпуса при Аустерлице (Славкове) недостаточно ясной. С ним соглашаются многие другие историки, включая шведских, которые пишут, что его вклад в успех французской армии оказался недостаточным.
Бернадот участвовал в битве с не более чем 10 500 чел. Кавалерийскую дивизию Келлермана у него отобрали, и 1-й корпус располагал под Аустерлицем лишь пехотой. Бернадот стоял в центре французских позиций, Ланн и Мюрат были справа, а Сульт и Даву — слева от него. В бой 1-й корпус вступил после корпуса Мюрата, и то лишь в половинном составе, и о его роли косвенно могут свидетельствовать его потери: всего 86 человек убитыми и 360 ранеными, в то время как потери в корпусе Ланна измерялись соответственно 583 и 3854, а у Даву, участвовавшего в сражении лишь одной своей дивизией, — 325 убитыми и 1165 ранеными.
А. Палмер и некоторые мемуаристы, напротив, утверждают, что когда Бернадот, получив приказ выдвинуться к Сокольницам, на свой страх и риск пошёл на Пратценские высоты, он тем самым внёс решающий вклад во французскую победу. Он послал на помощь Сульту одну из своих дивизий, после чего в битве наступил перелом. По мнению А. Блумберга, рьяного панегириста Бернадота, когда русская гвардия была вынуждена отступить, маршал предпринял энергичную кавалерийскую атаку и во многом способствовал прорыву русского фронта (откуда у Бернадота появилась кавалерия, если её перед сражением у него отобрали, знает только Блумберг).
Давая своим маршалам последние распоряжения о порядке сражения, Наполеон по отношению к Бернадоту принял демонстративно сухой и деловой тон. Император в окружении маршалов Мюрага, Ланна, Мортье, Лефевра, Сульта, Даву и Бернадота пытался во всём подчеркнуть своё превосходство над ними, но как он боялся всех этих выдающихся военачальников! Все они не раз слышали, как он говорил, что предпочёл бы иметь дело не с ними, а с серыми посредственностями.
После заключения Прессбургского мира 26 декабря 1805 года французская армия осталась на своих местах. Франция оставалась державой, господствующей на суше, в то время как Трафальгарское сражение двумя месяцами раньше подтвердило статус Англии как ведущей морской державы. Но антифранцузская коалиция распалась в очередной раз, а Пруссия, не успев вступить в эту войну, заключила с Францией наступательно-оборонительный союз.
23 февраля 1806 года корпус Бернадота, которому были приданы корпус Мортье и кавалерийские дивизии Нансути и Бурсье, во исполнение приказа Наполеона — Бертье нарушил суверенитет княжества Ансбах-Байройт, фактически принадлежавшего союзнику Пруссии. Территорию княжества маршал Бернадот использовал для удобного маневра в тыл австрийцам. Оккупировав княжество, Наполеон отдал его Баварии, а Пруссии в качестве компенсации предложил Ганновер. Оскорблённый кайзер Фридрих Вильгельм III ответил на этот вероломный шаг Наполеона занятием Ганновера и пропуском русской армии через Силезию. Дни нахождения Пруссии в одном лагере с Францией были сочтены.
В целом пребывание Бернадота в Ансбах-Байройте напоминало его жизнь в Ганновере. На местах оставались прусские администраторы и чиновники, в то время как маршал являлся французским наместником. Задача Бернадота в "маркграфстве Байройт", как теперь называлось княжество, была достаточно деликатной: нужно было соблюсти интересы Франции, не поссорившись ни с Берлином, ни с Мюнхеном. Берлин не имел желания передавать баварцам всю территорию княжества, а уступал им только ту её часть, которая называлась собственно Ансбахом, в то время как территория Байройт рассматривалась им как личное владение своего короля. Баварцы, естественно, настаивали на получении всего куска пирога. Пруссаки хотели договориться обо всём наедине с баварцами, в то время как баварцы всё время апеллировали к помощи Парижа. К маю 1806 года княжество полностью передали Баварии. Канат перетянули более сильные.