30.08.1944 г. I-44 (15-й ДПЛ) пришла в Йокосуку после патрулирования у Марианских о-вов. I-46 (11-я эскадра ПЛ) пришла в Куре после патрулирования в центральной части Тихого океана.

2.09.1944 г. I-362 (Седьмая эскадра ПЛ) пришла на атолл Науру, разгрузилась, приняла на борт 83 летчика морской авиации и направилась в Куре.

3.09.1944 г. I-26 (Восьмая эскадра ПЛ) пришла на атолл Науру, разгрузилась и направилась к Каролинским о-вам для борьбы с судоходством союзников.

4.09.1944 г. Флоту была передана I-370, которая вошла в состав Седьмой Специальной Транспортной эскадры, перешла в Куре и приступила к боевой подготовке.

5.09.1944 г. Флоту была передана I-48, которая вошла в состав 15-го ДПЛ, перешла в Куре, начала подготовку к транспортировке и боевому использованию человекоуправляемых торпед.

7.09.1944 г. I-361 (Седьмая эскадра ПЛ) пришла на атолл Науру, разгрузилась приняла на борт 30 человек из состава армейских частей и направилась в Куре. Флоту была передана I-58, которая вошла в состав 15-го ДПЛ, перешла в Куре, начала подготовку к транспортировке и боевому использованию человекоуправляемых торпед. Ro-41 (11-я эскадра ПЛ) вышла из Куре и направилась к о-вам в центральной части Тихого океана для борьбы с судоходством союзников.

12.09.1944 г. I-362 (Седьмая эскадра ПЛ) пришла в Куре.

15.09.1944 г. I-361 (Седьмая эскадра ПЛ) пришла в Куре. Американцы высадились на о-ва Палау. Для продиводействия им командующий Шестым флотом приказал Ro-112 (30-й ДПЛ) следовать к архипелагу. Кроме того, к ней должны были присоединиться находившиеся в Метрополии I-177 (12-Й ДПЛ), I-44 (15-й ДПЛ) и Ro-47 (11-я эскадра ПЛ). I-364 (7-я эскадра ПЛ) вышла из Куре и направилась к о-вам Палау, имея на борту 85 т продовольствия и медикаментов. Ro-115 (11-я эскадра ПЛ) вышла из Йокосуки и направилась в Сингапур.

16.09.1944 г. I-364 (Седьмая эскадра ПЛ) была потоплена в 300 милях к югу от Йокосуки американской ПЛ Sea Devil.

17.09.1944 г. I-177 (12-й ДПЛ) и Ro-47 (11-я эскадра ПЛ) вышли из Куре.

19.09.1944 г. Ro-50 (34-й ДПЛ) вышла из Куре и направилась в район к востоку от о-вов Палау для борьбы с судоходством союзников. Rо-11З (11-я эскадра) вышла из Сингапура и направилась в Пенанг.

22.09.1944 г. В Куре был сформирован 19-й ДПЛ, предназначавшийся для обслуживания 102-го Особого диверсионно-разведывательного десантного отряда. В него вошли: I-121, I-122 и I-155 (18-й ДПЛ), I-156, I-157, I-158 и I-159 (19-й ДПЛ), I-162 и I-165 (30-й ДПЛ). Все эти корабли, за исключением первых трех, поставили в док для переоборудования в носители человекоуправляемых торпед. I-365 (7-я эскадра ПЛ) вышла из Куре и направилась к о-вам Палау, имея на борту 86 т продовольствия и медикаментов.

23.09.1944 г. 15-й ДПЛ передали в распоряжение командира 101-го Особого диверсионно-разведывательного десантного отряда. Он состоял из I-36, I-37, I-38, I-44, I-47, I-48, I-53, I-54, I-56 и I-58. Все корабли, входившие (или включенные) в его состав, перешли в Сасебо и были поставлены в док для переоборудования в носители человекоуправляемых торпед. 7-ю Специальную Транспортную эскадру реорганизовали в Седьмую зскадру ПЛ, и на ее корабли также возложили функции носителей человекоуправляемых торпед.

24.09.1944 г. I-26 (Восьмая эскадра ПЛ) пришла в Йокосуку. I-53 (15-й ДПЛ) пришла в Сасебо после патрулирования в центральной части Тихого океана.

25.09.1944 г. Ro-47 (11-я эскадра ПЛ) была потоплена на подходах к о. Яп американским эскортным миноносцем Мс Соу Reynolds. Ro-113 (11-я зскадра) пришла в Пенанг.

26.09.1944 г. I-8 (Восьмая эскадра ПЛ) вышла из Пенанга и направилась в Индийский океан для борьбы с судоходством союзников.

30.09.1944 г. Флоту была передана Ro-55, которая вошла в состав 11-й эскадры ПЛ, перешла в Куре и приступила к боевой подготовке.

1.10.1944 г. I-365 (Седьмая эскадра ПЛ) разгрузилась у одного их о-вов Палау и направилась в Куре. I-44 (15-й ДПЛ) вышла из Иокосуки и направились в район к востоку от о-вов Палау для борьбы с боевыми кораблями союзников.

2.10.1944 г. Флоту была передана I-371, которая вошла в состав Седьмой эскадры ПЛ, перешла в Куре и приступила к боевой подготовке. Ro-115 (11-я эскадра) пришла в Сингапур.

3.10.1944 г. I-177 (12-й ДПЛ) была потоплена на подходах к о. Палау американским эскортным миноносцем Samuel S. Miles. Ro-41 (11-я эскадра ПЛ, капитан-лейтенант Сиидзука) у о. Моротай атаковала американское соединение из эскортных АВ Fanshan Вау и Midway в охранении четырех эскортных миноносцев. Из четырех выпущенных торпед одна попала в эскортный миноносец Shelton, и он вскоре затонул. Три оставшихся миноносца ошибочно потопили американскую ПЛ Seawolf, а Ro-41 благополучно ушла от преследования. Ro-115 (11-я эскадра) вышла из Сингапура и направилась к о. Цейлон для борьбы с судоходством союзников.

6.10.1944 г. I-41 (15-й ДПЛ) и I-45 (11-я эскадра ПЛ) вышли из Йокосуки и направились в район к востоку от Филиппинских о-вов для борьбы с судоходством союзников.

8.10.1944 г. Командующий Шестым флотом получил приказ сформировать соединение ПЛ, призванное, в случае необходимости, оказать поддержку Объединенному флоту при обороне Филиппинских о-вов.

Получив приказ МГШ о создании соединения ПЛ, призванного оказывать поддержку Объединенному флоту в ходе обороны Филиппин, командующий Шестым флотом был вынужден включить в него практически все, имеемые у него на тот момент, боеспособные корабли. Были отозваны I-38, I-53, I-54 и I-56 (15-й ДПЛ), занимавшиеся подготовкой к использованию человекоуправляемых торпед. I-26 (Восьмая эскадра ПЛ), I-38, I-44, I-53, I-54 и I-56 (15-й ДПЛ), Ro-43 и I-46 (11-я эскадра ПЛ), Ro-46 (34-й ДПЛ) и Ro-109 (51-й ДПЛ) привели в боеготовое состояние. Находившимся в море I-45 и Ro-41 (11-я эскадра ПЛ), Ro-112 (30-й ДПЛ) и I-41 (15-й ДПЛ) приказали следовать в район к юго-востоку от о. Моротай. Если противник до конца октября не предпринял бы атаки Филиппин, последние корабли должны были заменить I-47 и I-48 (15-й ДПЛ), I-12 (Шестой флот) и Ro-55 (11-я эскадра ПЛ). До января 1945 г. им удалось потопить эскортный миноносец, повредить танкодесантное судно, эскортный АВ Santee и ЛКР Reno, потеряв при этом, только в октябре, четыре корабля.

9.10.1944 г. Флоту была передана I-369, которая вошла в состав Седьмой эскадры ПЛ, перешла в Куре и приступила к боевой подготовке.

11.10.1944 г. I-365 (Седьмая эскадра ПЛ) пришла в Куре. I-45 и Ro-41 (11-я эскадра ПЛ), Ro-112 (30-й ДПЛ) и I-41 (15-й ДПЛ) сосредоточились в районе к востоку от Филиппин.

13.10.1944 г. I-26 (Восьмая эскадра ПЛ) вышла из Йокосуки, а I-46 (11-я эскадра ПЛ) — из Куре, и они направились в район к востоку от пролива Суригао.

16.10.1944 г. I-54 и I-56 (15-й ДПЛ), Ro-43 (11-я эскадра ПЛ), Ro-46 (34-й ДПЛ) и Ro-109 (51-й ДПЛ) вышли из Куре (или Йокосуки) и направились в район к востоку от Филиппин. Ro-41 (11-я эскадра ПЛ) пришла в Куре после патрулирования в центральной части Тихого океана.

19.10.1944 г. I-365 (Седьмая эскадра ПЛ) вышла из Куре и направилась к атоллу Улити для попытки эвакуировать остатки гарнизона острова. Ro-113 (11-я эскадра) вышла из Пенанга и направилась в Бенгальский залив для борьбы с судоходством союзников.

21.10.1944 г. I-365 (Седьмая эскадра ПЛ) пришла в Куре, не выполнив задачи ввиду складывавшейся военной обстановки.