Новый главнокомандующий резко отличался от Редера, хотя всеми его действиями руководил тот же самый профессионализм. Он признал, что флот многое теряет, не имея никого в ставке Гитлера, кто мог бы отстаивать интересы флота перед лицом таких персон, как Геринг, чье влияние достигло максимума. Дениц решил встречаться с Гитлером как можно чаще, чтобы знакомить его с точкой зрения флота на текущие события. Редер часто заставлял Гитлера знакомиться с короткими и сухими меморандумами, часто напоминающими учебные лекции. Дениц понял, что Гитлер действует под влиянием тщательно скрываемых внезапных импульсов, поэтому он предпочел удерживать контакт на личном уровне, беседуя персонально. Дениц принял риск попасть под вспышку гнева Гитлера, что боялся делать Редер.
Редер пытался сохранить независимость от Гитлера, держась на дистанции, и не преуспел. Деницу тоже этого не удалось, однако он сумел завоевать доверие фюрера и использовать это на благо флота. Он также защищал флот от вмешательства партии, и насколько это было возможно, добивался удовлетворения всех нужд флота.
За назначением Деница последовали и другие изменения. Он сохранил за собой общее командование подводным флотом, хотя капитан 1 ранга Эберхард Годт, его начальник штаба, принял на себя текущее руководство действиями подводных лодок вместе с чином контр-адмирала. Несколько стариков были отправлены в отставку, кое-кого задвинули подальше, когда упрощалась командная структура флота. Чуть позднее Дениц добился от Гитлера утверждения программы ускоренного строительства подводных лодок. Он передал все заботы по строительству лодок министру вооружений Альберту Шпееру. Шпеер создал весьма эффективный Центральный Комитет Кораблестроения, который сумел полностью мобилизовать возможности германской промышленности для строительства лодок. Для экономичного использования сохранившегося торгового тоннажа был создан пост имперского уполномоченного по судоходству.
Дениц погрузился в решение новых задач с такой энергией и бесстрашием, что просто непонятно, как Гитлер столь долго терпел его на этом посту. На одном из первых совещаний Геринг вставил свое обычное язвительное замечание относительно флота. Дениц резко оборвал его, посоветовав не лезть в дела флота, как он сам не касается дел авиации. Последовавшую паузу сломал смех Гитлера. Гитлер проникся доверием к человеку, который приказал собственным офицерам поправлять его даже перед фюрером, если командующий флотом допускает неточность. Такая честность была редкостной в ставке фюрера.
Для флота было хорошо, что командующим стал человек, способный хоть как-то повлиять на Гитлера. Временами Дениц одерживал свои победы на открытых совещаниях, иногда на личных встречах после яростных выпадов, которые Дениц встречал с обычной твердостью и объективностью. Но для всех вне узкого кружка приближенных Гитлер стал еще более упрямым и недоверчивым. Он стремился сосредоточить как можно власти в собственных руках, особенно в отношении армейских операций. Это рождало нервозность и неразбериху, так как Гитлер отдавал приказы, которые генералы считали бессмысленными и потому действовали по своей собственной инициативе. Гитлер обвинял их в трусости и измене и старался затянуть петлю у них на шее. Все это, вместе с цепью поражений, привело к заговору 20 июля 1944. Гитлер чудом избежал гибели, что еще более укрепило его фанатизм. Он окончательно уверовал в свою божественную миссию — привести Германию к победе. Вдобавок он становился все более упрямым, жестким и безжалостным.
Первым и самым важным вопросом для Деница, после того, как 30 января он принял командование, стала диспозиция крупных кораблей. Личный состав флота угнетали постоянные слухи о грядущих переменах, в которых обвиняли Деница. На первой встрече с Гитлером он не коснулся вопроса о крупных кораблях. Однако 9 февраля Кранке сообщил Гитлеру, что Дениц считает своим долгом отправить корабли в море, когда выпадет благоприятная возможность, но при этом требует для них полной свободы действий. Через 2 недели Дениц уже лично повторил то же самое предложение. Но сей раз он успел хорошо ознакомиться с проблемой, чтобы с уверенностью утверждать, что корабли имеют хорошие возможности успешных действий, а их списание не будет иметь практически никакого значения. Самым большим стратегическим эффектом линкоров была угроза, которую они представляли самим фактом своего существования. Он запросил у Гитлера разрешения списать 2 устарелых учебных броненосца, 2 легких крейсера, поврежденный "Хиппер", но использовать "Лютцов", "Шеер", "Принц Ойген", 1 легкий крейсер для учебных целей на Балтике (пока они не понадобятся в бою). Дениц предложил расположить "Тирпитц" и "Шарнхорст" с эсминцами сопровождения в северной Норвегии, чтобы оборонять побережье и атаковать русские конвои. Он также потребовал более действенной воздушной разведки. После жаркого спора Гитлер согласился, но сказал Деницу, что время докажет, что был прав ОН, а не адмирал.
6 сентября "Тирпитц" и "Шарнхорст" вместе с эсминцами вышли в море, чтобы обстрелять и уничтожить метеорологическую станцию на Шпицбергене. Это была, конечно, мизерная цель. Корабли вернулись без происшествий. "Лютцов" отправился в Германию для ремонта машин, а "Шарнхорст" покинул свою обычную якорную стоянку, чтобы ввести в заблуждение британскую разведку. "Тирпитц" стоял в глубине фиорда, окруженный противоторпедными сетями. Днем 23 сентября 1943 сверхмалая подводная лодка выскочила на поверхность внутри сетевого заграждения. Ее обстреляли из ручного оружия, и она снова погрузилась. Затем на поверхность вынырнули 4 человека и были немедленно подобраны одним из катеров "Тирпитца". Затем внутри сетей мелькнул еще один миджет. Британские пленные были допрошены, но отказались давать показания.
Капитан 1 ранга Ганс Мейер приказал задраить водонепроницаемые двери и перетянуть нос линкора на 150 футов вправо, выбрав швартовы. Затем он приказал развести пары, вызвать буксир и начать оттаскивать в сторону корму. Но тут почти одновременно взорвались 4 2-тонных заряда. 3 взрыва пришлись на носовую часть, но четвертый произошел прямо под машинным отделением. Корабль тяжело подбросило вверх. Погасли все лампы, и линкор получил крен на левый борт. На поверхность выскочил второй миджет, видимо поврежденный взрывом. Его встретил пулеметный огонь. Лодка снова скрылась подводой, причем из открытого люка успел выбраться только 1 человек. Еще 1 человек выбрался через 2 часа из затонувшей лодки. После войны оба командира миджетов получили Крест Виктории, за то что вывели из строя самый опасный корабль в мире.
Машины "Тирпитца" были повреждены, 2 башни заклинены, руль согнут. Было повреждено много оборудования, в том числе система управления огнем главного калибра. Вместо того, чтобы буксировать корабль в Германию, было решено ремонтировать линкор на месте. Линкор мог быть атакован и на переходе, и в доке. Вместо этого из Германии были присланы 700 рабочих. Был построен кессон, который позволил залатать пробоины в корпусе. Медленно ремонтировались машины. Так как "Тирпитц" остался на севере, это нервировало британское командование, не знавшее истинных размеров повреждений.
Выход из строя "Тирпитца" означал, что единственными боеспособными кораблями остаются "Шарнхорст" и несколько эсминцев. Ночи стали длиннее, и англичане возобновили проводку конвоев. В ноябре и декабре в Россию прошли 3 конвоя, 2 вернули назад. Видимость была плохой, как и год назад во время Новогодней Битвы. Но положение усугубляло превосходство англичан в радиолокаторах. В день Рождества 1943 года "Шарнхорст" и 5 эсминцев вышли на перехват направляющегося в Мурманск конвоя. Ухудшение ситуации на Восточном фронте, где германские войска непрерывно отступали, подтолкнуло флот на проведение этой операции. Но руководство флота испытывало определенные сомнения в мудрости такой операции. На сей раз командир эскадры контр-адмирал Бей получил от Гитлера полную свободу действий. Впервые в германской военно-морской истории эскадра могла сражаться без всяких ограничений. Но этот бой стал последним боем германского флота и последней дуэлью линкоров один на один.