В марте 1613 года Федор Шереметев выехал в Ярославль, но в пути узнал, что Марфа Романова с сыном и двумя племянниками — Борисом и Михаилом Салтыковыми находится на богомолье в Ипатьевском монастыре под Костромой.

14 марта 1613 года представители Земского собора виделись с Михаилом в монастыре и нарекли его на государство. Сопровождавшие бояр архиепископ Феодорит, Авраамий Палицын и другие духовные лица передали Романову царский посох.

Прошло полтора месяца, прежде чем нареченный царь прибыл в столицу. Не только распутица задержала его в пути. Крайнюю тревогу в Костроме вызывали казанские вести. Утрата Новгорода и Смоленска подняла значение Казани как крупнейшего города после Москвы. Весной 1613 года казанцы собрали рать и послали ее по приказу земских властей в столицу. Весть о царском избрании застигла казанских воевод в Арзамасе. Посланцы Земского собора хотели, чтобы ратники немедленно принесли присягу Михаилу, но предводитель казанцев дьяк Шульгин воспротивился присяге. Дьяк управлял Казанью с того времени, как народ по его указке убил Богдана Бельского, а Морозов ушел под Москву. Шульгин заявил: «Без казанского совета креста целовати не хочу». С ближайшими «советчиками» дьяк решил спешно вернуться в Казань. Выступление Казанского государства грозило поколебать позиции Романова. Поэтому власти постарались перехватить Шульгина в пути. Они снарядили погоню и арестовали дьяка в Свияжске. Позже его уморили в сибирской ссылке.

Пока царский поезд медленно продвигался к Москве, в окружении Марфы Романовой сформировался новый правительственный круг. Ранее других в него вошли Борис и Михаил Михайловичи Салтыковы, родня матери Михаила Романова. По семейной близости они жили все вместе в Ипатьевском монастыре. Будучи озабочены вопросом о средствах к содержанию царской семьи и двора в разоренной Москве, родня Михаила образовала в царской ставке Приказ Большого дворца и поручила Борису Салтыкову управлять им. Михаил Салтыков стал кравчим. Близкий к Романовым Константин Михалков получил чин постельничего. Новые Сановники проявили редкое нетерпение. По их наущению Михаил через три дня после наречения в Костроме потребовал, чтобы Трубецкой и бояре немедленно выслали ему «государеву печать». Бывшие члены Семибоярщины воспрянули духом. Боярин Федор Шереметев не отходил от «самодержца» ни на шаг. Сразу вслед за Шереметевым в царскую ставку поспешил его шурин князь Иван Черкасский, двоюродный брат Михаила. Шереметев, Черкасский и Салтыковы постарались возможно скорее подорвать влияние земского правителя Трубецкого. Не к нему, а к Мстиславскому адресовали они царские грамоты в Москву. Составляя очередную грамоту, писец Земского собора по привычке писал было: «…мы, холопи твои, Дмитрий Трубецкой да Дмитрий Пожарский», но тут же спохватился и вычеркнул имена земских вождей. После 10 апреля 1613 года все отписки из Москвы шли уже от имени «холопей Федора Мстиславского с товарищами». Боярская дума окончательно вступила в свои права.

Старица Марфа натерпелась голода в осаде и, прежде чем вернуться в Кремль, много раз запрашивала бояр, есть ли к цареву приезду во дворце запасы и откуда надеются их получать. Из Москвы отвечали, что ныне в государевых житницах запасов много. Такой ответ не мог обнадежить семью Михаила. Приказные составили роспись запасам. Оказалось, что хлеба и продовольствия в кормовых приказах так мало, что их не хватит даже на государев приезд, а денег «ни в котором приказе в сборе нет».

Как женщину практичную, Марфу беспокоил вопрос, найдет ли она приличное ее сану жилище в разоренном Кремле. На первых порах Марфа думала поселиться в деревянных хоромах вдовы Шуйского, а сыну прочила Золотую палату царицы Ирины Годуновой с сенями. Но бояре известили ее, что они приказали готовить для Михаила комнаты царя Ивана и Грановитую палату, а для Марфы — хоромы в женском Вознесенском монастыре, где жила прежде вдова Грозного Марфа Нагая. Те постройки, которые приглянулись матери Михаила, оказались разорены дотла. Палаты и хоромы в них все были без кровли. Лавок, дверей и окошек в них давно не было. Делать все пришлось бы заново, а деньги в казне отсутствовали, и плотников в столице было мало, и леса пригодного скоро было не добыть.

С того времени как Михаил начал осознавать мир, в его душу глубоко запал страх перед бунтующим народом. Два года осады внушили ему ненависть к «воровским» воеводам и казакам из земского ополчения. Знать, собравшаяся в царской ставке, старательно поддерживала его предубеждение.

Атаманы и казаки, прибывшие из Москвы в Кострому, чувствовали там себя неуютно. Когда Михаил на пути в Москву сделал остановку в Троице-Сергиевом монастыре, многие казаки уже разъехались из его ставки. В Троице государя встречала чуть не вся столичная знать, множество дворян и другие чины. Выступая перед ними, Михаил с гневом и слезами обличал казачьи грабежи. Романов говорил с чужого голоса. Его выступление инспирировали бывшие члены боярского правительства.

Мстиславский с товарищами ждал первого подходящего случая, чтобы удалить из столицы возможно большее число казаков и заменить их послушными стрельцами. В марте 1613 года 2300 казаков перешли из Москвы в Калугу. Несколько казачьих сотен тогда же выступили в Псков.

Накануне прибытия царского поезда в столицу «холопы Митька Трубецкой и Митька Пожарский» запросили государя, в какой день и в каком месте прикажет он им и всем ратным людям ополчения встречать его и видеть его царские очи. Михаил прислал ответ не им, а всей Боярской думе. Соперничество между старшими боярами и земским правительством играло на руку новому «самодержцу». Оно мешало собору предпринять какие бы то ни было шаги к ограничению его власти.

14 апреля 1613 года собор постановил составить утвержденную грамоту об избрании Михаила. За образец дьяки взяли годуновскую грамоту. Нимало не заботясь об истине, они списывали ее целыми страницами, вкладывая в уста Михаила слова Бориса к собору, заставляя инокиню Марфу Романову повторять речи инокини Александры Годуновой. Сцену народного избрания Бориса на Новодевичьем поле они воспроизвели целиком, перенеся ее под стены Ипатьевского монастыря. Обосновывая права Романовых на трон, дьяки утверждали, будто царь Федор перед кончиной завещал корону братаничу Федору Романову. Старая ложь возведена была теперь в ранг официальной доктрины.

На изготовление грамоты ушло несколько недель. Подписание ее заняло значительно больше времени. В отличие от Годунова Михаил не позаботился о том, чтобы собрать подписи у всех членов собора поголовно. Выборные из городов выделяли из своей среды грамотея — дворянина либо посадского человека, реже стрельца, и тот подписывал разом за всех представителей своего города и уезда. Советники царя не пригласили подписывать грамоту ни выборного человека от всего Московского государства Козьму Минина, ни столичных гостей и посадских старост, ни атаманов и казаков из состава ополчения.

На коронации Михаила земские бояре тщетно пытались добиться признания их старшинства. Правитель Трубецкой пробовал местничать с самим Иваном Романовым, но его быстро одернули. Царь оказал честь дяде Ивану Романову, велел ему держать перед собой шапку Мономаха. Трубецкому пришлось довольствоваться более скромной ролью. Он нес скипетр. Пожарский также участвовал в церемонии коронации. Ему поручили держать золотое яблоко. Князь Мстиславский вновь оказался героем дня. Как самый знатный из бояр, он осыпал молодого царя золотыми монетами.

При всей вялости ума Михаил Романов понимал, что ему не видать было бы короны, если бы войско Пожарского не очистило Москву от вражеских отрядов. Члены собора и народ требовали признания заслуг выборного земского воеводы. Идя навстречу общему настроению, царь в самый день коронации объявил о пожаловании стольнику Пожарскому боярства. Но прежде стольника тот же чин получил князь Иван Борисович Черкасский. Порядок пожалования был глубоко символичен. Князь Пожарский возглавлял мартовское восстание в Москве, князь Черкасский помогал интервентам подавлять его. Позже Черкасский сражался с передовыми отрядами ополчения, но был взят в плен.