Постановление насчет возможного избрания шведского королевича основательно подорвало репутацию Ляпунова и навлекло на него негодование казаков и московского черного люда. Страна не успела избавиться от одного иноверца, как ей навязывали другого. В ополчении начался разброд. Люди, много лет служившие под знаменами самозванцев, теперь не прочь были противопоставить шведскому еретику православного «царевича», находившегося под рукой в Коломне. Заруцкий исподтишка поддерживал их. Его не покидала надежда на то, что трон в конце концов достанется калужскому царенку. Любовник Марины вполне мог рассчитывать на пост правителя при ее малолетнем сыне. Некогда удалой казак Ивашка Заруцкий женился на «девке», которая была ему ровней во всех отношениях… Получив боярский чин, атаман стал подумывать о том, чтобы приискать себе знатную супругу. При первом же удобном случае Заруцкий порвал с опостылевшей женой и затворил ее в монастырь. Своего сына он тут же пристроил ко двору Марины Мнишек в Коломне. Недоброжелатели атамана пустили слух, будто он хочет жениться на Мнишек и вместе с нею занять трон.

Бояре и патриарх внимательно следили за всем, что происходило в недрах ополчения. Едва опальный Гермоген проведал об агитации Заруцкого в пользу «воренка», он немедленно разразился обличением. В грамоте к нижегородцам патриарх заклинал паству не желать на царство «проклятого паньина Маринкина сына» и отвергнуть его, если казаки выберут его на царство «своим произволом».

Ляпунов первым осознал необходимость объединения всех патриотических сил. Но ему не удалось преодолеть недоверие казаков, и он не сумел сплотить дворянский лагерь. Земская знать, не скрывая, выражала недовольство по поводу власти, доставшейся неродовитому думному дворянину. Как писал позже столичный летописец: «Ляпунов не по своей мере вознесся и гордость взял, много отцовским детям позору и бесчестья делал, не только боярским детям, но и самим боярам». Человек гордый и крутой, Ляпунов в самом деле не выказывал почтения к знати. Те, кто приходил к нему на прием, простаивали подле крыльца по многу часов, ожидая своей очереди.

Многие пункты конституции 30 июня решительно не удовлетворили родовитых дворян. Не желая мириться со своим поражением на Земском соборе, они составили заговор с целью свержения Ляпунова. Осведомленные современники говорили об этом с полной категоричностью. Князь Дмитрий Пожарский писал, что Ляпунов был убит «по Иванову заводу Шереметева». По некоторым известиям, в сговоре с Шереметевым были тушинец Григорий Шаховской, Иван Засекин и Иван Плещееву Этих людей хорошо знали в казачьих таборах. К их голосу прислушивались. Заговорщики использовали свое влияние, чтобы расправиться с Ляпуновым чужими руками.

С первых дней осады Москвы земское правительство сталкивалось с большими трудностями, пытаясь наладить снабжение армии продовольствием. Подмосковье было разорено дотла, и найти провиант оказалось делом хлопотным. Каждый воевода обеспечивал свой отряд как мог. Ляпунов посылал дворян на воеводство в города и местечки. Заруцкий ставил казаков для прокорма («на приставства») в черные и дворцовые волости. Совет земли поручил триумвирам организовать регулярный сбор кормов. Казачьи атаманы получили приказ свести своих людей с кормлений. Сбор провианта в волостях возлагался на «добрых дворян».

Богатые дворяне получали продовольствие из своих поместий. Бедные служилые люди потуже затягивали пояса, когда происходила заминка с подвозом хлеба. Казаки оказались в наихудшем положении после того, как власти запретили им самостоятельно заготовлять корм. В Подмосковье появились «разбои». Течение, увлекая мощный водяной поток, поднимает со дна ил. Нечто подобное наблюдалось и в земском движении. Неустойчивые элементы, примкнувшие к восстанию, перерождались на глазах. Они начинали с заготовок. А потом, войдя во вкус, часто грабили население. В деревнях зажиточных крестьян подвергали пыткам. «Разбои» наносили огромный ущерб земскому ополчению. Шедшие из провинции обозы не доходили до места назначения. Шайки разбойников захватывали их в пути.

Воеводы пытались жестокими мерами пресечь грабежи. Тушинский боярин Матвей Плещеев, расположившийся с отрядом в Николо-Угрешском монастыре, приказал утопить 28 казаков, пойманных с поличным. Кто-то успел дать знать атаманам, и те отбили осужденных на казнь. Казаки собрали круг и опротестовали действия Плещеева. По их инициативе Земский собор строго-настрого запретил воеводам казнить кого бы то ни было без приговора всей земли.

Ляпунов неоднократно призывал в Разрядную избу Заруцкого и Просовецкого и совещался с ними, как бы прекратить самочинные реквизиции. Атаманы много раз собирали войсковой круг и наконец заручились приговором насчет прекращения грабежей и самовольных поездок в села. Земское руководство без труда навело бы порядок в полках, если бы ему удалось наладить правильное снабжение. Но эта задача так и не была решена. В отчаянии Ляпунов грозил местным властям, что отступится «от земского промысла», если не прекратится общая неразбериха. Но его слова мало на кого действовали. Вскоре земские воеводы официально известили провинцию о том, что служилые люди, стрельцы и казаки непрестанно бьют им челом о денежном жалованье и корме, «а дать им нечего». К июлю положение дел приобрело столь дурной оборот, что глава Троице-Сергиева монастыря по просьбе воевод обратился к городам с отчаянным призывом. Помогите ополчению людьми и казной, писали монахи, чтобы ныне собранное под Москвой православное воинство «скудности ради не разошлося».

Нехватка продовольствия и нужда усилили брожение в таборах. Ляпунов энергично преследовал самочинные реквизиции, но снабжение армии не улучшалось. Трудностями ополчения решили воспользоваться враги Ляпунова.

Однажды в земский лагерь было привезено письмо, составленное от имени Ляпунова. Письмо предписывало городским властям ради пресечения разбоя хватать повсюду казаков-воров и побивать их на месте либо присылать под Москву. Когда содержание грамоты предали гласности, в таборах поднялась буря. Казаки спешно собрали круг и потребовали думного дворянина к ответу. В шатер воеводы явился атаман Сергей Карамышев. Ляпунов, не чувствуя за собой вины, отклонил приглашение казачьего войска. Тогда круг направил в ставку двух детей боярских — Сильверста Толстого и Юрия Потемкина. Те поручились, что войско не причинит воеводе никакого вреда. Поверив им, Ляпунов отправился к казакам и принялся кричать на них. «Изменнику» предъявили грамоту, скрепленную его собственной рукой. Внимательно осмотрев подпись, воевода не слишком уверенно промолвил: «Походит на мою руку, только я не писывал». Его слова потонули в общем шуме. Казаки обнажили оружие и требовали покончить с «изменником». Среди общего смятения атаман Карамышев бросился на Ляпунова и полоснул его саблей. Тот упал на землю, обливаясь кровью. Стоявшие подле дворяне подались прочь. Один Иван Ржевский проявил присутствие духа. Он был великим недругом правителю, но его возмутил самосуд. Ржевский закричал, что земского воеводу убивают без причины — «за посмех». Под горячую руку казаки зарубили и Ржевского, после чего бросились в ставку Ляпунова и разнесли в щепы Разрядную избу.

Три дня изрубленные трупы Ляпунова и Ржевского валялись в поле подле острожка. Тучи мух вились над ними. По ночам их терзали бездомные псы, стаями бродившие по пожарищу. На четвертый день тела бросили в телегу и отвезли в ближайшую церковь на Воронцовском поле. Оттуда убитых переправили в Троице-Сергиев монастырь и там предали земле без всяких почестей. Краткая надпись на их каменном надгробии гласила: «Прокофей Ляпунов да Иван Ржевский, убиты 7119 году июля в 22 день».

Известие об убийстве Ляпунова произвело тягостное впечатление на страну. Многие высказывали мысль, что воеводу погубили «начальники» ополчения, составившие заговор с казаками и подделавшие злополучную ляпуновскую грамоту. Одни называли в качестве главы заговора Ивана Шереметева, другие — Заруцкого. Очевидцы гибели Ляпунова были введены в заблуждение.