Царствование Бориса имело благополучное начало. Но в народе зрело недовольство. Холопы, крестьяне, посадские люди покидали обжитые места и бежали на окраины, за пределы пограничных оборонительных линий — «засек». В глубинах «дикого поля» образовались казацкие общины, которые успешно вели борьбу с кочевниками. Отражая частые нападения со стороны степных кочевников, донские казаки продвинулись к устью Северного Донца и основали там свою столицу — Раздоры. Успехи казацкой вольницы вызывали глубокую тревогу в московских верхах; пока Дон служил прибежищем для беглых, крепостной режим в центре не мог восторжествовать окончательно. Борис прекрасно понимал это, и его политика в отношении окраины отличалась решительностью и беспощадностью.
Шаг за шагом продвигаясь вслед за казаками, воеводы строили средь «дикого поля» новые городки и укрепления, определяли на государеву службу вольное население. После коронации Бориса в степях был основан город Царев-Борисов. Новая крепость отстояла на сотни верст от старых русских рубежей. Зато из нее открывались кратчайшие пути к Раздорам. Противостояние крепости с царским именем и казачьей столицы имело символический смысл. Название крепости показывало, что взаимоотношения с казачеством стали для Бориса не только источником постоянных тревог, но и вопросом престижа.
Казачье войско не могло существовать без подвоза боеприпасов и продовольствия из России. Стремясь подчинить казачью вольницу, Годунов запретил вольную торговлю с Доном, объявил, что лишь казна может отправлять донским атаманам оружие и порох, и стал преследовать тех, кто нарушал его указ. Царь Борис сознавал, какую опасность таит в себе бурлящая окраина. Но предпринятые им попытки стеснить казачью вольность обернулись против него самого. Донские казаки поддержали восстание в пользу самозванца.
При вступлении на престол Борис торжественно обещал покончить с нищетой народа в своем царстве. После коронации он не раз повторял, что готов разделить с подданными последнюю сорочку. Как доносили из Москвы иноземные послы, Годунов намеревался облегчить участь крестьян, регламентировать их платежи в пользу дворян. Но какими бы ни были помыслы Бориса, он никогда их так и не осуществил. Отмена Юрьева дня и проведение в жизнь указа о сыске беглых крестьян безмерно расширили власть феодальных землевладельцев над сельским населением. Дворяне все чаще вводили в своих поместьях барщину, повышали оброки. Крестьяне с трудом приспосабливались к новому порядку.
В начале XVII века на Россию обрушились неслыханные стихийные бедствия, вызвавшие массовое разорение деревни. В аграрной России сельскохозяйственное производство целиком зависело от погодных условий. Изучение климатических изменений привело ученых к выводу, что на протяжении последнего тысячелетия самое значительное похолодание произошло во второй половине XVI — начале XVII века. В различных уголках Европы, от Франции до России, земледельцы сталкивались с одними и теми же явлениями: сокращением продолжительности теплых летних сезонов, необычайными морозами и обильными снегопадами. Климатические перемены не были столь значительными, чтобы вызвать общее снижение сельскохозяйственного производства. Но некоторые области Европы на рубеже веков пережили аграрную катастрофу.
Ухудшение климатических условий совпало в ряде случаев с нарушением погодных циклов. На каждое десятилетие приходились обычно два-три неблагоприятных в климатическом отношении лета. Как правило, плохие годы чередовались с хорошими, и крестьяне компенсировали потери из следующего урожая. Но когда бедствия губили урожай на протяжении двух лет подряд, мелкое крестьянское производство терпело крушение.
В начале XVII века сельское хозяйство России испытало последствия общего похолодания в Европе и нарушения погодного цикла. Длительные дожди помешали созреванию хлебов во время холодного лета 1601 года. Ранние морозы довершили беду. Крестьяне использовали незрелые, «зяблые», семена, чтобы засеять озимь. В итоге на озимых полях хлеб либо вовсе не пророс, либо дал плохие всходы. Посевы, на которые земледельцы возлагали все свои надежды, были погублены морозами в 1602 году. В 1603 году крестьянам нечем было засевать поля. Наступил страшный голод.
По обыкновению, цены поднимались к весне. Нечего удивляться, что уже весною 1601 года «хлеб был дорог». Через год рожь стали продавать в 6 раз дороже. Затем эта цена возросла еще втрое. Не только малоимущие, но и средние слои населения не могли покупать такой хлеб.
Исчерпав запасы продовольствия, голодающие принялись за кошек и собак, а затем стали есть траву, липовую кору. Голодная смерть косила население по всей стране. Трупы валялись по дорогам. В городах их едва успевали вывозить в поле, где закапывали в большие ямы. Только в Москве власти за время голода погребли в трех больших «скудельницах» (на братских кладбищах) сто двадцать тысяч мертвых. Эту цифру приводят в своих записках и иноземцы (Я. Маржарет) и русские (А. Палицын).
Правительство Бориса Годунова не жалело средств на борьбу с голодом. В Москве голодающим были розданы огромные суммы денег. Но деньги теряли цену день ото дня. На казенную копейку не могла более прокормиться не только семья, но даже один человек. По всему государству были разосланы чиновники для выявления хлебных запасов. Годунов приказал продавать народу зерно по умеренным ценам. Но запасы в царских житницах истощились довольно быстро. Немало хлеба, проданного по твердым ценам, попало в руки хлебных скупщиков. Чтобы пресечь хлебную спекуляцию, царь велел казнить нескольких столичных пекарей, мошенничавших на выпечке хлеба. Но это не привело к желаемой цели.
Меры правительства, может быть, и имели бы успех при кратковременном голоде. Повторный неурожай свел на нет все усилия.
Городское население было малочисленным. Но государственных запасов не хватило даже для горожан. Благотворительность не распространялась на деревню. Крестьянское население было предоставлено своей судьбе. Многие годы закрепощенные крестьяне жили надеждами на «государевы выходные лета». Своим указом о сыске беглых Борис нанес смертельный удар их надеждам. Но три года спустя он выказал гибкость, отступив от принятого курса. 28 ноября 1601 года страна узнала о восстановлении сроком на год крестьянского выхода в Юрьев день.
Не следует думать, что голод сам по себе мог привести к столь крутому социальному повороту. К осени 1601 года последствия первого неурожая не обнаружили себя в полной мере. Население еще не исчерпало старых запасов. Трехлетний голод был впереди, и никто не мог предвидеть его масштабов. Годунов боялся не голода, а социальных потрясений, давно предсказанных трезвыми наблюдателями. Каким бы ничтожным ни был царь Федор, народ верил ему. Администрация всех рангов сверху донизу правила его именем. Все ее распоряжения исходили от законного государя. Борис же не был прирожденным царем. Восстановив Юрьев день, Борис пытался одним ударом завоевать привязанность сельского населения. Его указ понятными словами объяснял крестьянам, сколь милостив к ним «великий государь», который пожаловал их и «во всем своем государстве от налога и от продажи велел крестьянам давати выход».
Боясь вызвать гнев знати, Борис сопроводил закон о восстановлении Юрьева дня множеством оговорок. Действие закона не распространялось на владения бояр, столичных дворян, князей церкви. Жившие на этих землях крестьяне оставались крепостными. Право выхода получили лишь жители мелких провинциальных имений. Речь шла не столько о выходе крестьян, сколько о свозе их уездными дворянами. Можно было ожидать, что с восстановлением Юрьева дня крестьяне хлынут на земли привилегированных землевладельцев, имевших возможность предоставлять новоприходцам большие ссуды и льготы. Правительство отвело эту угрозу, запретив богатым землевладельцам звать к себе крестьян. Что касается провинциальных дворян, то они получили право вывозить разом не более одного-двух крестьян из одного поместья. Такое распоряжение заключало в себе определенный экономический смысл.