С началом войны с Советским Союзом операционной зоной немецких подводных лодок стал и Северный Ледовитый океан.

В отличие от других районов подводные лодки находили здесь самое разнообразное и подчас необычное применение. Поскольку базы находились неподалеку от районов боевых действий, использовались только подводные лодки водоизмещением 500 тонн. Характерным для действий подводных лодок в Северном Ледовитом океане являлось их участие в метеорологической разведке. Нередко решение этих задач было связано с доставкой и высадкой групп метеорологов на побережье Гренландии, Шпицбергена, Земли Франца-Иосифа, а также с оказанием помощи в создании опорных пунктов в местах высадки. Подводные лодки участвовали и в смене этих метеорологических групп в заранее обусловленных точках, когда возникала опасность уничтожения опорных пунктов штурмовыми отрядами противника. Кроме того, подводные лодки производили доставку метеорологической радиоаппаратуры на побережье противника, на острова Ян-Майен, Медвежий, Надежды, Новая Земля, а также постановку метеорологических радиобуев на отмелях Исландии. Подводные лодки многократно ставили мины у побережья Советского Союза, причем иногда на таких малых глубинах, что едва удавалось погрузиться. Подводные лодки доходили вплоть до параллели 81°с.ш.

Особые условия позволили создать настоящие опорные пункты подводных лодок у самого побережья противника. Подводные лодки, замаскированные сетями, лежали на ровном грунте и были готовы к действиям на русских морских сообщениях Северного морского пути. Часто подводникам поручались особые задания, например, внезапный захват отдаленных полярных радиостанций. Еще в 1942 году немецкие подводные лодки из своих 88–мм орудий обстреливали русские береговые радиостанции. Предпринимались попытки заправлять горючим с этих импровизированных опорных пунктов самолеты. Несмотря на большие трудности (многие самолеты разбивались на волне), такие заправки все-таки осуществлялись и позволяли расширить возможности дальней воздушной разведки.

В результате взаимодействия в районах Северного Ледовитого океана между подводниками и летчиками устанавливался необходимый контакт. Контакт этот стало легче поддерживать. Он облегчился после того, как бомбардировочная и истребительная авиация стали базироваться на аэродромы Банак и Бардуфосс. До самого конца войны воздушная разведка в направлении Исландии и Шетландских островов оказывала весьма существенную помощь подводным лодкам при их действиях против конвоев противника. Несмотря на то, что к концу войны воздушная разведка велась очень ограниченным числом самолетов, она все же показала, насколько увеличиваются перспективы успеха при хорошо организованных совместных действиях лодок и самолетов дальней воздушной разведки.

Тот, кто не плавал в северных широтах, а изучал действия в тех районах только по записям вахтенных журналов подводных лодок или по отчетам командования, имеет весьма слабое представление о тех трудностях и опасностях, в условиях которых приходилось действовать в примыкающих к кромке вечных льдов районах. Задания, казавшиеся в других местах обычными и нормальными, здесь превращались в сложные проблемы. Об особенностях боевых условий в полярных районах свидетельствует, например, уничтожение опорных пунктов на Шпицбергене, когда подводникам пришлось действовать совместно с ударной пехотной группой.

Совместные действия подводных лодок с надводными кораблями в Заполярье составляют особую главу в истории этой своеобразной войны. Подводные лодки выполняли в таких случаях задачи не только разведки, но и прикрытия (!), как это имело место при прорыве броненосца «Адмирал Шеер» в Карское море и при артиллерийском обстреле линейными кораблями «Шарнхорст» и «Тирпиц» укрепленных пунктов противника на Шпицбергене. Планировались и совместные действия по уничтожению конвоев противника. Они проводились в тех случаях, когда это считалось возможным, однако при их выполнении постоянно приходилось сталкиваться с непредвиденными осложнениями.

И все же вследствие сравнительно небольшой угрозы со стороны соединений бомбардировщиков противника районы Заполярья предоставляли неисчерпаемые возможности для действий немецких подводных лодок. На этом своеобразном морском театре «импровизаций» было больше, чем на каком-либо другом. Начиная с 1942 года русские конвои стали регулярно сопровождать авианосцы, и их самолеты создавали для немецких опорных баз значительную и постоянную опасность. Так, накануне конца войны-4 мая 1945 года-самолеты, базировавшиеся на авианосец, потопили в Харстаде «Блэк Уотч» и несколько входивших в этот момент в базу подводных лодок. Противовоздушная оборона в районе шхер у побережья Норвегии оказалась слишком слабой.

Опорные пункты подводных лодок в этом районе имели свои характерные особенности. В Киркенес, Гаммерфест, Харстад и Нарвик были доставлены плавучие судоремонтные мастерские и плавучие казармы. Работу этих плавучих судоверфей можно поставить в один ряд с деятельностью таких вспомогательных судов, как «Камерун», «Хуаскаран», «Неймарк», а также судов обеспечения «Кэрнтен» и «Пелагос».

Понятно, что и немецкие пути сообщения, проходившие морем вдоль норвежского побережья, не были безопасны, ибо здесь действовали английские подводные лодки, эсминцы, торпедные катера и самолеты. Поэтому обеспечение немецких войск, находившихся на севере Норвегии, было связано с большими трудностями, которые, после того как немецкая авиация потеряла господство в воздухе, усилились еще более. Для доставки таких важных грузов, как, например, торпеды, частично использовались специальные транспортные подводные лодки. Однако на Северном Ледовитом океане эти лодки встречали обстановку, сходную с условиями Бискайского залива. Даже эскортируемые транспортные подводные лодки гибли в шхерах. Опасность с воздуха проявилась в Заполярье в полной мере позднее, чем в Атлантике, но оказалась такой же острой и неотвратимой. Особенно большую угрозу представляли групповые налеты авианосной и дальнебомбардировочной авиации. Как известно, жертвой атаки группы таких бомбардировщиков стал линкор «Тирпиц». Лишь с зимы 1942/43 года противник стал вести разведку в северном районе, причем первоначально она производилась эсминцами. Вскоре, однако, появились самолеты противника, имевшие радиолокаторы. В связи с этим в северных широтах позднее, чем в Атлантике, немцы стали оборудовать свои подводные лодки шноркелем.

Основные трудности, стоявшие перед подводными лодками в Заполярье, заключались в сложных навигационных условиях. Трудно было точно определить свое место в море из-за туманов, частых осадков и постоянно меняющейся видимости. Плавание в ледовой обстановке вызывало частые повреждения самих лодок и их оснащения. Особо сложными были атаки в период светлых ночей полярного лета. В бесконечно долгую полярную ночь выследившая конвой лодка неожиданно для нее самой могла оказаться в центре конвоя в свете ярко вспыхнувшего северного сияния. В 1943 году положение еще более осложнилось вследствие все увеличивавшегося недостатка у немцев самолетов и применения противником радиолокационных установок. Жертвой этого средства обнаружения явился и линкор «Шарнхорст». В результате получилось, что в 1944 году погибли все 26 подводных лодок, действовавших в северных широтах. Некоторые лодки пропали без вести и погибли, очевидно, из-за неумения плавать в ледовых условиях. Часто лодки возвращались в базу с самыми различными повреждениями. Нередко в тумане лодки сталкивались с льдинами или выскакивали на ледяные поля. Организацию подводных лодок в Заполярье, как и в Средиземном море, характеризовало двойное подчинение. Сначала подводные силы подчинялись так называемому адмиралу Заполярья в Нарвике через его помощника. Другими словами, они подчинялись не командованию подводным флотом, а командующему военно-морским флотом. Позднее, по мере увеличения числа подводных лодок была учреждена должность командующего подводных сил со штабом на старом судне «Метеор», который подчинялся адмиралу Заполярья лишь в отношении взаимодействия с надводными силами. В дальнейшем командующий перенес свой флаг на посыльное судно «Грилле». А в конечном счете при этом командующем остался лишь один помощник по согласованию взаимодействий с надводными силами.