Была уже глубокая ночь. Оба брата и кардинал Джанни де Борджиа на мулах возвращаются в Ватикан. Они расстаются около дворца, в котором жил папа, когда был вице-канцлером. Кардиналы Чезаре и Джанни едут дальше к мосту Сант-Анджело. Хуан Гандийский говорит, что желает прогуляться в одиночестве и устремляется, сопровождаемый одним конюшим, в узкую улочку, которая ведет к площади Евреев. Человек в маске, приходивший на виноградник Ваноццы, ждет его там и садится на коня позади него. Хуан оставляет конюшего караулить на площади: если через час его хозяин не появится, он один должен будет вернуться во дворец.

На следующий день, 15 июня, слуги герцога обнаружили, что ночью герцог не вернулся в свои апартаменты. Об этом сообщают папе. Как и они, Александр думает, что герцог задержался у какой-нибудь красавицы и не решился выйти среди бела дня из дому, где находился, чтобы его плохое поведение не повредило отцу. Но время проходит. Наступает ночь, герцог все не возвращается, и папа начинает серьезно беспокоиться. «Взволнованный до глубины души», как пишет Буркард, он отправляет полицейских и сенатора Рима с приказом обыскать все и вся. Слух о загадочном исчезновении быстро распространяется по городу. Горожане баррикадируют двери: говорят о нападении на врагов Борджиа. По улицам проезжают испанские войска с обнаженными шпагами. Орсини и Колонна вооружаются. Тем временем полицейские ищейки находят конюшего герцога: он тяжело ранен и ничего не может сказать. Затем нашелся мул дона Хуана: стремена были погнуты, как если бы их резко тянули. Наконец днем в полицию является важный свидетель. Это некий Джорджо Скьявино. Ту ночь он провел, сторожа бревна, в лодке, стоявшей на якоре у берега Тибра, около больницы Святого Иеронима Славонского.

16 июня к пяти часам утра он увидел, как двое мужчин с явной осторожностью вышли на улицу, где располагалась больница, огляделись по сторонам, а потом исчезли. Через некоторое время появились еще два человека, тоже огляделись и дали какой-то сигнал; из переулка выехал всадник на белом коне, через седло было переброшено тело, голова и руки свисали с одной стороны, а ноги — с другой. Когда всадник подъехал к берегу, туда, где сбрасывают мусор в воду, двое мужчин сняли тело и, раскачав, швырнули его изо всех сил в реку. Когда всадник спросил, затонул ли труп, они ответили: «Да, монсеньор». Тогда всадник подъехал поближе. Увидев всплывшую накидку мертвеца, он приказал бросать в него камни, чтобы утопить. Потом все уехали, и те два человека, стоявших на часах, пока топили труп, тоже.

Показания были записаны, а потом поинтересовались, почему этот человек не рассказал все раньше. Тот ответил, что по ночам видел, как выбрасывали сотни трупов, но никто никогда из-за этого не беспокоился. Поэтому на последнее событие он обратил внимания не больше, чем на все предыдущие.

Такая точность свидетельствовала о том, что появился серьезный след. Горн созвал всех рыбаков и пловцов города, чтобы выловить труп, была обещана награда в 10 дукатов. Пришли триста человек. Одни ныряли в реку, другие закидывали сети. К вечерне труп вытащили из воды: это действительно был герцог. На нем все еще были его бархатная накидка, штаны и камзол. К сапогам прикреплены шпоры, а на поясе висели кинжал и перчатки. В кошельке тридцать дукатов. Следовательно, убийство совершено не с целью ограбления. Убийц было несколько. Девять ударов нанесены кинжалом с широким лезвием: восемь — на теле и ногах, а один — смертельный — в горло. Тело погрузили на лодку и отвезли в замок Сант-Анджело, где собрат Буркарда, Бернардино Гуттиери, писец церемоний, его обмыл и надел на него платье главного генерала Церкви. Поспешно явился папа, чтобы увидеть своего сына. Он разразился рыданиями. Крики были слышны даже на мосту Сант-Анджело. Буркард пишет, что больше всего он страдал потому, что его любимый сын был брошен в реку там же, где сбрасывают мусор. Вернувшись в Ватикан, он закрылся в своей комнате, не захотел никого принимать и отказывался есть в течение трех дней. Враги Борджиа ликовали, видя это трогательное зрелище — Отца Христианского мира, оплакивающего своего сына. Среди образованных людей ходили жестокие стихи Саннадзаро:

Невзирая на свою скорбь, папа приказывает организовать торжественные похороны дона Хуана. Вечером трагического дня труп помещен на носилки, и его открыто несут вдоль Тибра до церкви Санта-Мария-ди-Популо в окружении процессии, освещающей путь двумястами факелами, что является совершенно исключительной честью, потому что обычно для похоронных церемоний зажигали не больше двадцати факелов. Все громко рыдавшие прелаты дворца, камергеры и конюшие папы беспорядочно шли в этой процессии. Подходили поближе люди из народа, с любопытством рассматривая лицо молодого князя, который при неверном свете факелов казался скорее спящим, чем мертвым. Со шпагами наголо по ходу процессии стоят испанские солдаты, образуя живую изгородь. В знак траура или из страха лавочники закрыли свою торговлю в местах, где проходила процессия. Тело погребено в часовне Святой Лючии, которую мать герцога Ваноцца предназначала для своего захоронения и приказала Пинтуриккьо расписать фресками.

Пока папа пребывал в своем горе, велись самые тщательные поиски убийц. Начальник полиции приказал обыскать все дома, в которых бывал герцог, но поиски оказались тщетными.

Выдвигались разные предположения. Некоторые обвиняют Орсини: действительно, убийство было совершено в римском квартале, где живет много их людей, да и мул жертвы был найден именно там. У Орсини был мотив: отомстить за смерть Вирджинио, главы их дома. Гвидобальдо Урбинский, недовольный Борджиа после недавней военной кампании, в которой он участвовал вместе с герцогом Хуаном, тоже мог быть замешан в этом преступлении. Подозрение вызывали также кардиналы Федерико Сан-Северино, и особенно Асканио Сфорца. Последний недавно жестоко поссорился с Хуаном во время ужина. Его мажордом был убит. Миланский кардинал, возможно, захотел отомстить за это убийство и одновременно за оскорбление, нанесенное его кузену Джованни де Пезаро. Другой след могли бы дать любовные приключения герцога: он вызвал раздражение многих отцов и мужей, среди них называли Антонио Мария де Ла Мирандоле и его дочь; Джофре де Сквиллаче и его жену Санчию; Джованни де Пезаро и Лукрецию. Но никто не осмеливался назвать имя Чезаре Борджиа, яростная ревность которого по отношению к его брату ни для кого не была секретом.

Когда папа наконец выходит из состояния прострации, 19 июня собирает кардиналов и послов. Он очень высокопарно говорит о своей боли. Никогда больше, говорит он, не сможет испытать большего несчастья, настолько любил он своего сына. Отныне его понтификат, все на свете ему безразлично. Если бы он владел семью папскими престолами, он бы все их отдал, лишь бы вернуть к жизни герцога! Что касается убийцы, то неизвестно, кто он, но вина снимается с герцога Урбинского, а также с Джофре де Сквиллаче и Джованни де Пезаро. Сознавая, что разгневал небо своей плохой репутацией и репутацией своей семьи, он хочет теперь принести публичное покаяние и искупить свою вину, начав реформу Церкви.

На эту полную достоинства речь отвечает посол Испании Гарсилассо де Ла Вега. Его речь полна симпатии к папе. Он просит прощения за кардинала Асканио Сфорца, который не осмелился прийти в консисторию. Он выступает гарантом того, что этот прелат не замешан в преступлении и не участвовал в заговоре с Орсини. Другие послы по очереди выражают свои соболезнования. Консистория заканчивается слезами.

В тот же самый день папа пишет государям христианского мира о своем несчастье и сообщает им, что собирается реформировать Церковь и Ватикан после такого жестокого предупреждения Провидения. Даже врагов папы убеждает это святое решение. Кардинал Джулиано делла Ровере, скрывающийся в Карпантрасе, будучи легатом в Авиньоне, пишет папе, что смерть Хуана его опечалила так, как если бы это был его собственный сын. Вокруг Святого престола возникает трогательное единение. Отлученный от церкви уже семь месяцев назад Савонарола даже присылает письмо с соболезнованиями. Он восстанавливает свои отношения с римским двором после крайне острого кризиса. Таким образом, смерть Хуана Гандийского вызывает подобие примирения, которое до этого казалось невозможным, настолько испортились отношения между монахом и папой.