Примирению Дмитрия с Киприаном способствовало то, что Литовско-Русское государство, заключив союз с Мамаем, не оказало татарам помощи в решающий момент. По договору войска Ягайло должны были соединиться с ордынцами на Оке «в семенов день» — 1 сентября 1380 года. Но в назначенное время они не явились. И даже неделю спустя войска Ягайло находились на расстоянии то ли одного, то ли шести-семи дней пути от места битвы. По данным летописи, Ягайло находился «за едино днище или менши» от Дона. Из «Сказания о Мамаевом побоище» следует, что он достиг Одоева, располагавшегося в 140 километрах от места битвы. Летописную версию подтверждает, на первый взгляд, сообщение прусских хроник о том, что литовцы нападали на возвращавшиеся с поля битвы русские войска. Однако такой вывод не совсем верен. Войска Ягайло по инерции продолжали двигаться на Дон, в то время как русские полки несколько дней оставались на поле битвы, приводя себя в порядок. Отряды из разных княжеств возвращались домой удобными для них путями, из-за чего и подверглись грабежу резанцев на востоке и литовцев — на западе. Доказательств того, что Ягайло преднамеренно опоздал на битву, нет. Но в литературе с полным основанием отмечали, что сбор войск на православных землях Украины и Белоруссии должен был задержаться из-за крайней непопулярности среди русского населения союза с Ордой.

Киприан всегда был решительным сторонником объединения православных княжеств против мусульман-завоевателей. Он не мог одобрять пособничество Орде, наносившее ущерб его московской епархии. Действия Киприана во время сбора войск в Киеве и других православных городах не только не скомпрометировали владыку, но, по-видимому, облегчили его последующее возвращение в Москву.

25 февраля 1381 года Дмитрий Донской направил в Киев своего духовника, чтобы призвать Киприана на митрополию в Москву. В праздник вознесения, 23 мая, столица торжественно встречала нового пастыря, тремя годами ранее с позором выдворенного из пределов Московского княжества. Пимен с послами вернулся на Русь в конце того же года. К тому времени Киприан уже прочно сидел на московском митрополичьем престоле. По-видимому, он употребил все свое влияние, чтобы добиться расправы с лжемитрополитом и послами, действовавшими без прямого на то приказа Дмитрия. Страна была разорена неслыханно тяжелой войной с Мамаем. Между тем Пимен наделал в Византии такие долги, которые по величине мало уступали татарской дани. Поэтому едва послы пересекли границу, как их схватили и заключили под стражу. Пимену не позволили явиться в Москву для объяснений. С него сняли белый клобук и увезли в ссылку в Чухлому, а членов его «дружины» заточили в разные места. По словам греков, великий князь у одних послов «конфисковал имение, других сослал в ссылку, иных посадил в тюрьму и подверг телесному наказанию, а некоторых предал и смертной казни». Светские лица претерпели значительно более суровое наказание, чем духовные. Старейшина посольства боярин Юрий Кочевин понес главную ответственность за все происшедшее, — возможно, именно он и лишился головы. Как бы то ни было, род Кочевиных оказался раз и навсегда изгнанным из круга московских бояр.

Сергий Радонежский сказал свое веское слово в дни решающей битвы с Ордой, и это окончательно укрепило его авторитет подлинного руководителя церкви. Назначение Киприана явилось всецело делом его рук. Вскоре после приезда Киприана в Москву он вместе с Сергием крестил сына Дмитрия Донского княжича Ивана, а спустя год племянник и сподвижник Сергия Федор крестил княжича Андрея.

Победа на Куликовом поле была куплена большой кровью. Московские полки понесли огромные потери. Страна была обескровлена.

В Орде события развивались своим чередом. Разгромленный русскими Мамай не мог противостоять хану Синей Орды Тохтамышу. Он бежал в Крым, где был убит итальянцами. Тохтамыш объединил обе половины Орды. Немногие из ордынских феодалов избежали потерь в войне с Москвой. У многих мурз битва унесла родственников. В Орде царило враждебное возбуждение против Москвы. Почти два года Тохтамыш в глубокой тайне готовился нанести Руси сокрушительный удар, чтобы вновь поставить ее народ на колени.

Используя рознь между русскими, хан привлек на свою сторону рязанского и нижегородского великих князей. Нашествие татар было подобно потопу. Конница хлынула в русские пределы, сметая все на своем пути. Пограничные князья, пытаясь спасти земли от погрома, перекинулись в стан врага.

Князь Дмитрий Донской «нача полки совокупляти» и выступил из Москвы, чтобы сразиться с татарами. Но собранных сил было явно недостаточно, чтобы противостоять многочисленной рати Тохтамыша. Среди князей, прибывших на помощь Дмитрию, возникли разногласия — «бысть розно в князех руских». Малодушные указывали на то, что армия не оправилась от потерь, понесенных в Куликовской битве, «бяху бо мнози от них (татар. — Р.С.) на Дону избиты». Тем временем нагрянула татарская конница — «скоро и безвестно (внезапно. — Р.С.) приде царь». В таких условиях Дмитрий Донской бежал в Кострому, не успев забрать из Москвы свою семью. Известие о бегстве князя вызвало восстание посадских людей в Москве: «Люди сташа вечем, митрополита и великую княгиню ограбиша и одва вон из города пустиша».

23 августа 1382 года татарские дозоры появились у стен Москвы, на другой день татары облегли Кремль «силою великой». Осада Москвы длилась три дня. Не сумев взять город силой, Тохтамыш прибегнул к хитрости. Использовав посредничество нижегородских князей, он убедил москвичей, что в случае добровольной сдачи не только помилует их, но и ограничится взысканием «легких» поминков. Поверив обещаниям, «лучшие» люди Москвы во главе с духовенством отворили крепостные ворота и вышли в поле. Татары ворвались в Кремль и учинили там резню. Напоследок Тохтамыш сжег город и ушел в степи, оставив пепелище на месте цветущего города.

При отступлении татары прошли по землям своего союзника Олега Рязанского и подвергли их грабежу. Осенью того же года Дмитрий Донской обрушился на Рязань, мстя Олегу за пособничество Орде.

Сожжение Москвы повлекло за собой смену церковного руководства. Князь Дмитрий разгневался на Киприана не за то, что тот покинул Москву в грозный час, а за то, что грек укрылся в Твери. Тверской князь преступил клятву и не оказал Дмитрию Донскому помощи в войне с Мамаем, а затем Тохтамышем. В дни, когда татары жгли Москву, Михаил Александрович направил к хану посла Гурленя, добиваясь мира с Ордой. Посол вернулся в Тверь с ханским жалованьем — «с ярликы».

Отъезд митрополита в Тверь в то время, когда борьба между Москвой и Тверью грозила вспыхнуть в любой момент, имел самые неблагоприятные последствия для Киприана. На этот раз Сергий Радонежский не смог воспрепятствовать отставке пастыря ввиду вмешательства Константинополя. Патриарх Нил, узнав о гонениях на Пимена, счел своей обязанностью заступиться за него. Он просил Дмитрия избавить Пимена от «телесных бедствий» и принять его «как местного архиерея». Из постановления константинопольского Синода 1389 года следует, что Нил проявил большую настойчивость в деле Пимена и наконец после отправления из Константинополя «многих грамот против кир Киприана и еще большего числа в пользу Пимена этот последний одолевает и получает ту церковь».

Дмитрий Донской прибыл в сожженную столицу в начале сентября 1382 года. Киприан оставался в Твери до 3 октября, медля с возвращением в Москву. Промедление окончательно решило судьбу грека. Дмитрий вызвал митрополита к себе, а затем отправил его в изгнание в Литву. Митрополичий стол занял Пимен, возвращенный из ссылки.

Хлопоча в пользу Пимена, патриарх Нил постарался привлечь на свою сторону суздальского епископа Дионисия и одновременно задержать его в Константинополе. Дионисий получил от патриарха сан архиепископа Суздальского, Нижегородского и Городецкого. Тем самым Суздальско-Нижегородская епархия была восстановлена в ее старинных границах. Патриарх наказал Дионисию посетить Новгород и Псков, чтобы помочь местному архиепископу Алексею покончить с еретиками.