Тем временем коронный гетман Ян Замойский со своими сторонниками дал сражение Максимилиану при Бычике в Силезии. Австрийцы были разбиты, а сам эрцгерцог взят в плен. В начале 1590 г. поляки освободили Максимилиана с обязательством не претендовать более на польскую корону. За него поручился брат — император Священной Римской империи.

Но, в отличие от прежних королей Польши, Сигизмунд был фанатичным католиком. На его убеждения повлияла и мать — убежденная католичка, и реформация в Швеции.

Взойдя на престол, Сигизмунд III немедленно приступил к гонениям на диссидентов (то есть некатоликов). В 1577 г. знаменитый иезуит Петр Скарга издал книгу «О единстве церкви божией и о греческом от сего единства отступлении». Две первые части книги посвящались догматическим и историческим исследованиям о разделении церкви, в третьей части содержались обличения русского духовенства и конкретные рекомендации польским властям по борьбе с православием. Любопытно, что в своей книге Скарга именует всех православных подданных Речи Посполитой просто «русскими».

Скарга предложил ввести унию, для которой нужно только три вещи: во-первых, чтобы митрополит киевский принимал благословение не от патриарха, а от папы; во-вторых, чтобы каждый русский во всех артикулах веры был согласен с римской церковью; и, в-третьих, чтобы каждый русский признавал верховную власть Рима. Что же касается церковных обрядов, то они остаются прежними. Эту книгу Скарга перепечатал в 1590 г. с посвящением королю Сигизмунду III. Причем и Скарга, и другие иезуиты указывали на унию как на «переходное состояние, необходимое для упорных в своей вере русских».

В книге Скарги и в других писаниях иезуитов средством для введения унии предлагались решительные действия светских властей против русских.

Сигизмунд III твердо поддержал идею унии. Православные церкви в Речи Посполитой были организационно ослаблены. Ряд православных иерархов поддался на посулы короля и католической церкви.

24 июня 1594 г. в Бресте был созван православный церковный собор, который должен был решить вопрос об унии с католической церковью. Сторонникам унии правдами и неправдами удалось принять 2 декабря 1594 г. акт унии. Уния расколола русское население Речи Посполитой на две неравные части. Большинство русских, включая и шляхтичей, и магнатов, отказалось принять унию.

29 мая 1596 г. Сигизмунд III издал манифест для своих православных подданных о совершившимся соединении церквей, причем всю ответственность в этом деле брал на себя: «Господствуя счастливо в государствах наших и размышляя о их благоустройстве, мы, между прочим, возымели желание, чтобы подданные наши греческой веры приведены были в первоначальное и древнее единство со вселенскою римскою церковию под послушание одному духовному пастырю. Епископы [униаты, ездившие к папе — А.Ш.] не привезли из Рима ничего нового и спасению вашему противного, никаких перемен в ваших древних церковных обрядах: все догматы и обряды вашей православной церкви сохранены неприкосновенно, согласно с постановлениями святых апостольских соборов и с древним учением святых отцов греческих, которых имена вы славите и праздники празднуете».

Повсеместно начались гонения на русских, сохранивших верность православию. Православных священников изгоняли, а церкви передавали униатам.

Православные шляхтичи во главе с князем К. К. Острожским и протестанты во главе с виленским воеводой Криштофом Радзивиллом решили бороться с унией старым легальным способом — через сеймы. Но католическое большинство при сильной поддержке короля на сеймах 1596 г. и 1597 г. сорвало все попытки диссидентов отменить унию. В итоге к уже существующей межконфессиональной розни добавился и конфликт между униатами и православными. Да и вообще, Сигизмунд был человеком из другого мира, чуждый не только своим русским подданным, но и польским панам. Он носил бородку клином, как его современник, жестокий и подозрительный испанский король Филипп, с которого Сигизмунд во многом брал пример. Вместо простого кафтана и высоких сапог, какие носил Баторий и другие польские короли, Сигизмунд одевался в утонченные западные одежды, в чулки и туфли.

В ноябре 1592 г. умер шведский король Иоанн III. Сигизмунд III отпросился на год у сейма, чтобы уладить свои наследственные дела. Он короновался шведской короной в Упсале. Побыв несколько месяцев в Швеции, Сигизмунд отправился в Польшу, поручив управление страной регенту — своему дяде Карлу Зюдерманландскому (1530–1611 гг.)

На родине Сигизмунд популярностью явно не пользовался. Масла в огонь подлила и женитьба Сигизмунда на католичке — австрийской принцессе. С отъездом Сигизмунда в Польшу власть в Швеции постепенно стала переходить к его дяде герцогу Карлу Зюдерманландскому. В 1594 г. он официально был объявлен правителем государства.

В ответ Сигизмунд собрал польские войска и начал боевые действия со Швецией. Он высадился непосредственно на территории Швеции, но в 1597 г. был наголову разбит в битве при Стонгебру. Одновременно начались и боевые действия в Эстляндии, которые шли до 1608 г. с переменным успехом.

Сигизмунд III успел поссориться и с запорожскими казаками. На сейме 1590 г. король потребовал ограничить число казаков шестью тысячами человек, подчинить их коронному гетману, воспретить продажу простонародью пороха, свинца и оружия в Киевской земле и т. д.

Ответом стало первое большое казацкое восстание. Его возглавил православный шляхтич Кристоф Косинский. 19 декабря 1591 г. казаки взяли Белоцерковский замок. Вслед за Белой Церковью восставшие заняли Триполье, а немного позднее — Переяслав (на левом берегу Днепра). В июне 1592 г. казаки осадили Киев, но взять его не смогли.

23 января 1593 г. под местечком Пятка вблизи города Чуднова казаки Косинского встретились с польским войском под началом Константина Острожского. Сражение длилось целую неделю и закончилось подписанием мирного соглашения.

Но вскоре боевые действия возобновились. Сейм 1593 г. постановил «считать казаков врагами отечества». В конце лета того же года на мирных переговорах в городе Черкассы Косинский был предательски убит слугой князя Александра Вишневецкого. Тем не менее, при заключении мира панам пришлось пойти на уступки казакам.

Но гибель Косинского стала не концом, а началом казацких войн. 5 октября 1594 г. казаки Северина Наливайко вместе с брацлавскими мещанами напали на шляхту, съехавшуюся в Брацлав, и перебили ее. История Северина Наливайко сходна с историей Богдана Хмельницкого. Его отец имел хутор в Гусятине недалеко от города Острога. Поляк пан Калиновский решил купить землю у старого Наливайко. Получив отказ, поляк до смерти забил старика. Его сын стал казацким артиллеристом (пушкарем), азатем и атаманом. Надо ли говорить, что Северин помнил отца, и пан Калиновский стал одной из первых жертв восстания.

В ноябре 1594 г. повстанцы взяли города Бар и Винницу. На Волыни повстанческое войско весной 1595 г. разделилось на две части. Одна во главе с Наливайко двинулась на запад, на Луцк, а потом повернула на северо-восток, на Могилев, а другая часть во главе со старшиной Григорием Лободой пошла на юго-восток в направлении Черкасс.

Летом 1595 г. повстанцы Наливайко контролировали всю Малую Русь за исключением Минска, где засел гетман Криштоф Радзивилл.

Отряд Лободы действовал довольно вяло. Лобода весной 1595 г. вступил в переговоры с поляками и фактически бездействовал.

Вскоре Радзивилл получил подкрепление и сумел выбить Наливайко из Могилева. Казаки в полном порядке совершили обратный марш через Рогачев и Туров на Волынь.

В марте 1596 г. отряды Наливайко и Лободы соединились. Вскоре Лобода был отстранен от командования, и его место занял Матвей Шаула. 23 марта гетман Станислав Жолкевский атаковал повстанцев у урочища Красный Камень. Обе стороны понесли тяжелые потери, Шауле ядром оторвало руку, был ранен и сам Наливайко. Ночью повстанцы отошли к Триполью, а затем к Киеву. Жолкевский из-за больших потерь не решился преследовать их, а отошел к Белой Церкви. Там гетман написал письмо к сейму, в котором срочно просил помощи, утверждая, что вся земля «оказачилась».