Новый губернатор — "энергичный человек" — с самого начала своего правления стал наводить в Ганновере определённый порядок. Он завёл "карманную" тайную полицию и находился в курсе всех событий в курфюршестве. Взяв в руки новую метлу, он слегка сократил расходы на содержание генералов и комиссаров и ввёл режим частичной экономии. Он прикрепил генералитет к т. н. королевской кухне и вдвое сократил бюджетные расходы. К концу лета 1805 года он откомандировал обратно во Францию несколько полков, оставив в Ганновере около 20 000 человек. Он запретил офицерам питаться бесплатно у своих хозяев и, увеличив им за это жалованье, рекомендовал ходить в харчевни и рестораны. Он запретил ганноверцам потчевать солдат-постояльцев бесплатными кофе и водкой. Маршал принял меры по оживлению экономики и торговли Ганновера, и страна при нём стала постепенно подниматься и крепнуть. Когда в стране началась нехватка хлеба, он организовал транспорт зерна из Франции. Он посетил знаменитый университет в Гёттингене и взял его под свою опеку. Он приблизил к себе самого способного из местных чиновников — камерального советника Кристофа Людвига Альбрехта Патье — и удостоил его обращением "mon cher ami". Он распространил налоговое бремя на дворян и не уставал повторять при каждом удобном случае, что Франция не ведёт войны против граждан Ганновера, а что её противником является курфюрст и король Англии, и, следовательно, основная тяжесть контрибуции и налоговых поборов должна ложиться на него. Одним словом, он правил не как оккупант, а как рачительный и добрый хозяин, чем и снискал любовь и уважение всех ганноверцев. Эмиграционное правительство Ганновера докладывало в Лондон о деятельности Бернадота в сдержанно-хвалебных тонах. Когда Бернадот стал шведским наследным принцем Карлом Юханом и в 1813 году со шведской армией оказался в Ганновере, жители города встретили его пушечным салютом, а Гёттингенский университет отправил к нему депутацию и пригласил его пожить у себя в городе. Там он тоже встретил радушный и восторженный приём не только у академиков и профессоров, но и у жителей всего города. Э.Шуберт называет правление Бернадота в Ганновере счастьем в разнесчастное для его жителей время.

Покинув Ганновер, англичане оставили в свободном городе Гамбурге своего посланника и резидента разведки Джорджа Рамбоулда, в задачу которого входило освещение положения в Северной Германии. Французы совершили акт грубого насилия над международным правом, арестовав англичанина. На вторую неделю пребывания Бернадота в Ганновере Фуше по указанию Наполеона подписал об его аресте приказ, который в ночь с 24 на 25 октября спешно выполнили генерал Фрер и первый адъютант Бернадота Мэзон. Отряд французов в 100 человек переправился через Эльбу и в Гринделе, пригороде Гамбурга, без всякого сопротивления вломился на виллу спавшего англичанина. Французы конфисковали все документы английского дипломата и обвинили его в подготовке покушения на жизнь первого консула. Все эти обвинения были, конечно, шиты белыми нитками, и в результате этого дела пострадала не только репутация Версаля, но и главного исполнителя — Бернадота. В конце октября 1804 года Рамбоулд был доставлен в Ганновер, а затем переправлен в Париж, где его посадили в тюрьму Тампль.

2 декабря 1804 года Бернадот присутствовал на коронации Наполеона. К этому времени выкупленный у высланного из страны генерала Моро и предназначенный для маршала Бернадота дворец Гросбуа на рю д’ Анжу стоял уже готовый. В феврале 1805 года он опять вернулся к месту службы.

В Ганновере Бернадоту нанёс визит главнокомандующий прусской армией в Вестфалии генерал Гебхард Леберехт Влюхер. С этим "господином" маршалу придётся встречаться несколько раз на палях сражений — то в качестве противника, то союзника. А пока же он поддерживал с берлинским двором самые тёплые отношения и даже удостоился приглашения на большие маневры прусской армии под Магдебургом. Впрочем, воспользоваться этим приглашением ему не пришлось, потому что Наполеон запретил ему отлучаться от армии.

К тому же маршал неожиданно и тяжело заболел, у него возобновилось кровохарканье, так что из Парижа пришлось вызывать мадам Бернадот и маленького Оскара. К счастью, Дезире не успела доехать до места назначения, как супруг уже "скоропостижно" выздоровел.

Пруссаки оценили добрососедские отношения с Ганновером по достоинству: Бернадот потом окажется одним из семи французских высших должностных лиц, удостоившихся высшей награды Пруссии. 8 апреля Бернадот вместе с Наполеоном, Мюратом, Камбасере, Талейраном, Бертье, Дюроком и королём Швеции Густавом IV Адольфом был награждён прусским орденом Чёрного Орла. Здесь, в Ганновере, маршала настигли высокие французские награды: орден Почётного легиона и назначение командиром 8-й когорты, в которую входили 28 генералов, офицеры, сержанты и солдаты — все выходцы из Южной Франции.

Осенью 1805 года началась новая фаза войны. В третью антинаполеоновскую коалицию вошли Австрия, Великобритания, Россия, Швеция и Пруссия. В марте 1805 года Бернадот получил приказ Наполеона послать соглядатаев в Польшу и Россию с заданием наблюдать за всеми передвижениями русской армии. Приказ был незамедлительно выполнен. Бернадот был самым старшим маршалом в армии Наполеона, но уже целых 6 лет не воевал. Он был боевым генералом и горел теперь желанием отличиться на полях сражений. 23 августа от Наполеона поступил приказ идти на соединение с основной армией к Булони, а пока сосредоточить её в районе Геттингена. По выполнении приказа он должен был вернуться в Ганновер, чтобы создать у противника впечатление, что ничего не происходит и что французы по-прежнему остаются дислоцированными в курфюршестве. 1 сентября Наполеон в общих чертах проинформировал Бернадота о составе своей армии. В связи с походом на юг 15-тысячная Ганноверская армия была преобразована в 1-й корпус. Затем поступили приказы вести корпус к Вюрцбургу, через Гессен-Кассель, давая всем понять, что он переводился через Майнц во Францию.

До Касселя Бернадота сопровождала супруга Дезире с сыном Оскаром. В Касселе она с ним распрощалась и вернулась в Париж. Здесь Бернадот провёл переговоры с гессенским курфюрстом, пуская перед ним дымовую завесу из рассказов о мнимой цели перехода корпуса. Курфюрст нервничал, не желая нарушать нейтралитет своего княжества.

Появление 1-го корпуса под Вюрцбургом стало для австрийцев полной неожиданностью и смешало им все карты. Баварский курфюрст Максимилиан Йозеф быстро стал на сторону Наполеона, и 1-й корпус должен был теперь вместе с 24-тысячной баварской армией воевать против австрийцев. Кроме баварцев, в 1-й корпус влились прибывшие под Вюрцбург 19 тысяч солдат Мармона и гессен-кассельская армия, так что под началом маршала Бернадота первое время находилась 60-тысячная армия.

Верный своему принципу не выделяться среди коллег, Бернадот стал доказывать военному министру Бертье и Наполеону необходимость возвращения молодому Мармону его солдат и предоставления ему самостоятельности как полноправному командиру корпуса. Из этого, однако, ничего не вышло, и 2-й корпус оказался под непосредственным началом Наполеона. Не был Бернадот в большом восторге и от баварцев, чья подготовка, дисциплина и вооружение оставляли желать много лучшего, и впоследствии Бернадот будет предпринимать попытки избавиться от ненадёжных и строптивых союзников.

Во главе австро-русской армии был поставлен бездарный, высокомерный и тщеславный генерал-квартирмейстер Карл фон Макк, и хотя вокруг него собрались высокообразованные русские генералы, они не могли оказать на ход военных действий большого влияния, поскольку сами тоже не имели соответствующего военного опыта.

Франция вела теперь войну под единым управлением и под непосредственным и полным контролем Наполеона, теперь уже императора. Ему удалось сформировать мобильную, сильную и сплочённую высоким боевым и моральным духом армию, которую он поделил на корпуса и поставил во главе их маршалов. В Германию он привёл около 200 тысяч человек. Солдаты шли в бой с криком: "Да здравствует император!"