Ок. 458 г до н. э. персидский царь Артаксеркс I даровал Иерусалимской гражданско-храмовой общине ряд привилегий, поставил во главе нее своего придворного из иудеев, фанатичного монотеиста Эзру, и, по-видимому, подчинил в культово-ритуальном отношении верхушке этой общины и Иерусалимскому храму все прочие общины, желающие заявлять себя в качестве иудейских. Эзра ужесточил религиозную практику и всю жизнь в Иерусалиме в духе ортодоксального иудаизма, изгнав, в частности, из города и общины всех иудеев, не пожелавших расставаться со своими женами-язычницами. При Эзре развивался острый конфликт членов реформированной им общины с неортодоксальными евреями — как с иудеями, так в особенности и с самарянами, возглавлявшимися Санваллатом из еврейского языческого рода; доходило до вооруженных столкновений Санваллата и его союзников с Иерусалимом. Дело Эзры было продолжено также с санкции Ахеменидов Нехемией (V или IV в. до н. э.). В IV в. до н. э. Иерусалиму подчинялась уже вся персидская провинция Иудея, входившая после македонского завоевания то в Птолемеевское, то в Селевкидское царство в качестве автономии под местной властью иерусалимских первосвященников Второго храма.
Покровительственные меры Ахеменидов в адрес иудаистской общины в Иерусалиме привели к тому, что уже к концу IV в. до н. э. еврейское язычество перестало существовать: неортодоксальные элементы ассимилировались в среде соседних народов, а сохранившие идентификацию группы иудеев в религиозном отношении подчинялись Иерусалиму и блюли поддерживаемую там монотеистическую ортодоксию, т. е. превратились в уникальную этнорелигиозную общность — язычники теперь официально не считались евреями вообще. К монотеизму перешли в третьей четверти I тысячелетия до н. э. и самаряне, утвердив в качестве своей священной книги Пятикнижие — первую часть Ветхого Завета; впрочем, иудеи не считали самарян евреями ни в смысле этноса, ни в совпавшем теперь с этносом религиозном аспекте (как неортодоксальных).
Тем не менее противостояние языческих и ортодоксальных теоцентрических тенденций в иудейской культуре сохранялось, хотя и в подспудной форме. Так, около III в. до н. э. была создана канонизированная в итоге «Книга Когелет» («Экклесиаст»). Во многих отношениях она продолжала традиции месопотамской и переднеазиатской «литературы мудрости» и фактически сочетала строгий монотеизм в картине мира (над всем властен единый всемогущий Бог) с антропоцентрическим отношением к нему. Согласно этому произведению, Бог устроил мир так, чтобы устрашать человека; миропорядок этот для людей в конечном счете неблагоприятен и безнадежен; людям в таком мире имеет смысл сосредоточиться на достижении собственных радостей, которые они все-таки могут добыть в рамках установленных Богом порядков, изменить которые они все равно не в силах. Другая вошедшая в Ветхий Завет композиция третьей четверти I тысячелетия — «Книга Иова», напротив, резко полемизирует с языческими жалобами на несправедливость Бога, под властью которого правда зачастую попирается, а праведники бедствуют. В книге подобные жалобы опровергаются вовсе не тем, что Бог на самом деле прав, а наблюдаемая несправедливость либо временная, либо кажущаяся (эти аргументы, взятые из месопотамской традиции, в «Книге Иова» отвергаются), а тем, что Бог по своему всемогуществу выше справедливости и не подлежит осуждению и упрекам, что бы Он ни делал.
В 60-е годы II в. до н. э. сама же иерусалимская верхушка, устав от налагаемых на нее ортодоксией ограничений, при первосвященниках, принявших греческие имена Ясона и Менелая, сперва попыталась реформировать иудаизм, интегрировав его с эллинизмом, а потом и вовсе запретила его под страхом смерти и ввела в Иерусалимском храме культ какого-то языческого божества (вероятно, западносемитского) вместо запрещенного отныне культа Яхве. Иерусалим превратился в полис эллинистического образца. Все эти меры разрешил и поддержал селевкидский царь Антиох IV Эпифан.
Об умонастроениях евреев-неоязычников дает представление антимонотеистический пассаж, вложенный позднее Иосифом Флавием (еврейским общественным деятелем и автором I в. н. э.) в уста одному из ветхозаветных персонажей — Зимри, израильтянину, выступавшему, по преданию, против проповеди и законов Моисея: «Ты, Моисей, сам следуй законам… к которым приучил народ исподволь, ибо в противном случае давно получил бы достойное возмездие и понял, что евреи не так легковерны. Но во мне ты не увидишь последователя твоих насильнических предписаний. Отняв у нас всякую усладу и самостоятельность в жизни, что принадлежат всем свободным людям, не признающим над собой постороннего владыки, ты доселе всеми способами навязывал нам — под видом законов — полное порабощение Богу… А жертвую я тем богам, почитать которых мне кажется подходящим, так как я считаю уместным отыскивать себе верное среди многих божеств, а не жить словно под властью тирана, на которого одного должна быть направлена надежда всей моей жизни. Никто не сможет похвалиться, что оказал на меня серьезное давление в делах, в которых я поступал по своему собственному влечению!»
Ожесточенные конфликты, вызванные этим переворотом в иудейской среде, привели к так называемому восстанию Маккавеев (167–142 гг. до н. э.). Повстанцы взяли Иерусалим, утвердили там власть своих вождей из рода Маккавеев-Хасмонеев, ритуально очистили Храм, восстановили иудаизм и отбили селевкидские карательные походы. Евреи-«эллинизаторы» подверглись истреблению либо бежали и растворились в гуще соседних народов. Иудея превратилась в ортодоксальное царство династии Хасмонеев (II–I вв. до н. э.), которую сменила династия Ирода Великого (правил в 37-4 гг. до н. э.), с 63 г. до н. э. находившаяся под верховной властью римлян.
Идеологическая ситуация здесь была непростой и включала множество направлений. У истоков традиции, составившей базу позднейшего, талмудического ортодоксального иудаизма I тысячелетия н. э. стояли фарисеи. Они дополняли Пятикнижие многочисленными интерпретациями и толкованиями, адаптирующими его к потребностям текущей эпохи, которая сильно отличалась от времен формирования собственно Пятикнижия. При самих Хасмонеях ведущую роль играла группировка саддукеев — потомков знатных первосвященнических родов и государственной верхушки; они категорически отвергали возможность дополняющих комментариев и толкований к Пятикнижию (давших позднее Талмуд и талмудический иудаизм), требуя его скрупулезного, но все более формального соблюдения и дозволяя в остальном приобщение к эллинистической культуре. Саддукеи отрицали в отличие от фарисеев загробную жизнь и посмертное воздаяние. Крайний теоцентризм, эсхатологические настроения и вражду к «истэблишменту» сочетали (подобно пророческому движению многовековой давности) секты ессеев, селившихся подальше от крупных центров, где шла, с их точки зрения, слишком развращенная жизнь. Распространение идей ессеев было связано и с социальной реакцией на засилие хасмонейской верхушки, и с ритуальной проблемой, возникшей после преобразований Ясона и Менелая. Многие считали, что запрет иудаизма самим его первосвященником и введение в Иерусалимском храме культа языческого божества вместо Яхве выглядели равносильно разрыву старого Завета — древнего договора, заключенного некогда между евреями и Яхве. Поэтому для полноценного восстановления отношений с Ним нужен Новый Завет, а «очищения», предпринятого Хасмонеями, недостаточно. Ессеи отвергали частную собственность и частную эксплуатацию, торговлю и войну, государственную власть и потребление свыше необходимого минимума; они создавали эгалитарные общины, члены которых не имели никакой собственности кроме коллективно-общинной. Одно из направлений ессев отвергало даже семьи и брак. Ессеи именовали себя людьми «Нового Завета», «сынами Света» (в противоположность развращенным и не знающим истинного благочестия «сынам Тьмы»), а также «общинами избранников Бога» и т. д.
Одна из ессейских общин, основанная неким «Учителем праведности», претендовавшим на передачу прямого Божественного откровения, явленного ему, хорошо известна по знаменитым находкам в Кумранских пещерах. В ессейской среде (в частности у кумранитов, как известно по их «Свитку Войны») были распространены экзальтированные эсхатологические ожидания скорого конца света. Он будет сопровождаться священной войной, явлением спасителя-мессии, избранника Бога (скажем, в одном из кумранских текстов сказано, что «Бог породит мессию», в другом говорится о мессии-всеобщем искупителе). Спасение ожидает лишь истинно (т. е. по-ессейски) уверовавших праведников и мучеников за истинную веру — они обретут вечное блаженство. Все эти настроения подготовили почву для появления христианства.