Ухудшилось снабжение транспорта топливом. Если в 1913 г. железные дороги получили от народного хозяйства 565 млн. пуд. каменного угля, то в 1920 г. — 160 млн. пуд.; поставки транспорту нефти сократились со 110 млн. пуд. в 1913 г. до 20 млн. пуд. в 1920 г. Сокращение поставок минерального топлива увеличило потребление дров железными дорогами и речным флотом. Почти все железнодорожное сообщение было переведено на дровяное отопление⁸⁶⁶.

Топливный голод явился одной из главных причин недоиспользования транспортных средств в период 1918—1920 гг. Крайне суровые зимы тех лет, снежные заносы, необеспеченность топливом вызывали частые остановки паровозов и составов. Зимой 1920 г. из-за недостатка топлива приходилось отменять срочные продовольственные маршруты и закрывать движение поездов на протяжении 4,5 тыс. верст⁸⁶⁷.

Война нарушила нормальное снабжение транспорта материалами и металлом. Даже сократившиеся потребности железных дорог в сортовых металлах, сплавах, трубах, пломбах и т.п. удовлетворялись в самой незначительной степени.

В очень тяжелом состоянии находилось шпальное хозяйство железных дорог: уменьшилась общая смена и ухудшилось качество шпал, укладываемых на путях. Тяжелым было состояние рельсового хозяйства. В годы гражданской войны изношенные рельсы практически не сменялись, так как сократилось их производство.

В условиях, при которых материально-техническая база транспорта была разрушена, а новое производство было фактически прекращено из-за общехозяйственной разрухи, недоставало исправных паровозов и вагонов, на транспорте царил топливный голод, усиливалась подрывная деятельность врагов и саботаж антисоветских элементов — наладить работу транспорта и обеспечить перевозки для фронта и народного хозяйства возможно было только при проведении соответствующих организационных мероприятий Советского государства. Партия и правительство при непосредственном участии и руководстве В. И. Ленина разработали и осуществили целую систему экономических и организационных мероприятий, которые должны были улучшить управление железными дорогами, обеспечить железные дороги топливом, кадрами, способствовать развертыванию ремонтных и восстановительных работ на транспорте и т.д.

Советское правительство ввело на транспорте военное положение. В сентябре 1918 г. была проведена мобилизация речного флота, а в ноябре этого же года решением правительства было введено военное положение на железных дорогах страны. Все работники железнодорожных и водных путей считались мобилизованными на военную службу. На железные дороги назначались военные комиссары (декрет СНК от 28 ноября 1918 г.). Они, согласно постановлению Совета Обороны от 11 декабря этого же года, облекались чрезвычайными полномочиями.

Транспорт ограждался от вмешательства других ведомств и организаций, чтобы пресечь задержки в пути военно-хозяйственных грузов и обеспечить их беспрепятственное продвижение. В приказе Совета Обороны от 26 апреля 1919 г. указывалось, что вмешательство в распоряжения Народного комиссариата путей сообщения и в установленные планы движения, а равно захваты подвижного состава кем бы то ни было будут рассматриваться как контрреволюционные действия⁸⁶⁸.

В директивах партии и Совета Обороны неоднократно подчеркивалась необходимость поддержания строжайшего порядка на железнодорожном транспорте. Советская власть вела решительную борьбу против вражеских элементов, которые стремились любыми средствами (саботаж, взрыв мостов, порча железнодорожных путей, паровозов, технических сооружений и т.д.) дезорганизовать работу транспорта. Лица, виновные в нарушении порядка на транспорте, наказывались, диверсанты расстреливались. Для укрепления дисциплины, для борьбы со спекуляцией и саботажем по решению Совета Обороны был организован при ВЧК Транспортный отдел. Окрестное население привлекалось к охране железных дорог, мостов, подвижного состава и т.д.

В. И. Ленин придавал огромное значение укреплению дисциплины на транспорте. «Красную Армию, — говорил он на конференции железнодорожников Московского узла 5 февраля 1920 г., — мы вели к победе не только агитацией, но и строгой железной дисциплиной. То, что было устроено в Красной Армии, необходимо создать на всех фронтах труда. Весь опыт создания Красной Армии надо перенести в среду железнодорожной армии трудящихся, чтобы ее поставить на ту же высоту, на какую поднялась Красная Армия. Без жертв, без железной дисциплины, без использования специалистов не победила бы Красная Армия, не победит и железнодорожная армия»⁸⁶⁹.

Для обеспечения бесперебойной деятельности железных дорог и повышения ответственности за их работу на транспорте создавались политотделы, вводились военно-революционные трибуналы. Необходимость введения военно-революционных трибуналов и политотделов объяснялась особенно трудными условиями борьбы за трудовую дисциплину среди железнодорожников.

Органы политического управления были введены в апреле 1920 г. и на водном транспорте, что обусловливалось необходимостью быстрейшего восстановления речного флота, поднятия производительности труда речников⁸⁷⁰.

Партия провела огромную работу по укреплению дисциплины транспортных рабочих и повышению производительности их труда. Система мер воздействия включала как поощрительные меры, так и меры принуждения: оплата осуществлялась с учетом фактически проработанных дней; прогульщики должны были отработать пропущенные часы и дни; за прогулы удерживался паек, понижались ставки, осуществлялся перевод на другую работу. В числе поощрительных мероприятий предусматривалась выдача денежных и натуральных премий как за превышение выработки, так и аккуратную явку на работу. Согласно отчету Главполитпути, количество прогулов на железных дорогах за первое полугодие 1920 г. значительно снизилось. К середине года они составляли от 2 до 13%, тогда как в январе 1920 г. достигали 40—60%.

Одной из мер, способствующих улучшению работы транспорта, было постепенное усиление централизации управления наряду с укреплением принципа единоначалия. Проведение их в жизнь позволяло лучше использовать технические средства транспорта. В «Проекте директивы ЦК о военном единстве» Ленин писал, что строжайшая централизация всех сил и ресурсов республики, в частности железнодорожного транспорта, является важнейшим материальным фактором войны. Он считал «безусловно необходимым на все время социалистической оборонительной войны объединение железнодорожного транспорта и управления железнодорожной сетью на всем пространстве братских социалистических республик под руководством и управлением Народного комиссариата путей сообщения РСФСР»⁸⁷¹. Отдельные органы братских республик должны были подчиняться центральным органам.

Особое внимание уделялось улучшению управления транспортом, привлечению рабочих и их организаций (прежде всего профессиональных союзов) к активному участию в управлении железными дорогами. Ленин советовал также лучше использовать железнодорожных специалистов, предоставлять им широкую техническую инициативу и соответствующие условия для работы. Эти положения Ленина были сформулированы в проекте постановления СНК от 2 декабря 1919 г. «Об улучшении управления железнодорожным транспортом», где НКПС обязывался «разработать подробный декрет (или инструкцию) касательно участия рабочих и рабочих организаций, особенно профессиональных союзов, в управлении железными дорогами, обучения рабочих управлению и т.п.»⁸⁷².

В государстве, где основные средства производства, в том числе и все железные дороги, стали собственностью народа, возникла возможность заранее учитывать потребность всех ведомств в перемещении продукции, наличие транспортных средств и организовать плановое руководство работой транспорта в масштабе всей страны. Общий план перевозок позволял рациональнее использовать все транспортные линии и подвижные средства.