Домбровский вернулся из Лиона в Париж между 48 и 24 марта. Сразу его пригласили на военный совет в Центральном комитете Национальной гвардии для обсуждения вопроса о задачах вооруженных сил Коммуны. Позиция, занятая Домбровским, не только подтверждает его полководческие дарования, но и показывает, что он отчетливо разбирался в Сложившейся ситуации, был гораздо более дальновидным и трезвым политиком, чем многие деятели Коммуны. Домбровский высказался за немедленную атаку Версаля, арест буржуазного правительства, роспуск потерявшего доверие страны Национального собрания и назначение новых выборов. Лишь некоторые участники дискуссии присоединились к Домбровскому. Пытаясь убедить остальных, он говорил: «Вы близоруки, вы видите не дальше, чем на два шага впереди себя… Раньше или позже, а бороться вам придется, но тогда будет уже поздно! Если же вы сейчас нападете на Версаль, вы будете хозяевами положения».

Предложение Домбровского, однако, не было принято. Контрреволюция получила передышку и, располагая огромными материальными средствами, пользуясь прямой поддержкой пруссаков, начала быстро наращивать силы: с последних дней марта соотношение сил непрерывно менялось в пользу версальцев. Запоздалая и неподготовленная попытка наступления на Версаль была предпринята только 3 апреля. Она закончилась поражением нескольких легионов Коммуны и гибелью двух ее выдающихся военачальников — Дюваля и Флуранса.

Накануне неудачного наступления Домбровский явился в ратушу, где помещались руководящие учреждении Коммуны, и заявил о своем желании вступить в Национальную гвардию. Известный многим видным деятелям, он сразу же был назначен командующим легиона, который формировался в Одиннадцатом округе Парижа. Приступая к исполнению возложенных на него обязанностей, Домбровский обратился к жителям округа со следующим лаконичным и красноречивым воззванием: «Граждане! По предложению гражданина Авриаля, члена Коммуны, военный делегат назначил меня командующим легионом. Рассчитываю на патриотизм и помощь граждан в моих усилиях по безотлагательной реорганизации на прочной основе отважных батальонов Одиннадцатого округа. Надеюсь, что эти батальоны никогда не перестанут служить опорой Парижской коммуны — зародыша Всемирной республики. Командующий XI легионом генерал Я. Домбровский».

Через четыре дня — 6 апреля — Домбровский был утвержден в должности коменданта Парижского укрепленного района. В первый момент это вызвало в нескольких батальонах Национальной гвардии протесты, которые были в значительной мере инспирированы снятым с этой должности прежним комендантом Бержере. Обосновывая свой выбор, Исполнительная комиссия Коммуны выпустила воззвание «К Национальной гвардии», в котором о Домбровском говорилось как о талантливом военном специалисте и самоотверженном революционере. Быстрому росту авторитета Домбровского содействовало, однако, не столько это воззвание, сколько кипучая энергия, с которой он взялся за выполнение своих обязанностей, глубокое знание дела и необыкновенная храбрость, проявляемая им при каждом появлении на передовых позициях.

Уже 7 апреля Домбровского видели на западной окраине Парижа в районе Нейи спокойно осматривающим аванпосты под интенсивным огнем противника. А через два дня он возглавил неожиданную атаку двух батальонов Национальной гвардии на Аньер, закончившуюся паническим бегством версальцев, захватом пушек и других трофеев. Адъютант Домбровского — Влодзимеж Рожаловский оставил следующее описание этой схватки: «Бой, длившийся до самой ночи, начался бомбардировкой позиции врага. После того как мосты были спущены, 70-й батальон в боевом порядке двинулся вперед. Поддерживаемый адским огнем форта Мон-Валерьен и других батарей, неприятель встретил наших солдат страшным ружейным огнем. Люди падали справа и слева. Наступил момент колебания, который мог оказаться гибельным. Тогда Домбровский с саблей в руке лично стал во главе батальона. Видя его в первых рядах, гвардейцы бросились в штыковую атаку с возгласом: «Да здравствует Коммуна!» Словно по мановению волшебного жезла, умолкла артиллерийская и ружейная пальба, и началась рукопашная схватка. 70-му батальону приходилось с боем брать каждый дом […]. После полуторачасовой схватки враг отступил в беспорядке […]. Упавшая было духом Национальная гвардия вновь воодушевилась и преисполнилась абсолютным доверием к Домбровскому».

Дружеский шарж на В Врублевского в газете коммунаров.

Самые разные источники единодушно свидетельствуют о военных дарованиях и личном мужестве Домбровского, о его популярности среди подчиненных. Даже военный делегат Коммуны в первый период ее существования — Клюзере, которого Маркс называл честолюбивым, неспособным человеком и «жалким авантюристом», отмечал достоинства Домбровского, в частности его необыкновенную энергичность. «За всю свою долгую практику знакомства с людьми, профессия которых быть энергичными, — заявлял Клюзере, — я мало встречал таких людей, как Домбровский, который довел свою энергию до крайних пределов». Другой современник событий писал: «Превосходный республиканец, исключительно честный и преданный делу человек, обладающий всеми необходимыми для настоящего генерала качествами, Домбровский имеет только один огромный недостаток: избыток смелости».

Член Коммуны и ЦК Национальной гвардии Жоаннар выезжал на участок, которым командовал Домбровский, в конце апреля 1871 года. В своем официальном отчете на заседании Коммуны он говорил: «Мы видели генерала Домбровского; и здесь я должен воздать честь истине и сказать, с каким поклонением гвардия относится к этому генералу. Он подлинно любим своими солдатами, они счастливы под его началом». Не раз коммунары жертвовали жизнью, чтобы спасти Домбровского. Об одном из таких случаев рассказал Рожаловский. 18 апреля Домбровский в сопровождении капитана Тирара, возглавлявшего его штаб и охрану, и еще несколько человек отправились на передовые линии осматривать батареи противника. Чтобы лучше видеть, ои встал во весь рост в просвете между баррикадами и едва не погиб от пули версальского солдата. Капитан Тирар заслонил его своим телом и умер, успев сказать только «Да здравствует Коммуна!» и пожать руку Домбровскому. Рассказав о подвиге своего предшественника на посту главного помощника Домбровского, Рожаловский восклицает: «Версальцы, где вы найдете у себя генералов, ради которых приносились бы такие жертвы, где найдете солдат, способных на такой подвиг?! Не ищите их, потому что не найдете. Только народ выдвигает таких людей!»

В числе крупнейших военачальников Коммуны был друг, единомышленник и соотечественник Домбровского Валерий Врублевский. Начало его деятельности в вооруженных силах Коммуны связано с любопытным эпизодом, о котором рассказывается в воспоминаниях участника событий Лиссагарэ. Один из членов Коммуны, знакомый с ним до этого, разыскал Врублевского, привел в военную комиссию и представил как человека преданного и обладающего большими стратегическими способностями. Когда в ходе разговора Врублевский изложил свой план действий, слушатели с удивлением обнаружили, что он слово в слово совпадает с тем, что недавно предложил в комиссии Феликс Пиа. В ответ на просьбу объяснить, в чем дело, Врублевский сказал: «Я несколько дней тому назад послал Феликсу Пиа свой доклад». Сначала Врублевскому не поверили. Но после того, как в кабинете Пиа был действительно обнаружен этот доклад, авторитет Врублевского поднялся очень высоко.

Еще в ходе восстания 1863 года Врублевский проявил себя незаурядным военачальником. Но лишь во время Парижской коммуны во всю ширь развернулись его военные дарования. Врублевский действовал все время в южном секторе обороны Парижа, левее Домбровского, который сражался в западном секторе (с севера и востока находились прусские войска, заявившие о своем нейтралитете, но фактически помогавшие версальцам). В конце апреля, когда вооруженные силы Коммуны были разделены на две армии, командующим первой из них, занимающей западный фронт обороны, оказался Домбровский, а командующим второй, действующей на юге, — Врублевский. Один из активных деятелей левого крыла польской эмиграции, Юзеф Токажевич, в корреспонденции из Франции от 12 мая 1871 года сообщал: «Врублевский очень энергичный. Домбровский — главнокомандующий. Руководство в руках поляков. Домбровский очень популярен у коммунаров: где бы он ни показался, раздаются крики: «Да здравствует Польша!»