Планирующим органом являлся сначала междуведомственный Центральный комитет по перевозкам при Наркомпути. Разрабатываемые им государственные планы перевозок и регулирования перевозочных средств утверждались Советом Обороны. С октября 1919 г. всю работу транспорта стал направлять Высший совет по железнодорожным перевозкам, созданный по инициативе В. И. Ленина при Совнаркоме (постановление СНК от 7 октября 1919 г.)⁸⁷³. Если прежде планированием был охвачен небольшой процент всех перевозок, то в ходе войны потребовалось перейти к учету более широкой номенклатуры грузов, что и было осуществлено с созданием Высшего совета по перевозкам. С момента организации этого планирующего органа на него было возложено общее руководство, направление транспортной политики и разрешение государственно важных вопросов на железных дорогах страны. Совет должен был: устанавливать потребности в перевозках; определять род и количество грузов, подлежащих перевозке, и последовательность их транспортировки; наблюдать через соответствующие органы за выполнением установленных перевозок. При составлении планов перевозок Высший совет принимал во внимание провозную способность железнодорожных линий, а также обеспеченность дорог топливом. Он наметил ряд мер для сокращения простоев вагонов и способствовал разработке единого плана перевозок.

Планы железнодорожных перевозок составлялись на каждый месяц. В них содержались показатели необходимого количества вагонов для каждой категории грузов — военных, продовольственных, топливных и других. Составлялся общий план перевозок и для оперативных грузов, в него вносились в течение месяца коррективы, отражающие изменения оперативных заданий. Задания на воинские перевозки передавались на места, в них указывалось число пар поездов, предоставляемых военному ведомству, и все перевозки, выходящие за рамки этих установленных норм, должны были согласовываться с центром и утверждаться Высшим советом по перевозкам.

Единый план перевозок предусматривал не только регулирование из Центра движения на отдельных дорогах (к этому времени принцип единоначалия и централизации управления транспортом уже укрепился), но и на отдельных участках железных дорог. Устанавливалось две категории грузов: грузы экстренные, перевозка которых возникала неожиданно и не могла быть предусмотрена в плане или срочность перевозки их предопределялась особо важными общегосударственными соображениями; грузы плановые.

В период, когда Советская власть была восстановлена на территории Украины, Кавказа, в Сибири, Казахстане, где еще не был создан аппарат заготовительно-распределительных баз, а служба связи еще не была налажена, этим районам предоставлялась некоторая автономия в составлении плана перевозок. Планированием перевозок на дорогах указанных районов занимались созданные там Окружные комитеты по перевозкам. Но плановое регулирование Центра заключалось в строгом установлении: числа отправления пар поездов оперативных перевозок; суточных норм грузов, поступающих из этих районов в Центр, определения общей провозной способности сети этих районов, так как паровозы откомандировывались туда из Центра.

Такой порядок планирования был распространен в 1920 г. на дороги Туркестана и Урала. Автономность дорог Туркестана предопределялась их отдаленностью и невозможностью составления плана на каждый месяц в Центре. На Урале такой порядок планирования диктовался особенностями его внутрирайонного грузооборота, где преобладали перевозки горно-металлургических грузов, а также значительным развитием смешанных железнодорожно-водных сообщений. Поэтому для дорог Урала устанавливались только суточные нормы отправления поездов по двум выходным линиям с Урала в Центр.

В государственных планах перевозок содержались задания по нормам погрузки различных категорий грузов и определялась очередность их перевозки. Так, например, декабрьский план 1919 г. предусматривал внеочередную перевозку топлива для оружейных и патронных заводов. Февральский и мартовский планы 1920 г. обеспечивали экстренную перевозку крепежного леса, оборудования и продовольствия для восстановления Донбасса. По мере освобождения нефтяных районов в планах перевозок значительное место отводилось нефтяным грузам и т.д.

Плановая организация транспорта позволила устранить значительное число нерациональных перевозок грузов. Так, переход к системе планирования позволил исключить встречные потоки военных и хозяйственных грузов в районе Центра, Волго-Вятки, Вологды, в Центрально-Черноземном районе, вызванные неправильным размещением баз военно-хозяйственного снабжения или ведомственной принадлежностью топлива, продовольствия, приводившей к нарушению рационального использования транспорта. Система единого планирования позволила резко сократить встречные перевозки и при наличии тех же транспортных возможностей перевозить большее количество грузов, более полно обеспечивать нужды обороны и промышленных центров.

Таким образом, с конца 1919 г. — начала 1920 г. руководство работой железных дорог осуществлялось на основании общехозяйственного плана перевозок, составляемого с учетом потребностей заинтересованных ведомств и реальных возможностей Наркомата путей сообщения. Укрепление планирования явилось одной из важнейших причин улучшения эксплуатационных показателей железных дорог.

Железнодорожный транспорт играл основную роль в транспортной системе России, и эта роль сохранилась за ним в годы гражданской войны и иностранной интервенции. Поэтому основные мероприятия по организации планирования были проведены именно в этой отрасли транспорта, явившейся первой отраслью экономики Советского государства, где планирование начало применяться в общегосударственном масштабе.

Условия работы речного флота затрудняли внедрение плановых начал на этом виде транспорта, хотя и здесь уже в 1918—1920 гг. были предприняты попытки внести в грузовой поток элемент плановости. Мешала планированию работы речного флота обстановка боевых действий, в результате которых целые речные системы временно находились в руках интервентов.

Вместе с тем уже в те годы обращалось серьезное внимание на такой резерв увеличения перевозок, как их правильное, целесообразное распределение между железнодорожным и водным видами транспорта. Для обеспечения координации работы железных дорог и речных магистралей Совет Народных Комиссаров декретом от 28 апреля 1918 г. учредил Междуведомственную комиссию по смешанным железнодорожно-водным перевозкам⁸⁷⁴. На нее возлагалось рассмотрение и утверждение планов смешанных железнодорожно-водных перевозок, выработка мер улучшения перевалочных способностей пристаней и усиления перегрузочных операций; обсуждение и утверждение мероприятий по устройству пристанских путей, оборудование складских помещений, перегрузочных и иных приспособлений. Для определения наилучших способов доставки грузов к местам потребления и войск к местам военных действий проводились технико-экономические расчеты вариантов перевозок. Для возможно более полного учета возникающих перевозок ВСНХ провел анкету среди промышленных главков и центров о намечаемых программах перевозок сырья, топлива и готовых изделий.

В целях более полного использования речного транспорта и улучшения координации его деятельности с работой железных дорог в навигацию 1919 г. было проведено Междуведомственное совещание. Оно наметило объемы перевалок грузов с «воды на колеса», план организации и оборудования перевалочных пунктов, а также сооружения в наиболее короткие сроки (в связи с требованиями военного времени) ширококолейных подъездных путей к крупным пристаням и портам Волжско-Камского бассейна.

Одним из проявлений преимуществ плановой экономики в годы гражданской войны было широкое маневрирование перевозочными средствами всех видов транспорта. Организация военно-хозяйственных перевозок требовала более полного использования возможностей каждого вида транспорта и, в условиях постоянно меняющихся границ, неоднократной перегруппировки подвижного состава, главным образом паровозов. В зависимости от конкретных задач, вновь возникающих требований и условий, государство осуществляло маневрирование паровозами, вагонами, автомобилями, гужевыми средствами, строительными материалами, топливными ресурсами, концентрируя их там, где возникала неотложная потребность. Это было особенно важно при недостатке материально-технических средств. Советское государство планомерно использовало паровозный и вагонный парк, распределяя его по железным дорогам и перераспределяя по важнейшим районам в соответствии с задачами обороны страны и неотложными нуждами народного хозяйства. Так, в связи с усилением воинских перевозок в районе Южного фронта было проведено перемещение значительной части парка паровозов на Юго-Западную дорогу. В начале 1918 г. в целях укрепления паровозного парка соответствующих участков сети было переброшено 35 паровозов, а в начале 1919 г. уже 150 паровозов в месяц. После освобождения Урала туда были направлены паровозы и вагоны с железных дорог Поволжья и из центральных районов республики. Так, на Волго-Бугульминскую дорогу для ускорения перевозок хлеба было послано 17 паровозов и 1000 порожних вагонов с Казанской и центральных железных дорог. После освобождения Красной Армией районов Украины для продвижения воинских и продовольственных маршрутных поездов потребовалась срочная переброска туда из восточных районов около 200 паровозов. Необходимость этого маневра так разъяснялась в телеграмме за подписью Ленина Реввоенсовету Восточного фронта и комиссарам железных дорог востока: «Дороги Республики страдают от величайшего недостатка паровозов и вагонов. Положение еще ухудшается тем, что вновь занимаемые Красной Армией железные дороги Украины совершенно не имеют подвижного состава. Задерживаются важнейшие топливные, продовольственные, оперативные перевозки». Совет Обороны требовал скорейшей переброски паровозов на Украину, так как это было необходимо для окончания войны⁸⁷⁵. По данным Наркомпути, на середину апреля 1920 г. из Сибири было отправлено на запад 124 паровоза. В связи с усилением воинских перевозок в юго-западных районах весной 1920 г. на южные железные дороги было переброшено 60 паровозов с Рязано-Уральской и Юго-Восточной железных дорог. Подкрепление паровозного парка южных дорог продолжалось до конца войны. С осени 1920 г. начались работы по усилению подвижного состава железных дорог восточных районов. Высший совет по перевозкам с 8 октября 1920 г. представлял еженедельные доклады правительству о возвращении паровозов в Сибирь⁸⁷⁶.