Первым директором Морской академии стал француз барон Сент-Иллер, приглашенный Петром I на русскую службу и представивший прекрасные рекомендации и аттестации от известных морских деятелей Франции. Согласно заключенному с ним контракту, Сент-Иллер получал довольно высокое жалованье, кормовые деньги и бесплатную квартиру. Высочайшим указом ему сразу же присвоили чин генерал-лейтенанта. Позже, в откровенном разговоре с генерал-адмиралом Ф.М. Апраксиным первый директор Морской академии поведал ему, что он «отечество свое, пожитки и чины принужден был оставить за дело, касающееся до чести» (вероятно, бежал от наказания за дуэль, которая во Франции тогда строго преследовалась).

Барон Сент-Иллер не оправдал возложенных на него надежд. Он оказался плохим организатором, в дела Морской академии не входил и ими практически не занимался. Директор постоянно со всеми конфликтовал и не только ссорился, но и дрался с преподавателями и воспитанниками. При вздорном характере и плохом знании дела он всегда обижался, когда ему на это указывали. Француз непрестанно жаловался графу Апраксину и императору на то, что его якобы «регулярно незаслуженно оскорбляют и притесняют, несмотря на его чин, завистливые и некомпетентные в морских делах люди», к коим он причислил даже светлейшего князя А. Д Меншикова – губернатора Санкт-Петербурга Прознав про это, Александр Данилович довольно откровенно высказал барону в приватной беседе свое мнение о его персоне и в заключение в довольно неделикатной форме заявил, что впредь будет учить французского барона не словами, а палкой, заставляя таким образом честно и добросовестно выполнять свои служебные обязанности.

Зная, что Морская академия является детищем царя Петра, Сент-Иллер при беседе с ним раскритиковал структуру и действующую программу учебного заведения и самоуверенно предложил императору свои услуги в осуществлении полной реконструкции и реорганизации академии при условии выплаты ему фантастической денежной суммы. Беспрецедентное поведение иноземца и его не имеющая границ наглость и бестактность вызвали искреннее недоумение и негодование генерал-адмирала Ф.М. Апраксина и естественное возмущение Петра I.

Кроме того, предприимчивый барон, вместо того чтобы заниматься делами академии, постоянно надоедал царю, направляя на высочайшее имя многочисленные «выгодные для России» авантюрные коммерческие прожекты. На одном из подобных его опу сов разгневанный царь предложил графу Апраксину: «Спросить француза, чтобы подлинно объявил» хочет ли он свое дело делать без хитростных выше описанных запросов.

И буде будет, чтобы делал, буде нет, то чтобы отдал взятое жалованье и убирался из сей земли».

Очередная ссора барона СентИллера с графом А.А. Матвеевым – государственным инспектором московского и петербургского военноморских учебных заведений, переполнила чашу терпения русского императора, который вынужден был принять решение о его увольнении с должности директора. Из Амстердама, где в феврале 1717 года находился Петр I, в Санкт-Петербург на имя графа Ф.М. Апраксина пришел высочайший указ: «Академиею ведать Матвееву, а барона С. Гилера, для его прихотей, отпустите; ибо мы надеемся на его место сыскать здесь другого».

Федор Матвеевич Апраксин вызвал к себе барона Сент-Иллера и, вручив ему указ императора об отставке, приказал покинуть пределы России.

Указ дрожал в руке незадачливого директора Морской академии, он всматривался в трудные для его понимания русские слова, подпись царя, силясь уразуметь, собрать свои мысли. Стыд! Позор! Проработал чуть больше года и бесславно выдворяют из страны! Этот русский царь – властный, грубый, страшный… Что делать? Надо что-то делать, искать защиты. Но у кого?

Пересилив свою гордыню, французский барон обратился к людям, которых он еще совсем недавно открыто презирал и оскорблял – у них он решил искать защиты и покровительства.

1 марта 1717 года бывший директор Морской академии барон Сент-Иллер передал письмо сподвижнику Петра I графу Андрею Артамоновичу Матвееву, в коем он с извинением просил мира и помощи (приводится с сохранением орфографии и пунктуации):

«Мой государь!

Известился я, что Его Царское Величество, наш Высокодержавный государь, известным есть о ссоре, как сказывается, которая есть между Вашим Сиятельством и мною. Я прихожу к Вам всепокорно просить, чтоб оную прекратить, и меня допустить ко изследованию моих обязательств, – наконец, чтобы мы могли иметь славу возставить Академию в одном порядке, из чего бы Его Величество могло получить прибыль, как оная предложена была.

В том разсуждении я хочу Ваше Сиятельство гораздо обнадежить, что я прихожу ему пожелать все те озлобления учиненные мне, и забвению предать, понеже через те наговоры, которые Ваше Сиятельство учинили Его Светлости, Пресветлейшему моему Государю Князю Меншикову, который мне угрожал палками бить, чтоб научить жить народ французской – сказывал он.

Вагие Сиятельство неизвестно, что таких потчиваний не чинят шляхтичу, в содержании нашей Европы; и еще меньше того такой особе, которая имеет честь быть в характере в генеральном управлении Академии Цесарской.

Забвению предадим, покорно прошу вас, все те безсовества и случимся в согласии добро служить нашему Высокодержавному Государю и пресечем единомышленно все при случае жалобы.

Вагие Сиятельство может быть обнадежено, что я буду иметь всегда к Вам весь респект, и все почитание, должное Вашему характеру».

Нет, забвению «прихоти» барона Сент-Иллера не предали. Ответа на свое письмо он так и не дождался. Через несколько дней крытый возок с незадачливым французом миновал последнюю русскую заставу на Нарвском почтовом тракте. За тусклым слюдяным окошком экипажа промелькнули проселки, холмы, осиновые, березовые перелески и пустынные поля государства Российского. Резвые лошади, похрапывая, размашисто били копытами по укатанной снежной дороге, увозя из непонятной России первого директора Морской академии.

С «легкой руки» французского барона Сент-Иллера в Морской академии директора подолгу не задерживались. Как правило, это были опытные российские моряки, при первой государственной необходимости их направляли на самые ответственные участки работы по руководству и командованию регулярными военно-морскими силами России.

После графа А.А. Матвеева, назначенного в 1719 году сенатором и президентом Юстиц-коллегии, академию возглавил, уже упоминавшийся выше, полковник и бомбардир-капитан Г.Г. Скорняков-Писарев, уступивший 21 апреля 1728 года директорский пост родственнику Петра I князю А.Л. Нарышкину.

В последующие годы Морской академией непродолжительное время руководили выдающиеся морские офицеры, имеющие богатый опыт службы на флоте: вице-адмирал Д. Вильстер, П.К. Пушкин, В.А. Мятлев, В.М. Арсеньев, В.А. Урусов, А.И. Нагаев, А.И. Чириков, А.Л. Афросимов и Ф.М. Селиванов. Все они в рамках непродолжительного периода времени успели сделать немало полезных дел для становления и развития главного военно-морского учебного заведения России и оставили о себе память как талантливые воспитатели, подготовившие отличных морских офицеров для русского флота.

В организационном и строевом отношении воспитанники Морской академии разделялись на 6 бригад (отделений по 50 человек в каждом). Бригадами командовали строевые офицеры, назначавшиеся из гвардейских полков. Помимо бригад в академии имелся отдельный класс геодезистов численностью 30 человек. Кстати, выпускники именно этого класса – первые русские геодезисты, много потрудившиеся впоследствии над съемкой территории России. В 1745 году Академией наук был издан первый географический атлас государства Российского. Определение широт производилось с помощью полуторафунтового квадранта (его образец бережно хранился в музее Морского кадетского корпуса) настолько точно, что по сравнению с приборами определения широт конструкции XIX века ошибки первых русских геодезистов находились в пределах от полутора до десяти минут, а погрешности долгот – около одного градуса.