Преподаватель Николаевской Морской академии, известный военно-морской теоретик и историк Н.Л. Кладо в статье «К реформе военно-морских учебных заведений» выступил принципиальным противником дальнейшего приема в Морской кадетский корпус мальчиков в возрасте до 14 лет. Он полагал, что общеобразовательные классы, являющиеся по своей сути приготовительными для перехода в специальные гардемаринские учебные подразделения, в силу своей бесполезности должны быть расформированы. Общее среднее образование молодые люди с не меньшим успехом, по его мнению, могут завершить и вне стен специального морского учебного заведения. Высвобожденные от подобной реорганизации немалые финансовые средства, помещения и учебное оборудование позволили бы руководству корпуса почти вдвое увеличить подготовку и выпуск строевых офицеров для отечественного флота.

Наряду с этим мероприятием Н.Л. Кладо поставил под сомнение дальнейшую целесообразность существования в столице Морского кадетского корпуса, ибо замерзающая зимой на длительное время акватория Финского залива каждый учебный год вносит свои коррективы в дело подготовки офицерских кадров в Петербурге: весь корпус зимой учится на берегу и весь же – плавает только летом. По мнению авторитетного ученого, чтобы добиться хороших результатов в деле воспитания морских офицеров, необходимо сочетание теоретических занятий с регулярными практическими плаваниями на кораблях действующего современного флота. «В Петербурге это сделать невозможно. Поэтому остается одно, – резюмирует автор журнальной публикации, – расформировать Морской корпус в столице и перевести его в Севастополь, на берег незамерзающего Черного моря».

Назначенный весной 1905 года морским министром адмирал А.А. Бирилев после изучения многочисленных предложений и проектов по реформированию Морского кадетского корпуса даже был вынужден дополнительно учредить Специальную комиссию для пересмотра всех учебных программ по подготовке офицеров флота. Особое внимание членам комиссии предлагалось обратить на обязательное введение в учебный процесс практических предметов – морская тактика и стратегия.

Ознакомившись с работой Морского корпуса, комиссия отметила слабую подготовку воспитанников по таким важным предметам, как теория корабля и корабельная архитектура, корабельная артиллерия, минное дело, электротехника, беспроволочный телеграф, законоведение, морская администрация и морская гигиена.

Вопросы кораблевождения всегда традиционно хорошо преподавались воспитанникам корпуса. Однако, признавая это, комиссия все же рекомендовала администрации учебного заведения обратить внимание на необходимость более тщательного закрепления знаний этого предмета на практике.

По распоряжению Морского министра в учебном заведении в срочном порядке дополнительно оборудовали современные учебные кабинеты и лаборатории (электротехнический кабинет, химическая лаборатория, расширены и переоснащены физический и минный кабинеты). Впервые в корпусе введены обязательные практические занятия по радиотелеграфу, проекционному черчению и морской гигиене.

По рекомендации комиссии традиционный порядок проведения учебных занятий в специальных гардемаринских классах заменили так называемой «репетиционной системой». Новая система обучения, названная гардемаринами «репетициями», являлась достаточно прогрессивной и более эффективной. Теперь практические занятия и лекции у воспитанников специальных классов дополнялись обязательными «репетициями», предусматривавшими поэтапную сдачу преподавателям определенных разделов той или иной учебной дисциплины. Своеобразные зачеты («репетиции») проводились обычно после основных занятий, 2 раза в неделю (по вторникам и пятницам). При определенных трудностях в процессе подготовки к сдаче зачета по тому или иному разделу учебной программы гардемарин мог предварительно записаться на консультацию к преподавателю. Таким образом, новая система позволяла более детально, частями и постепенно осваивать и сдавать разделы любого учебного курса или предмета. Благодаря этому заключительный экзамен становился, по существу, подведением итогов предварительных курсовых зачетов, сданных к этому моменту преподавателям.

Комиссия рекомендовала руководству корпуса обратить более серьезное внимание на изучение математики – основы важнейших учебных курсов: мореходной астрономии, теории девиации компасов, теории артиллерийской стрельбы и целого ряда других практических специальных морских дисциплин.

Распоряжением адмирала А.А. Бирилева обновили практически весь преподавательский состав учебного заведения. В 1905 году в корпусе стали работать молодые способные преподаватели, такие как лейтенант А.Н. Щеглов – специалист по вопросам военно-морской истории, лейтенант А.И. Шейковский – бывший штурман крейсера «Новик», возглавивший курс тактической навигации. Лейтенант В.Я. Павлинов продолжил дело отца, много лет проработавшего в корпусе. Он возглавил курс теории девиации компасов. Подполковник А.П. Шершов стал во главе учебного курса корабельной архитектуры и теории корабля. Значительно улучшил преподавание вопросов морской тактики и стратегии молодой талантливый специалист лейтенант С.И. Бубнов. Он добился того, что изучение этих серьезных предметов в военно-морском учебном заведении теперь основывалось на детальном изучении боевых и технических средств потенциальных противников. Наряду с молодежью в корпусе продолжали работать и известные ученые, авторитеты с мировым именем: Ю.М. Шокальский, И.Б. Шпиндлер – авторы капитальных научных трудов и учебников по океанографии и метеорологии, полковники А.М. Бригер, В.М. Сухомель и многие другие.

Для обучения строевой подготовке и придания воспитанникам должной военной выправки в корпус специально пригласили виртуоза этого дела подполковника гвардии Алтухова. Он привел с собой несколько квартирмейстеров, окончивших Стрелковую школу. Гардемарины тех дней впоследствии с восторгом вспоминали, как Алтухов приказал своим подчиненным продемонстрировать воспитанникам ружейные приемы, маршировку и настоящую военную выправку. Всех поразило умение квартирмейстеров точно, в соответствии с уставом, носить форменную одежду, особенно фуражки, надетые на голову с точностью до миллиметра… «Да это просто цирк», – шептали друг другу гардемарины. Муштровка внедрялась с большим трудом, ибо воспитанники XX века считали своей флотской традицией ходить вразвалку – походкой «морских волков», носить фуражку не набок, а прямо и назад. Но авторитет и искусство лихого гвардейца Алтухова завораживали и покоряли юных моряков. Теперь на парадах и высочайших смотрах в Царском Селе сводный корпусной батальон маршировал только отлично и всегда возвращался с высочайшей благодарностью и ценными наградами.

Приказом морского министра в корпусе реорганизовали занятия по физической подготовке кадетов и гардемаринов. Теперь в учебном заведении преподавалась так называемая сокольская гимнастика, основу ее составляли элементы довольно оригинальных физических упражнений.