Царь Михаил Феодорович, восстановив разоренные в смутное время кремлевские храмы, оставил уже немного забот о них своему преемнику; и царь Алексей Михайлович, по отношению к первым, является не столько создателем храмов, сколько вкладчиком.
В первопрестольном Успенском соборе этот государь оставил по себе память следующим. В приделе апостолов Петра и Павла Алексей Михайлович поставил замечательную по древности и сделанную из особого рода мастики икону Влахернской Божией Матери. Она была некогда покровительницей Цареграда и привезена была оттуда в дар государю. В 1653 году царь принес в дар Успенскому собору серебряное в 2 пуда блюдо и при нем ведро, с коим он сам ходил на Иордань и зачерпал им только что освященную воду. Его же пожертвование — великолепные золотые, украшенные жемчугом священнослужительские облачения и пелена к Владимирской Богоматери, «на помин родителей». Царица Наталья Кирилловна пожертвовала громадное евангелие, оправленное массивным золотом и разнообразными драгоценными камнями. При императрице Екатерине II оно было оценено в два миллиона рублей. Свояк государя, по первой его супруге, боярин Морозов пожертвовал к Успению огромное паникадило в 60 пудов серебра, висевшее посредине собора до 1812 года. Алексей Михайлович повелел перенести из церкви Рождества Богородицы в Успенский собор царицыно место и поставить его против левого клироса. Оно резное из дерева, вызолочено, и верх его на четырех углах увенчан двуглавыми орлами. Никон в это время обновил патриаршее место.
Архангельский, Благовещенский и другие соборы Кремля получали так же, как и придворные храмы, разные более или менее ценные вклады набожного царя Алексея Михайловича. Из дворцовых храмов особенной заботой его пользовалась церковь Екатерины великомученицы, «у царицы на сенях», где в это время был устроен придел в память матери царя (Евдокии Лукьяновны); здесь царицы брали молитву после родов и причащались постом. В церкви Распятия над жертвенником находится икона, на которой изображены свв. Константин и Елена, а также Алексей Михайлович, его супруга Марья Ильинишна и патриарх Никон.
«Тишайший царь» не оставил без внимания и колокольню Ивана Великого. Находившаяся при нем звоница с громадным колоколом Годунова сгорела, и сам колокол разбился. Царь приказал воспользоваться его осколками и отлить новый. Барон Мейерберг, видевший его в 1661 году, говорил, что он был отлит русским литейщиком 24 лет, весит 8000 пудов и поставлен был на новой звонице. В пожар 1701 года он разбился, но при императрице Анне Иоанновне был отлит снова и сделался, следовательно, отцом царя-колокола; к осколкам этого произведения XVII века прибавлено было еще 2000 пудов меди. В память царя Алексея Михайловича сделано было на царь-колоколе его изображение рядом с изображением названной императрицы. Чудовская обитель св. Алексея митрополита, где восприял крещение Алексей Михайлович, и Вознесенский монастырь, где он сам хоронил свою первую супругу и дочерей, пользовались вкладами этого государя. В Вознесенском монастыре и до сих пор сохраняется большая серебряная водосвятная чаша, дар царя.
Заботясь о храмах и дворцах, государь под конец своего царствования обратил внимание и на приказы. К 1670 году кремлевские палаты разных приказов «обветшали гораздо и порушились во многих местах; сидеть в них было опасно». Поэтому приказы с их делами были переведены из Кремля в Китай и Белый город и размещены там в разных местах. В 1675 году Каменный (строительный) приказ начал постройку новых приказов в Кремле, по горе, начиная от Архангельского собора к Спасским воротам. По чертежу, который был прислан из Польского приказа, предполагалось выстроить: Разряд, Посольский приказ с четвертьми, Большую казну, Поместный и Стрелецкий приказы и Казанский дворец. Денег на постройку перечислено было 24 806 рублей 3 алтына 5 денег. Но эти стройки были закончены уже при Феодоре Алексеевиче.
Немало хлопот доставлял ему и Китай-город. В заботе о благообразии Красной площади было повелено сломать и убрать рассеянные на ней и ее перекрестках торговые шалаши и скамьи и было предписано «всякими товары торговать в рядех, в которых коим указано и где кому даны места». По Соборному уложению, оптовая торговля должна производиться только в Гостином ряду (между Ильинкой и Варваркой), а «в рознь товаров там не продавать». Розничная торговля была исключительно рядскою. Алексей Михайлович дал указ, чтобы Гостиный двор и ряды не торговали в субботу, как станут звонить к вечерне, и в воскресенье, до окончания литургии.
У Неглиненских (Воскресенских) ворот государь построил часовню для Иверской Божией Матери. В Казанском соборе он оставил по себе память вкладами. В Покровском — постройкой новых приделов. В Богоявленском монастыре, благодаря пожертвованию боярыней Репниной земли, выходившей на Никольскую улицу, построены существующие и теперь ворота с храмом Иоанна Предтечи. В Заиконоспасском монастыре построена была двухэтажная соборная церковь, освященная в 1661 году. Здесь в 1666 году поселен был западнорусский ученый Симеон Полоцкий и построено было за счет государя здание для него и учеников, которых он должен был учить «полатыням». Начали учиться здесь молодые подьячие из Приказа тайных дел. Из этой школы возникла знаменитая Славяно-греко-латинская академия. В 1653 году Алексей Михайлович дозволил в Никольском (Афонском) монастыре совершать богослужение на греческом языке.
В опустошительный пожар 1668 года сильно пострадал Знаменский монастырь. Царь и его родственники за свой счет возобновили его. Не только были восстановлены старинные Романовские палаты, но и были построены вновь другие здания, и вместо прежней деревянной ограды была возведена каменная. Сложена была новая церковь Знамения, а под нею теплая во имя Афанасия Афонского. Постройки продолжались и после смерти Алексея Михайловича.
Из приходских церквей Китай-города много забот этот государь посвятил Зачатию св. Анны, что в углу. Здесь, по случаю рождения дочери, он построил придел во имя св. Екатерины, а в 1668 году, после пожара, возобновил и украсил всю церковь.
Вообще царь любил эту церковь и в праздники со своим семейством слушал здесь литургию, которую совершал патриарх. Рядом с этим храмом в 1664 году построена была церковь Св. Николая, существовавшая до конца прошлого столетия. В 1657 году боярином Салтыковым построена была церковь Троицы на Полях, где раньше была церковь Св. Георгия.
Немало памятников это царствование оставило и в стенах Белого города. Алексей Михайлович в 1649 году приказал принести в Москву чудотворную икону Страстной Богоматери из вотчины князя Лыкова, в Нижегородской области (Палицы), и, встретив ее с крестным ходом, приказал построить для нее Страстной монастырь с двухэтажным в нем храмом.
Из приходских храмов Белого города особенно хорошо был обстроен в это царствование основанный еще при Михаиле Феодоровиче храм Св. Николая на Столпах, где был дом боярина Матвеева, где жила прежде Наталья Кирилловна Нарышкина и где после похоронен был убитый стрельцами Матвеев. Храм двухэтажный. Над нижнею церковью сделана галерея, кровля которой поддерживается каменными столбами наподобие кувшинов.
В 1650 году на Лубянке, на месте старой церкви Софии-Премудрости, построена была новая и освящена патриархом Никоном. В 1657 году у Мясницких ворот построена была церковь Флора и Лавра. В 1649 году близ Покровских ворот построена была церковь Троицы на Грязях, как значится на одном из крестов, находящихся в церкви. В Охотном ряду в 1667 году построен храм Преподобной Парасковии-Пятницы. В 1647 году Григорием Горихвостовым поставлено было на Успенском Вражке Успение Богоматери. На Большой Дмитровке в 1652 году — Преподобного Сергия.