В конце 1496 года римский двор начинает травлю приора Сан-Марко. Флоренция была озабочена приближением императорской армии Максимилиана Австрийского, и советники правительства ослабили бдительность, защищая Савонаролу от папской власти. Монах обеспечил себе власть в доминиканских монастырях Флоренции, вступив в Ломбардскую конгрегацию, не зависящую от Святого престола. Вернуть его в лоно Церкви папа мог очень удобным для себя способом: отменить это присоединение и создать новую конгрегацию, полностью подчиненную Риму. Тогда предсказатель лишится своей должности викария конгрегации и снова станет простым монахом. Об установлении новой романо-тосканской конгрегации объявлено в бреве от 7 ноября 1496 года. Савонарола ее не признает: из-за этого он отлучен от Церкви, но продолжает проповедовать. Его влияние на флорентийцев таково, что 7 февраля 1497 года на площади Сеньории он приказал развести знаменитый костер тщеславий: собранные по всей Флоренции похотливые картины и непристойные книги, лютни, румяна, духи, зеркала, куклы, игральные карты и игровые столы — все, что относилось к комфорту и удовольствиям, было свалено в кучу и сожжено. Проповедуя в пост, он назвал Римскую Церковь продажной девкой и осудил с еще большей силой разврат папы. В Риме перед консисторией яростный враг Савонаролы отец Мариано призвал папу к суровым действиям: «Вырвите, Святейший отец, вырвите это чудовище из лона Церкви Господней!» Бывший некогда покровителем Савонаролы кардинал Карафа отказал ему в поддержке.

После смерти Хуана Гандийского на смену этой беспощадной борьбе пришло, казалось, взаимопонимание. Савонарола призывает папу осуществить его святые намерения и реформировать Церковь. При этом он просит понтифика обратить благосклонное внимание на его труды и отменить ошибочно выдвинутое отлучение. Александр VI, действительно, изменился. Его не оскорбляют слова отлученного монаха. Каждый день под его председательством в Ватикане заседает комиссия по реформе, которую он создал 19 июня. В ней шесть кардиналов: Карафа, Коста, Паллавичини, Сан-Джорджо, Пикколомини и Риарио. Просмотрев проекты реформ предыдущих пап, комиссия разрабатывает текст буллы, которая реорганизует литургию, пресекает симонию и отчуждение имущества церкви и регулирует право раздачи бенефиций от епископств.

Ни один кардинал не может владеть более чем одним епископством и бенефициями, приносящими более 6000 дукатов. Никто не может более двух лет занимать должность легата. Князья церкви не могут участвовать в светских развлечениях — смотреть театральные представления, присутствовать на турнирах и карнавалах. Максимальное количество их слуг — 80, лошадей — 30. У них не может быть ни фокусников, ни шутов, ни музыкантов. Они не имеют права нанимать юношей или подростков в качестве лакеев. Они должны жить при курии. Они не имеют права тратить более 1500 дукатов на организацию своих похорон.

Отменена продажа должностей курии. Независимо от ранга священнослужители должны отказаться от сожительниц в течение 10 дней после опубликования буллы. При невыполнении этого условия через месяц виновные будут лишены их бенефиций. Обеты, данные детьми, будут объявлены незаконными. Разнообразные злоупотребления в передаче церковного имущества и чрезмерная стоимость канцелярских актов будут сурово пресекаться.

Этот весьма примечательный текст является отражением личного опыта папы, который долгое время в качестве вице-канцлера давал освобождение от всех грехов. Теперь он хочет полностью искупить свою вину. К глубокому сожалению набожных людей, булла так и не была издана. Через месяц после образования комиссии Александр прекратил ее собрание. Он отказывается узаконить подготовленные положения реформы и возвращается к своей обычной жизни.

Причину такой полной перемены в поведении нужно искать в натуре самого папы, который всегда больше стремился к радостям жизни, чем к наказаниям за них. Как только прошло время траура, пришло время забвения. Но это произошло так быстро, потому что с каждым днем он убеждался в том, что наполняло его ужасом: он был практически уверен, что его сын Чезаре был убийцей своего брата. Хотя имя не упоминалось, кардинал Валенсийский очень быстро вошел в список подозреваемых: 23 июня Браччи, посланник Флоренции, писал в Сеньорию, что папа теперь располагал всей информацией, собранной по поводу этого преступления, но не хотел ускорять дела, «потому что виновные были весьма важными людьми». 25 июля, через 20 дней после совершения преступления, он приказал полиции прекратить поиски. Слышали, как он говорил, что знает преступника, но при этом его имени не назвал. Из этого сделали вывод, что речь шла о человеке, которого папа не сможет наказать, поскольку может последовать страшный скандал. Это не мог быть ни римский барон, ни ревнивый муж: их бы очень скоро выдали правосудию. Следовательно, нужно было искать виновного среди самых близких людей папы. И найти его было нетрудно. Люди при курии знали, насколько кардинал Валенсийский чувствовал себя разочарованным и обманутым по отношению к своему брату с тех пор, как тому воздавались почести, на которые Чезаре, хотя он был и старше, не мог претендовать. Ему мешал кардинальский сан. Смерть Хуана вынудила бы папу вернуть Чезаре в состояние мирянина. И тогда он смог добиваться того княжеского положения, которое бы полностью затмило то, которое отец дал его младшему брату. Будущее Чезаре требовало физического устранения герцога Гандийского. Ему единственному было это выгодно.

Время проходило, и языки понемногу развязывались. «Я снова слышал, что в смерти герцога Гандийского обвиняют его брата, кардинала», — напишет из Венеции 22 февраля 1498 года Джованни Альберто делла Пинья герцогу Феррары. Историки Санудо и Гишарден будут утверждать, что Чезаре виновен. Позже, в зависимости от того, захотят польстить или нет папской власти, будут либо сомневаться, либо соглашаться с этим обвинением. Убийца действовал таким образом, что никогда против него невозможно будет собрать доказательства. Но предосторожность даже подчеркивала исключительный характер преступника. Это был гениальный человек, и подобного человека при римском дворе, кроме Чезаре, не было.

То, что папа слишком рано начал подозревать своего сына, доказывает тот факт, что он не пытался с ним встретиться до его отъезда в Неаполь. Действительно, 22 июля Чезаре покидает Рим, имея полномочия легата, чтобы короновать в Капуа короля Фредерика. 7 августа Александр VI направляет Джофре и Санчию участвовать в этой церемонии. Санчия приезжает как раз вовремя, чтобы ухаживать за Чезаре, почувствовавшим легкое недомогание. Он был ее любовником. Коронация происходит в назначенный день 10 августа. Несмотря на отсутствие баронов Сан-Северино, враждебных по отношению к арагонцам, большинство крупных вельмож сопровождают короля, едущего под золотым балдахином, в собор, где ведет службу Чезаре. Фредерик раздает титулы и милости своим сторонникам, в частности Просперо и Фабрицио Колонна.

Королевский праздник в Капуа пришелся кстати, чтобы удалить из Рима Джофре и Санчию, имена которых упоминаются в следствии по делу об убийстве Хуана. Лукреция все еще находится в монастыре Сан-Систо. Папа даже рад, что его дети находятся вдали от него и не встречаются. Таким образом, ему не придется видеть, как они рвут на части друг друга. Но в курии устанавливается какая-то странная атмосфера. Летописец Санудо рассказывает, что в Ватикане и замке Сант-Анджело появляются призраки: фантастическое свечение и загробные голоса пугают папское окружение. Находясь вдали от Рима, Чезаре демонстрирует полное хладнокровие. Короновав Фредерико в Капуа, 15 августа он вместе с ним отправляется в Неаполь и останавливается в королевской резиденции Кастель Капуано. Он объявляет при неаполитанском дворе, что из папских анклавов (вклинившиеся части чужой территории) было образовано герцогство Беневенте. Он извещает, что оно было передано старшему сыну Хуану Гандийскому. Поступая таким образом, он действует как исполнитель воли своего убитого брата, к великому гневу его вдовы, Марии Энрикес, убежденной в его виновности. Представляя папу, сюзерена короля, он торжественно проезжает по улицам Неаполя во главе 300 всадников рядом с Санчией и ее братом Альфонсом Арагонским. Этот пышный парад становится успешным завершением его деятельности в Неаполе в качестве легата: Священная коллегия оказывает ему честь, выехав встречать его, когда он возвращается в Рим 6 сентября. От церкви Санта-Мария-Нуова до Ватикана кардиналы сопровождают своего молодого собрата. Александр VI созывает консисторию, чтобы встретить его в папском дворце. Он, по традиции, целует его, но не говорит ему ни единого слова. Эта непривычная холодность свидетельствует о глубокой убежденности, что Чезаре виновен в убийстве брата. Недомогание, которое из-за этого испытывает папа, вынуждает уехать из Ватикана, как если бы он хотел защититься от своего собственного сына.