Надеясь на быструю победу над деморализованным противником, Роммель всего с 44 танками ринулся покорять Египет. Под Эль-Аламейне, всего в 60 километрах от Александрии, его остановили. В двух крупных сражениях он победил, но не продвинулся даже на десяток километров к Нилу. Боеприпасы, которые подвозились в Триполи, оказались слишком далеко. Транспортные средства Роммель добывал у англичан в бою. По его признанию, 85 % подвижных средств, находящихся в танковой армии «Африка», были произведены в Детройте. Война снабжения продолжалась на измор. Англичане бросали в атаку все имеющиеся силы, но их было тоже мало. Правда, у самого Роммеля этих сил было катастрофически мало. Он бросил всю тяжелую артиллерию, поскольку для нее не было снарядов, а средняя артиллерия могла использовать снаряды, захваченные у англичан. Период бурных атак закончился, силы обеих сторон истощились до предела, наступило очередное затишье.
Мучительное лето 1942 года в пустыне закончилось победой английских снабженцев. Пришел очередной транспортный конвой с большим количеством танков и боеприпасов. Новый командующий британской армией генерал Бернард Лоу Монтгомери использовал против Роммеля необычную для англичан, но знакомую древним египтянам тактику: он подставлял отдельные свои подразделения германской разведке и поджидал нападения, приготовив для настоящего боя хорошо оснащенные войска. После первого же сражения, в котором обе стороны потеряли по полсотни танков, Роммель стал осторожен. Но к этому времени он серьезно заболел. Его организм истощился и от нервного напряжения, и от постоянной жары и жажды, и от каких-то болезнетворных микробов, неизвестных европейским врачам. 27 сентября по личному распоряжению Гитлера он вылетел на излечение в Берлин. На его место (очередной парадокс в его биографии) был назначен тот самый генерал Георг Штумме, которого он в феврале 1940 года заменил на посту командующего 7-й танковой дивизией.
Через неделю генерал Монтгомери начал наступление на танковую армию «Африка». Учитывая, что Штумме пропал без вести, Гитлер позвонил Роммелю домой и попросил его вернуться в долину Нила. Фельдмаршал Эрвин Роммель не раздумывал ни минуты, он быстро собрался и к вечеру того же дня сошел на африканской земле. Штумме нашли мертвым, он умер от сердечного приступа, видимо, так и не сумев акклиматизироваться в невыносимых условиях пустыни. Армия Монтгомери по всем показателям была сильнее «Африки» в 4–5 раз. Роммель сумел продержаться только неделю. Когда же от всей танковой армии осталось 35 танков и 47 орудий, он решил отступать.
Этому решению категорически воспротивился Гитлер. Он прислал истеричную телеграмму, в которой требовал «стоять насмерть». Роммель попытался выполнить приказ, хотя он привел его в ярость. В результате больше половины танков сгорело, а итальянская пехота погибла под шквальным огнем танковых пулеметов противника. Роммель отступил. Но не бежал. Передвижение к исходным позициям было четким, организованным, поэтому за время отступлёния немецкая армия не потеряла ни одного солдата, хотя преследующий их Монтгомери неоднократно пытался навязать сражение.
С этого момента личная приязнь фюрера к самому молодому фельдмаршалу исчезла. В Берлине на Роммеля обрушилась бурная истерика Гитлера, который даже начал обвинять своего бывшего любимца в недостатке мужества. Роммель молча развернулся и вышел из кабинета фюрера, разве что не хлопнув дверью.
Предложение Роммеля отвести оставшуюся танковую армию в Италию для обороны Сицилии и побережья Средиземного моря было встречено молчанием. Вместо ответа фельдмаршал получил письменное предписание отвести танковые дивизии в Тунис, куда все же высадились объединенные англо-американские подразделения. Здесь он умудрился разбить в конце февраля 1943 года американцев, но уже в марте сам потерпел тяжелое поражение от английских танковых дивизии под Меденине. На следующий же день Гитлер отозвал его в Германию, наградил Рыцарским крестом с дубовыми листьями, мечами и бриллиантами, а затем отправил на неопределенный срок в отпуск для лечения. Роммель воспринял это как почетную отставку и ссылку. Скорее всего, он был недалек от истины.
В это время события в Северной Африке развивались именно так, как предсказывал Роммель. Все усилия, предпринимаемые командующими, которые слепо следовали указаниям фюрера, провалились. Снабжение практически прекратилось. Брошенные на произвол судьбы немецкие танкисты вынуждены были заправлять свои машины тунисским вином. Около 130 тысяч солдат, прошедших обучение в сражениях, погибли или попали в плен. В июне 1943 года Гитлер вынужден был признать, что африканская кампания полностью провалилась. Он вызвал Роммеля к себе, вновь поблагодарил за его подвиги в африканской пустыне и выразил сожаление, что не прислушался к его мнению раньше.
Потепление отношений с высшей властью в Третьем рейхе вылилось для Роммеля в назначение его командующим группы армий «В» в Северной Италии. Главной задачей ему ставилось не допустить капитуляции итальянских воинских подразделений и предотвратить наступление противника на средиземноморское побережье Европы. Но аналогичная задача была поставлена и перед командующим юго-западной группы войск «С» фельдмаршалом Альбертом Кессельрингом. Объединенными усилиями они могли бы многого добиться, но Кессельринг слепо выполнял установки фюрера, а Роммель всегда исходил из особенностей конкретной ситуации. Столкновение было неизбежно, и, чтобы оно не вылилось в катастрофу, Гитлер отозвал Роммеля, поручив ему ответственное задание: проверить состояние «Атлантического вала», то есть комплекса оборонительных сооружений и мероприятий, которые должны были предохранить Европу от вторжения англичан и американцев со стороны Ла-Манша.
Парадоксальная двойственность отношения Гитлера к Роммелю очевидна: с одной стороны, он относится к нему с явной симпатией и уважением, а с другой — он никак не может придумать, куда бы его отправить подальше и тем самым избавить себя от необходимости сотрудничать с ним. Роммель не соответствовал существовавшему тогда стандарту военачальника. Обращает на себя внимание тот факт, что Гитлер направляет Роммеля на те участки фронтов, которые не являются первостепенными по значимости (Северная Африка, Средиземноморье, побережье Франции и Нормандии) и, кроме того, уже курируются достаточно опытными командующими (генерал-полковник Герд фон Рундштедт, фельдмаршал Альберт Кессельринг). Волей судьбы или по прихоти фюрера Роммель вновь оказывается на одном участке фронта с Гердом фон Рундштедтом, но теперь не в качестве подчиненного, а на равных — как фельдмаршал с фельдмаршалом. По тому, насколько случайным было новое назначение, можно судить об отношении фюрера к своему любимцу, поскольку Гитлер прекрасно знал о неприятностях, которые когда-то тот доставлял Рундштедту, и понимал, чем может закончиться их новая встреча. Во всяком случае, сам Роммель имел серьезные причины подозревать, что это назначение случайным не было.
В чем Роммель абсолютно не сомневался, так это в том, что если англичане высадятся на континент, то конец войны будет предопределен: раньше или позже Германию ждет неизбежное поражение. Более того, он полагал, что достойный отпор ожидаемому десанту со стороны Атлантического океана может быть последним шансом на победу во второй мировой войне. Ставки были слишком высоки, чтобы вспоминать былые обиды. Роммель встретился с Рундштедтом и сумел убедить его, что судьба Третьего рейха будет решаться на западном побережье. К его удивлению, Рундштедт без колебаний согласился с аргументацией «Лиса пустыни» и буквально перед Новым годом написал Гитлеру меморандум. В нем он выразил уверенность, что присутствие на критической территории Роммеля в качестве главнокомандующего группы войск «В» не только желательно, но и необходимо.
Гитлер остался недоволен таким новогодним поздравлением. Некоторые историки считают, что это недовольство было вызвано нарушением планов фюрера, который собирался якобы направить Роммеля на Восточный фронт. Прямых доказательств такой версии нет, как нет и фактов, свидетельствующих об обратном. Кроме таких косвенных аргументов, как то, что Гитлер в этот период терпеть не мог менять свои планы в угоду кому бы то ни было, а послать Роммеля против советских войск он мог бы сразу, не отвлекая его ни на защиту Италии, ни на инспекцию Атлантического вала. Более логично предположить, что Гитлер опасался близящихся конфликтов между двумя фельдмаршалами на одной территории. Во всяком случае, если такие опасения были, то они оправдались.