У сторонников Орсини достаточно средств. Карло Орсини и его кузен Джулио, брат кардинала Джанбатиста, заручились поддержкой Вителлоццо Вителли, сеньора Читта ди Кастелло: из Франции от Карла VIII он привез значительные суммы денег для набора новых рекрутов. Джованни делла Ровере, префект Рима, подготовил армию всадников в Синигалье. Эта новая армия стоит лагерем в Сориано, восточнее Витербо. Ей навстречу выступили папские войска, чтобы отвлечь от Браччано. Сражение происходит 25 января 1497 года. 500 швейцарцев папы наголову разбиты народным ополчением Вителлоццо, вооруженным более длинными пиками. Герцог Урбинский взят в плен, герцог Гандийский — легко ранен, кардинал Лунати чуть не умер от страха. Непокорные бароны снова стали хозяевами положения.

Александр торопится заключить мир. 5 февраля он возвращает Орсини их владения за исключением Ангвиллара и Черветери. Им, конечно, приходится выплатить 50 000 золотых дукатов в папскую казну, но они возмещают их, потребовав такую же сумму выкупа за своего пленника герцога Урбинского. В этой военной кампании Орсини ничего не потеряли, напротив, они добились от папской власти признания их прав на владения, освобождения их родственников, находящихся в плену в Неаполе, и разрешения остаться на службе у короля Франции. Крайне раздосадованный Александр возлагает ответственность за это поражение не на своего сына Хуана, а на несчастного герцога Урбинского. Родственникам Гвидобальдо приходится самим платить выкуп, а папа в качестве наказания собирается навязать герцогу, не имеющему прямых наследников, преемником одного из своих сыновей, например, Чезаре Борджиа.

К счастью, появляется возможность сгладить унижение герцога Гандийского: папа отправляет его под начало Гонзальве Кордуанского — генерала, присланного Их Католическими Величествами Испанскими, чтобы изгнать французов из Неаполя. 21 февраля Гонзальве, располагающий 600 солдатами и 1000 пехотинцев, осаждает Остию, которую кардинал делла Ровере сдал французам. Сражение было недолгим. 15 марта Гонзальве возвращается в Рим, таща за собой начальника гарнизона Остии, которого он принудил к капитуляции. Герцог Гандийский и его шурин Джованни де Пезаро возглавляют парад войск-победителей. С согласия своего отца герцог Гандийский присваивает себе победу, одержанную Гонзальве Кордуанским. И поэтому в Вербное Воскресенье Гонзальве отказывается сесть у папского трона ступенькой ниже, чем герцог Гандийский. Он не хочет принять после него благословенную пальмовую ветвь. Папе приходится прибегнуть к дипломатии, чтобы устранить возникшее недовольство: он дарует Гонзальве золотую розу, высшую награду христианских государей.

Обстановка в Риме становится очень тяжелой. После окончания военных действий против Орсини и делла Ровере в город потоком хлынули недисциплинированные солдаты. Растет число преступлений и лихоимств. 24 марта 1497 года, в день Святой Пятницы, народ собирается на Кампо-деи-Фьори. Все кричат, что нужно преследовать испанцев. Выведенный из себя Гонзальве Кордуанский считает, что Борджиа виноваты в этих проявлениях ненависти. Он делает суровый выговор папе. Он упрекает его в беспорядочном образе жизни: и действительно, прошел слух, что у Александра только что родился ребенок от замужней женщины, а обманутый муж отомстил, заколов кинжалом тестя, бывшего сводником. Еще рассказывают, что Санчия, жена Джофре, ведет развратную жизнь в Ватикане. Складывается впечатление, что Святой престол не уважает ни свою собственную честь, ни честь других. Муж Лукреции — Джованни де Пезаро — совершенно не находит себе места при этом дворе, где он чувствует себя совершенно никчемным. Борджиа больше не нуждаются в союзе с Сфорца, и спесь сыновей папы с каждым днем все больше ранит их шурина. Утром на Пасху доведенный до отчаяния Джованни покидает Рим, сказав, что отправляется паломником в церковь Святого Онуфрия за городскими стенами. Там он садится на арабского скакуна, подготовленного им тайно. Скачет во весь опор и за сутки добирается до Пезаро — конь падает замертво, едва он въезжает в городские ворота. Папа и его сыновья делают вид, что весьма удивлены этим отъездом, но в действительности он их очень утешил. Да и саму Лукрецию утомил супруг, хотя во всеуслышание она жалуется, что он ее бросил. По признанию камергера Джованни, Чезаре приходил к своей сестре незадолго до отъезда ее мужа. Лукреция попросила камергера спрятаться за гобеленом. Из своего укрытия слуга слышал, как Чезаре предупреждал Лукрецию о том, что отдан приказ об убийстве ее мужа. После ухода брата Лукреция поручила лакею поскорее рассказать его хозяину все, что он услышал. Предупрежденный граф де Пезаро не стал задерживаться. Была ли Лукреция сообщницей Чезаре и разыграла ли она комедию, чтобы удалить ставшего нежеланным мужа, или же, наоборот, испытывая еще какую-то привязанность, она предупредила его, чтобы спасти ему жизнь? Ясно, она не хотела, чтобы он стал жертвой ревности двух ее братьев — Хуана и Чезаре. По слухам, эти двое не только делили благосклонность Санчии, жены молодого Джофре, но и испытывали слишком нежные чувства к своей сестре. Возможно, поэтому Лукреция, чувствуя себя затравленно в папском дворце, покорилась обычаю, который предписывал удалиться в монастырь замужней женщине, оставленной мужем. 4 июня 1497 году она затворилась в монастыре Сан-Систо около Аппиевой дороги.

С уходом Лукреции ненависть Чезаре по отношению к Хуану Гандийскому достигла своей крайней точки: он считает виновным Хуана, и это только усиливает ненависть к нему, появившуюся после военных неудач. Он надеялся, что отец, увидев никчемность Хуана после той пародии на триумф, которая вывела из себя Гонзальве Кордуанского, отошлет его в Испанию; тогда Чезаре мог бы его заменить и получить то княжеское положение, которое Хуан оказался неспособным себе обеспечить. Но он не учитывал любви папы к герцогу Гандийскому: не собираясь отказаться от своих намерений, папа хочет преобразовать в княжество для Хуана вотчины Святого престола, вклинивающиеся в земли королевства Неаполитанского.

7 июня 1497 года в секретной консистории город Беневенте возведен в ранг епископства, к нему присоединены города Террачине и Понтекорво с их графствами. Новая вотчина передана Хуану Гандийскому с последующим правом передачи по наследству его потомкам, родившимся в законном браке. Только кардинал Пикколомини Сиенский — будущий папа Пий III — осмеливается выступить против подобного ущемления прав Церкви. В сознании Александра эта мера является первым этапом на пути его сына к трону Неаполя. Король Фредерик, полностью находящийся под иностранной опекой — венецианской и испанской — будет не в силах, по мнению папы, выступить против честолюбивых намерений Хуана. И тогда герцог легко сможет стать его преемником. Чтобы успокоить чувствительного монарха, в той же консистории Александр предлагает отменить дань, выплачиваемую короной Неаполя Святому престолу. Чезаре молчит, услышав эти неслыханные предложения. Вместе с большинством кардиналов он голосует за них. Но легко можно представить себе гнев: брат вознагражден за несуществующие таланты, а вся его деятельность в Риме ограничивается альковными приключениями. Верхом иронии 8 июня становится назначение Чезаре легатом для коронации неаполитанского государя. Оба брата вместе должны выехать в Неаполь и там после коронации Хуан вступит во владение своим новым княжеством.

Гордясь неслыханной честью, оказанной Святым отцом ее двум сыновьям, Ваноцца Катанеи приглашает их вечером 14 июня в свой виноградник на Эсквилине около церкви Святого Петра за городскими стенами. В беседках она приказала расставить столы для пира. Пришли все друзья Борджиа. Кардинал Чезаре пришел со своим кузеном Джанни, кардиналом-епископом Монреальским. Еще очень красивая Ваноцца, великолепно одетая, блистая драгоценностями, с увлечением руководит ночным праздником. К концу вечера она хочет добиться искреннего примирения двух своих сыновей. Во время праздника все видят, как появляется человек в маске, он что-то шепчет на ухо Хуану Гандийскому и исчезает: но никто особенно не удивлен, этого человека неоднократно видели в компании герцога, когда тот направлялся на любовные свидания.