Остальную часть 1943 и весь 1944 года бои велись с прежней яростью — уже не ради победы, а ради выживания. Немцы начали использовать радарные фоксеры — резиновый баллон, который волочил за собой полосы фольги. Другим типом, использованным в Бискайском заливе, был буй с отражающей поверхностью. Новые фугасно-зажигательные снаряды к началу осени снова подтолкнули лодки вступать в дуэль с самолетами. Чуть позднее появился тяжелый зенитный автомат. В августе началось использование для борьбы с эсминцами акустических торпед. Новый детектор радиолокационного излучения заменил старую модель, хотя предположение, будто его собственное излучение засекала радиоаппаратура союзников, как выяснилось позднее, было ошибочным.
Тяжелые потери вынудили подводные лодки действовать поодиночке в ранее не посещавшихся ими районах. Но к августу 1943 года погибли 9 из 12 подводных танкеров, что крайне затруднило действие лодок. Однако, как только появились новые системы оружия, немцы совершили новую попытку дать бой в Северной Атлантике. В середине сентября группа подводных лодок атаковала конвой, добившись некоторого успеха. Особенно эффективны были акустические торпеды, использованные против кораблей сопровождения. Но к феврале 1944 года все закончилось, так как теперь гибло больше подводных лодок, чем торговых судов. С этого времени подводные лодки стремились только уцелеть. "Никакого ненужного риска" — таков стал их девиз.
Выбора у них просто не было, так как эффективность противолодочной обороны стремительно росла. С августа 1943 года быстроходные суда союзников начали совершать переходы самостоятельно, освободив эскортные корабли для формирования поисково-ударных групп, которые строились вокруг эскортных авианосцев. Эти авианосцы теперь были выведены из состава сил сопровождения конвоев, их место заняли танкеры и рудовозы, оборудованные временными полетными палубами. Теперь эскортные корабли сочетали выслеживание и атаки одиночных лодок. Как правило один корабль поддерживал гидроакустический контакт, а остальные атаковали всеми видами оружия. Самым эффективным из них был новый бомбомет "хеджехог", который выбрасывал серию маленьких глубинных бомб вперед по ходу корабля. Бомбы взрывались только попав в цель, поэтому попадания четко регистрировались и не нарушился акустический контакт. Появились более тяжелые обычные глубинные бомбы, весящие по 500 кг. Для защиты от новых германских акустических торпед были созданы специальные шумовые буи-фоксеры, которые буксировались позади корабля. Они отвлекали на себя торпеду, расстраивая работу ее системы наведения. Самолеты сбрасывали гидроакустические буи для прослушивания шумов подводных лодок, а после установления контакта использовали акустические авиаторпеды. Подводники сообщили о появлении шумовых буев, они полагали что эти буи изображают эскортные корабли, вводя в заблуждение командиров лодок. На мелководье использовались тралы с подвешенными зарядами. Некоторые из новинок эффекта на давали, но все вместе взятые они свели успехи подводных лодок до минимума.
Загадка с радаром была разгадана в августе 1943 года, когда удалось восстановить одну установку, собранную по кусочкам на сбитых британских самолетах. Были выяснены его характеристики. Немцы назвали эту установку "Роттердамским прибором", так как именно в этом городе был найден первый обломок. Оказалось, что германские радиолокаторы безнадежно уступают технике союзников. Даже воссозданный образец мало чем помог. Хотя можно было построить новые радиолокаторы, слишком часто подводным лодкам приходилось действовать под водой. А там они были почти беспомощны — слепы, глухи и малоподвижны. В апреле 1944 года был потоплен последний подводный танкер, а опыты по дозаправке топливом под водой вперед не продвинулись. Противорадарное покрытие дало некоторые результаты, однако оно никогда не использовалось широко.
Единственным решением проблемы было создание принципиально новой лодки — "настоящей" подводной лодки, имеющей большую дальность плавания и высокую скорость под водой. Еще до начала войны инженер Гельмут Вальтер предложил новый двигатель для подводных лодок, использовав газовую турбину и перекись водорода вместо воздуха в качестве окислителя. Развитие этой конструкции, как и радар, сдерживало консервативное мышление, а потом началась война, и в середине 1940 года Гитлер запретил вести разработки, которые потребуют более года для завершения.
В начале сентября 1942 Дениц понял, что подводная лодка нового поколения, за создание которой он всегда ратовал, потребуется очень скоро. Он высказал это на встрече с Гитлером, куда его пригласил Редер. Гитлер разрешил построить 2 экспериментальные лодки Вальтера. Через месяц он разрешил строительство 24 малых и 2 больших лодок.
На основе этих идей был создан совершенно новый корабль с подводной скоростью 24 узла. Это превышало скорость большинства эскортных кораблей. Лодка имела высокую маневренность, могла быстро менять глубину и скорость, запутывая своих противников. Большие лодки имели по 10 носовых торпедных аппаратов. К несчастью для Деница первые лодки могли войти в строй не раньше декабря 1944 года. Столь долгое время требовалось для отработки принципиально новых систем вооружения, и помешало использовать их во время войны.
Однако другая лодка была не столько радикально новой. В ноябре 1942 Дениц провел совещание с Вальтером и 2 ведущими конструкторами подводных лодок. Выяснилось, что работы над лодками Вальтера идут слишком медленно, поэтому Дениц указал на срочную необходимость в новой лодке и запросил совета специалистов. Вальтер предложил отработать трофейное голландское изобретение, складной воздуховод, который позволял обычной лодке идти под водой на дизелях и перезаряжать батареи, не всплывая. Это был шноркель. Вторым предложением стала большая лодка с новой обтекаемой формой корпуса, многократно увеличенной емкостью батарей для достижения высокой подводной скорости и увеличения дальности плавания под водой и имеющей шноркель для перезарядки батарей под водой.
Скорость для подводных лодок в конце войны стала главной характеристикой, именно это определяло все новые проекты. В середине 1943 первые чертежи были представлены Деницу. Это были 2 лодки, имеющие примерно одинаковые характеристики. Первая — малая лодка водоизмещением 200 тонн проекта XXIII. Второй была океанская лодка водоизмещением 1500 тонн проекта XXI. Первая лодка могла развивать под водой 13 узлов, вторая — 17 узлов. Дениц потребовал немедленно организовать их производство. Когда он решил, что флот слишком медленно строит корабли, то обратился к Шпееру. Шпеер выделил гражданских специалистов по организации производства, которые начадили массовое производство лодок, используя блочно-модульный метод постройки. В апреле — мае 1944 года планировалось достроить первую лодку, а к сентябрю довести скорость строительства до 36 единиц в месяц. Прототипы не строились. Отдельные части лодок производились на множестве разбросанных по всей стране заводов, секции собирались на 11 заводах далеко от моря. Окончательная сборка лодок производилась на 3 верфях.
8 июля 1943 Дениц представил этот план Гитлеру и получил его полное одобрение. Уже в апреле была построена первая лодка, к августу были достроены еще 8 единиц. Однако их строительство замедляли технические трудности, а с весны 1945 — постоянные бомбардировки. Однако зимой 1944 — 45 годов было налажено массовое производство обоих типов.
В те месяцы, когда лодки ожидали установки новой техники и вооружения, которые позволили бы им начать новый раунд битвы за Атлантику, они продолжали свою многогранную деятельность. На Дальнем Востоке была усилена группа лодок, базирующаяся с мая 1943 в Пенанге. Она потеряла свой танкер в январе 1945. После провала операций в Северной Атлантике стали невозможны походы блокадопрорывателей. Теперь 15 германских, несколько японских и итальянских лодок были переоборудованы для перевозки особо ценных грузов с Дальнего Востока. Однако большая часть их них погибла. Одна лодка была отправлена в Японию в качестве подарка, но она оказалась слишком сложной, и японцы не смогли ее скопировать.