28.05.1944 г. Ro-111 (30-й ДПЛ) пришла в Пенанг после патрулирования в Индийском океане. I-38 (15-й ДПЛ) получила приказ следовать в район к северу от Соломоновых о-вов. Rо-36 (34-й ДПЛ) пришла на атолл Трук после патрулирования у Соломоновых о-вов.

30.05.1944 г. I-12 (Шестой флот) вышла из Куре и направилась к о-вам в центральной части Тихого океана для борьбы с судоходством союзников.

31.05.1944 г. Ro-105 (51-й ДПЛ) была потоплена в 200 милях к северу от Кавиенга американским эскортным миноносцем England. I-185 (22-й ДПЛ) вышла из Куре и направилась к о-вам в центральной части Тихого океана для борьбы с судоходством союзников. I-52 (11-й ДПЛ) пришла в Сингапур. Ro-42 (34-й ДПЛ) вышла с атолла Трук и направилась к атоллу Кваджелейн для борьбы с судоходством противника.

Командующий Шестым флотом вице-адмирал Такаги, в случае начала боев за о-ва в центральной части ТО, предполагал стянуть ПЛ к месту предполагавшегося генерального сражения и нанести противнику максимально возможный ущерб до начала боя между линейными силами. С этой целью планировалось создать Специальное соединение из 25–30 кораблей, которое должно было базироваться на атолл Трук, и, в случае необходимости, развернуться в три завесы на наиболее опасных направлениях. Когда американцы высадились на Марианских о-вах, а сам Такаги оказался на Сайпане (с инспекционной проверкой) и не мог руководить деятельностью Шестого флота, его заместитель контр-адмирал Уада был вынужден сосредоточить у Марианских о-вов все боеготовые ПЛ, имевшиеся в тот момент в центральной части Тихого океана или на атолле Трук. Из них только три (Rо-36, Ro-43, Ro-114) были заранее развернуты на позициях, а остальные семнадцать ПЛ вышли в море только тогда, когда японское морское комадование поняло, что рейд американских АВ к Марианским о-вам не являлся простой демонстрацией для отвлечения от захвата Филиппин. Эта реакция оказалась запоздалой. Кроме того, завесы расположились далеко к востоку от Марианских о-вов и не могли повлиять на ход сражения в Филиппинском море, а слабая подготовка большинства экипажей привела к неоправданно большим потерям среди ПЛ. Вице-адмирал Такаги погиб на о. Сайпан 7.07.1944 г., и его должность занял бывший командующий Третьейй эскадрой вице-адмирал Мива со штабом в Куре. Мива сразу приступил к формированию Специального Соединения, призванного атаковать боевое ядро флота противника в случае его нападения на любой пункт периметра обороны Империи. Это соединение частично было использовано при защите Филиппин.

1.06.1944 г. Флоту была повторно передана I-33 (потоплена на атолле Трук американской авиацией, поднята и отбуксирована в Японию для восстановительного ремонта), которая вошла в состав 15-й ДПЛ и приступила к боевой подготовке. I-52 (11-й ДПЛ) вышла из Сингапура и направилась в Пенанг.

2.06.1944 г. I-44 (15-й ДПЛ) пришли на атолл Трук после патрулирования у о-вов Адмиралтейства. Ro-115 (11-я эскадра ПЛ) пришла в Рабаул после патрулирования у побережья Новой Гвинеи.

4.06.1944 г. I-52 (11-я эскадра ПЛ) пришла в Пенанг. Ro-44 (11-я эскадра ПЛ) вышла с атолла Трук и направилась в район атолла Эниветок для борьбы с судоходством союзников.

5.06.1944 г. I-54 (15-й ДПЛ) вышла из Куре и направилась в центральную часть ТО для борьбы с судоходством союзников. Ro-111 (30-й ДПЛ) вышла из Пенанга и направилась в район к северо-западу от о. Новая Ирландия для борьбы с судоходством союзников.

6.06.1944 г. I-52 (11-я эскадра ПЛ) вышла из Пенанга и направилась в Индийский океан. Ro-112 (30-й ДПЛ) должна была к югу от о. Мадагаскар дозаправить I-52, которой надлежало выйти в Атлантический океан для борьбы с судоходством союзников.

8.06.1944 г. Флоту была передана I-56, которая вошла в состав 15-го ДПЛ, перешла в Куре и приступила к боевой подготовке. I-177 (12-й ДПЛ) вышла с атолла Трук и направилась в Куре для текущего ремонта корпуса и механизмов.

9.06.1944 г. Ro-43 и Ro-114 (11-я эскадра ПЛ), Ro-36 (34-й ДПЛ) вышли с атолла Трук и направились в район к востоку от Марианских о-вов для отражения возможного нападения противника на архипелаг.

11.06.1944 г. Американские АВ атаковали Марианские о-ва. Контр-адмирал Уада, временно возглавивший Шестой флот, получил приказ МГШ сформировать три (в соответствии с оперативными планами) завесы ПЛ к востоку от Марианских о-вов для борьбы с боевыми кораблями противника. I-41 (15-й ДПЛ) пришла на атолл Трук после патрулирования у о-вов Адмиралтейства. Ro-111 (30-й ДПЛ) была потоплена американским ЭМ Тауlоr в 210 милях к северу от Кавиенга. Ro-42 (34-й ДПЛ) была потоплена к востоку от атолла Кваджелейн американским ЭМ Bangust.

12.06.1944 г. Контр-адмирал Уада отдал приказ I-5 и I-6 (7-й ДПЛ), I-185 (22-й ДПЛ), I-10 (флаг Восьмой зскадры ПЛ), I-38, I-41, I-53 (15-й ДПЛ), I-184, Ro-42, Ro-47, Ro-113, Ro-115 и Ro-117 (11-я эскадра ПЛ): Ro-111[28] и Ro-112 (30-й ДПЛ), Ro-109 (51-й ДПЛ) выйти из пунктов базирования или оставить районы патрулирования и следовать в район в 300 милях к востоку от Марианских о-вов. Ro-47 и Ro-117 вышли из Куре и направились в назначенный район.

13.06.1944 г. Ro-36 (34-й ДПЛ) была потоплена в 75 милях к востоку от о. Сайпан американским ЭМ Мelvin. I-33 (15-й ДПЛ) затонула со всем экипажем (кроме командира и двух верхних вахтенных) в 20 милях к юго-западу от о. Нада (Внутреннее японское море) во время боевой подготовки.

14.06.1944 г. I-52 (11-я эскадра ПЛ) была дозаправлена к югу от Мадагаскара и направилась в Атлантический океан для борьбы с судоходством противника, а Ro-112 (30-й ДПЛ) — в Пенанг. Флоту передали I-364, которая вошла в состав Седьмой Специальной Транспортной эскадры, перешла в Куре и приступила к боевой подготовке. I-53 (15-й ДПЛ), I-5 и I-6 (7-й ДПЛ) вышли из Йокосуки и направились в район в 300 милях к востоку от Марианских о-вов. I-165 (30-й ДПЛ) пришла в Пенанг после патрулирования у побережья Австралии.

15.06.1944 г. I-41 (15-й ДПЛ) вышла с атолла Трук и направилась к Марианским о-вам. Ro-41 (11-я зскадра) пришла в Куре.

16.06.1944 г. Ro-44 (11-я эскадра) была потоплена в 110 милях к востоку от атолла Эниветок американским ЭМ Burden R. Hastings. I-26 (Восьмая эскадра ПЛ) пришла в Йокосуку после крейсерства у о-вов Алеутской гряды. Ro-114 (11-я эскадра ПЛ, лейтенант Ата) в районе в 300 милях к востоку от Марианских о-вов атаковала американское ОС и, по докладу командира, повредила ЛК типа Iowa (фактически, атака оказалась безуспешной).

17.06.1944 г. Ro-117 (11-я эскадра ПЛ) была потоплена в 350 милях к юго-востоку от о. Сайпан самолетом американской базовой авиации. Ro-114 (11-я эскадра) была потоплена в 80 милях к западу от о. Тиниан американскими ЭМ Melvin и Wadleigh. Ro-112 (30-й ДПЛ) пришла в Пенанг. I-177 (12-й ДПЛ) пришла в Куре для текущего ремонта корпуса и механизмов.

18.06.1944 г. Ro-40 (11-я эскадра) вышла с атолла Трук и направилась к о. Сайпан, имея на борту около 60 т продовольствия. Ro-112 (30-й ДПЛ) вышла из Пенанга и направилась к о-вам в центральной части ТО.

19.06.1944 г. I-184 (11-я эскадра ПЛ) была потоплена бомбардировщиками с американского АВ Suwannee в 20 милях к юго-востоку от о. Гуам. Ro-115 (11-я эскадра ПЛ, лейтенант Кореедзи) в районе в 300 милях к востоку от Марианских о-вов безуспешно атаковала американский флотский ТН. I-6 (7–й ДПЛ, капитан-лейтенант Фумон) в районе в 300 милях к востоку от Марианских о-вов безуспешно атаковала американский АВ.