Совсем по-иному жил на посаде двор младшего воеводы. Здесь часто кутили торговые и посадские люди, а сам воевода, подвыпив, вел душещипательные разговоры. Несмотря на пьяную заносчивость, в трезвом состоянии держал себя Палицын с людьми просто, помнил, что он из мелкопоместной семьи. Знался с простыми людьми. В годы «смуты» он верховодил отрядом крестьян Новгородского уезда. Легко находил общий язык и с посадскими, и с именитыми торговыми людьми. Не случайно на его стороне оказались затем и посадские и промышленные люди. Но был Палицын мнительным и по природе своей кляузником. Знавшие его свидетельствовали, что его подозрительность была безгранична. Он следил за каждым словом своего врага. Собирал факты, придавая им своеобразное освещение. Доводы приводил оригинальные, но не убедительные. Свое перо талантливого писателя и незаурядного публициста он посвятил в общем-то ложной идее. Он хотел доказать на основе отрывочных фраз и случайных выражений, исходивших главным образом от сторонников Кокорева, «измену» старшего воеводы царю. Он обвинял Кокорева в том, что тот хотел «завладеть Туруханом и всею Мангазейскою землею» и «воровским царем называтца и государеву казну выграбить и выпустошить», привести ее в «вечное запустение, а самому ему, Гришке, с его советники прониматца на большое окиян-море к немецким краем». Доказательств столь серьезных обвинений у Палицына совсем не было, если не считать того, что Кокорев действительно жил в Мангазее на широкую ногу. Мысль назвать Кокорева новым самозванцем, Гришкой Отрепьевым, возникла у Палицына, когда услышал он, как десятилетний сын Кокорева — Иван сказал однажды при людях, что его отец хотя «дворянин обышный», но «государю брат».
В Москву полетел донос, которому вряд ли поверили в Сибирском приказе. «Подозрение в грехопадении» Кокорева укрепилось у Палицына, когда за столом у старшего воеводы в присутствии торговых людей один подвыпивший сторонник Кокорева — мезенец Мотька Кирилов, поспорив с другим торговым человеком, сказал, что «жалует де нас царь Григорий Иванович». Правда, никто не обратил внимания на пьяные речи, а Кокорев, услышав их, приказал выбросить пьяницу из-за стола, но Палицын принял это к сведению и снова настрочил донос.
Любопытно, что среди многочисленных обвинений Палицына есть упоминание о Мангазейском морском ходе. Оно приведено в связи с тем, что Кокорев якобы этим «заповедным путем» собирался пройти в «немецкую землю». Но еще любопытнее то, что в этом же самом «грехе» в свою очередь Кокорев обвинил Палицына: «А буде он, Андрюшка Палицын, пойдет к Руси мимо Мангазейский город, и вам то знать, что, своровав ему, Андрюшке, таким воровством идти без государеву указу к Руси нельзя, чает, что пойдет он, Андрюшка, Обским устьем в Большое море, потому что наперед того черкашенин (ссыльный поляк) Олешка Шафран рассказывал мне многожды, что де Обским устьем пройти в Большое море и Большим морем в Литву и в немцы можно». В этих взаимных обвинениях легко угадывались воспоминания о Мангазейском морском ходе. Спустя два года, уже в Москве, Палицын снова донес на Кокорева и обвинил его в том, что на обратном пути из Мангазеи в Березов он хотел пройти по заповедной дороге, Мангазейским морем, за границу. Если верить Палицыну и тем, кто был опрошен в Казанском приказе по указанию царя и патриарха Филарета, Кокорев действительно в 1632 г. отклонился от обычного маршрута и направил свой коч в северную часть Обской губы. «И ходил де он, Григорей, по Мангазейскому морю, а водил ево тот ево воровской называтель Мотька Кирилов неугожею дорогою, перебежал на другую сторону Мангазейского моря, ниже Зеленой реки был, и не пропустили де ево, Григория, мели. И то, государи, знатно, что он, Григорий, по своему воровскому умыслу пробивался х Ниярземскому морю и х Карской губе, и х большой окиянской проливе». Неудачу этого похода Палицын объяснил тем, что Матвей Кирилов «в такой безмерной широкой пучине не узнал свои воровские дороги». Примечательно, что в Москве на этот донос Палицына обратили внимание и учинили строгий допрос всем, кто возвращался с Кокоревым из Мангазеи в Березов. Опрошенные мореходы, в общем, подтвердили попытку Кокорева совершить плавание по Северному Ледовитому океану.
Ссора двух воевод вспыхнула осенью и переросла в открытую вражду в зимние месяцы 1629–30 г. В воеводской смуте принял участие весь мангазейский мир, все, кто был тогда в городе и в Туруханском зимовье. Она продолжалась в 1630 и в 1631 гг. В истории сибирских городов XVII в. это, пожалуй, единственный в своем роде случай, последствия которого сыграли роковую роль в судьбе целого города.
Поводом к открытому выступлению явилось незначительное по тому времени событие. У таможенного головы Тимофея Бармина во время ночного обыска было обнаружено привезенное из Тобольска вино, принадлежащее Палицыну. Вообще-то казна запрещала брать в сибирские города вино и торговать им, но в любом из городов Сибири имелись питейные дома и вино продавалось направо и налево. К тому же Кокорев вел себя во время обыска грубо и поступил с Барминым, сторонником Палицына, жестоко: он стащил его с постели и избил дубиной, «на земле велел держати четырем человекам, изломал четыре ослопа, руки и ноги обломал. И лежал я, — писал Бармин, — по всю зиму только жив». Расправа с близким ему человеком явилась причиной отказа Палицына исполнять свою должность. Он запретил подьячим писать свое имя и прикладывать свою печать к наказным памятям, выдаваемым приказчикам ясачных зимовий, и к проезжим грамотам. Стал вершить воеводский суд и расправу у себя во дворе. Он сказался больным (действительно, был он болезненным человеком, страдал припадками) и не желал ходить в съезжую избу. Кокорев жаловался, что Палицын и в те редкие часы, когда приходил в съезжую избу, ведомый под руки, всегда отговаривался, что «рука отнялась», «а повсегда, государь, пьян». Сам же Палицын писал, что «ныне брожу о двух посохах, только чуть жив, и на всякой месяц та же порча повторяется, подвожды лежу присмерти». Иногда младшего воеводу во время приступа выносили замертво со двора Кокорева. Недомогания сделали его раздражительным и мнительным, что еще более осложняло отношения с Кокоревым. Из-за вражды воевод расстроилось все делопроизводство мангазейской съезжей избы. Дела оставались нерешенными по месяцам. Все это заставило торговых и промышленных людей написать царю жалобу на воевод: «…твоих государевых дел в съезжей избе вместе при нас не делывали, а промеж собою учинилась у них брань и великая вражда, и нам… они друг на друга являют твои государевы великие дела и называют друг друга изменниками». Осенью 1629 г. Мангазея разбилась на два лагеря. Гарнизон города перешел на сторону старшего воеводы как главного военачальника. От Кокорева к Палицыну переметнулись служившие в гарнизоне выходцы из Литвы и Польши, сосланные в Сибирь в разные годы. Им больше нравился Палицын, не только знавший польский язык, но и снисходительно относившийся к ссыльным иностранцам.
На сторону младшего воеводы перешли посадские, торговые и промышленные люди. Исключение составили несколько крупных торговцев. Приказчики царских гостей занимали нейтральную позицию. Переход посада на сторону младшего воеводы можно объяснить желанием оказать сопротивление своеволию мангазейских воевод вообще. В лице Кокорева они видели типичного представителя этих воевод. Нельзя в то же время считать Палицына вождем низов, так как обращался он к посаду из чисто личных (враждебных Кокореву) побуждений. Его «бунт» против старшего воеводы не носил характера восстания против существующих порядков.
События разворачивались быстро. В июле из Мангазеи на Русь возвращался побывавший в Якутском уезде Самсон Навацкий. На его коче уходили также тобольские стрельцы и казаки, отслужившие свой срок. Этой оказией решил воспользоваться Палицын и отослать в Тобольск и Москву отписку об «измене» Григория Кокорева. В составлении ее большую роль играл поп Степан Борисов, духовник младшего воеводы. Палицын добился освобождения попа из тюрьмы, куда его посадил Кокорев за ложный донос. За одну ночь Борисов составил на Кокорева от имени всего мангазейского мира челобитную и взялся сам свезти ее в Москву. Тайно его переправили на судно Навацкого. Кокорев об этом узнал, когда коч ушел из Мангазеи. Сначала Кокорев растерялся, но затем решил отомстить младшему воеводе, тем более что к этому представился случай. 22 августа 1630 г. из Тобольска прибыл новый мангазейский караван из 28 кочей. Кстати, в караване было 345 торговых и промышленных людей. Из Тобольска приехали племянник Палицына Лев Неелов и двоюродный брат Игнатий Палицын. Подозревая, что они здесь не с пустыми руками, Кокорев лично прибыл на «государев коч» и приказал осмотреть его под предлогом поисков «заповедных товаров». Однако Игнатий Палицын отказал старшему воеводе в обыске и силой пытался удалить стрельцов. На коче, а затем и на пристани возникла вооруженная стычка, в результате которой имелись раненые с обеих сторон. В конце концов Кокореву удалось захватить коч, «рассечь палубы» и извлечь из трюмов запрещенное вино. Узнав об этом, младший воевода приступил к вооружению посада. По городу он ходил не иначе, как с отрядом наемников из числа гулящих людей. Кокорев в свою очередь приказал запереть городские ворота и не пускать Палицына даже в церковь на богослужение. Намеревался он угрожать посаду и со стороны реки. Для этого он установил на «государевых кочах» затинные пушки и «хотел, — писал Палицын, — пойти вверх по Тазу выше посаду и стать на якорях и хочет по посаду с кочей стрелять».