Но главная его тема — это уроки Второй мировой войны и особенно та боль и муки, которые претерпел по вине нацистов еврейский народ. Широкую известность получили его роман «Покушение» (в русском переводе «Расплата», 1995), киноверсия которого получила премию Оскара, и эпопея «Открытие неба» (1992). Последний из написанных Мулишем роман «Зигфрид» (2001) — одновременно и мистификация, и сатирический антифашистский памфлет — заслужил высочайшую оценку западноевропейских литературных критиков.

Харри Мулиш — лауреат многочисленных литературных премий, в том числе главного литературного приза «Премии нидерландской литературы», которая каждые три года присуждается Нидерландским языковым союзом. Его книги переведены на многие европейские и восточные языки.