В завершающем периоде русско-шведской войны обстановка в Петербурге нормализовалась, и примерно с 1715 года в город начинают переводиться все военные училища. Столица быстро становится центром светского просвещения, подготовки моряков, артиллеристов, инженеров, архитекторов, медиков, учителей и служащих.

Заложенное в Санкт-Петербурге в 1704 году Адмиралтейство быстро разрасталось. Вокруг него строились управленческие конторы, мастерские, амбары и склады. Здесь же селились мастеровые и разночинный люд, причастный к морскому делу. На набережной Невы, неподалеку от Адмиралтейства и Главного штаба, возводились дома для крупных морских начальников: «великого адмиралтейца» генерал-адмирала графа Ф.М. Апраксина, адмирала К.И. Крюйса, соратника Петра I – кораблестроителя и видного политического деятеля А.В. Кикина и др.

Служебные строения и жилые дома Морского ведомства занимали в то время довольно значительную территорию, ограниченную Невой и Фонтанкой. В первой половине XVIII века район Петербурга, принадлежавший Морскому приказу, назывался Адмиралтейским островом.

Мысль об организации в новой столице Морской академии не могла не возникнуть как у царя, так и у его ближайших соратников, участвовавших в строительстве и укреплении отечественного регулярного флота. Недосягаемость Петербурга для шведов после Гангутской победы давала полную возможность реализовать эту важную государственную идею.

26 мая 1714 года царь Петр, находясь в плавании на корабле «Екатерина», лично написал капитан-поручику Григорию Григорьевичу Скорнякову-Писареву: «Господин капитан-поручик! Понеже господин адмирал граф Апраксин писал, дабы выслали в Питербург с Москвы из Навигацкой школы учеников, которые выучили геометрию, 20 человек, и когда оные в Питербург приедут, тогда прими и учи артиллерии, а заранее о том донеси князю Александру Даниловичу Меншикову, дабы он велел к приезду их сделать в Питербурге в удобном месте избы, где их учить». Распоряжение царя является официальным документом, свидетельствующим о переводе части воспитанников московской Школы математических и навигацких наук в новую столицу.

В 1715 году император собственноручно утвердил подробную «Инструкцию к Уставу Морской академии в Санкт-Петербурге», в деталях регламентировавший строгий распорядок учебы и жизни воспитанников на новом месте. «Низшее» Навигацкое училище еще некоторое время продолжало пребывать в Москве, а в новой столице торжественно открыли Морскую академию – военно-учебное заведение совершенно иного типа.

Академия была рассчитана на 300 учащихся из числа представителей привилегированных сословий. 20 декабря 1715 года император издал указ, предписывавший: «Которые есть в России знатных особ дети, тех всех от 10 лет и выше выслать в школу Санкт-Петербургскую, а в чужие края не посылать, и чтоб оные недоросли высланы были нынешнею зимою». «Школою Петербургскою», упомянутой в царском указе, являлась недавно открытая в новой столице Морская академия.

Разработанные и утвержденные царем проект и инструкция военно-морского учебного заведения, как уже упоминалось, во многом учитывали опыт работы французских морских кадетских училищ Марселя, Тулона и Бреста. Петру I учебные программы этих морских училищ понравились, прежде всего, за разумное сочетание в них утилитарных прикладных специальных наук с гуманитарными дисциплинами. Именно подобная система подготовки морских офицеров импонировала императору, и, естественно, ее принципы фигурировали в основе учебного процесса в классах Морской академии. Впервые система отечественного военно-морского образования предусматривала специальную программу подготовки офицеров флота и одновременно закладывала основы приобщения молодых людей к истокам национальной и мировой культуры.

Теперь кроме военного обязательного раздела, предусмотренного Адмиралтейским регламентом (изучение навигации, артиллерии, фортификации и пр.), учебная программа содержала общеобразовательные предметы. В Морской академии курсантам на выбор предлагалось изучить в совершенстве один из семи иностранных языков: английский, французский, немецкий, шведский, датский, итальянский или латинский. В новом морском учебном заведении в обязательном порядке преподавались также политика, геральдика, генеалогия, история, литература, юриспруденция, гражданские законы и архитектура. Особую группу учебных предметов в академии представляли «шляхетные искусства»: фехтование, верховая езда, танцы.

Создание в Петербурге Морской академии знаменовало собой существенный уровень европеизации отечественной специальной системы образования. Однако справедливости ради заметим, что пройдет еще немало лет, прежде чем военно-морское учебное заведение действительно станет очагом культурной жизни столицы и российского общества.

По сравнению с прошлыми годами комплектование академии прошло довольно быстро, «без особых принуждений» со стороны царя. Чиновник польского посольства и автор «Краткого описания Петербурга» X. В. Вебер утверждал, «что во всем пространстве Российского Государства не было ни одной знатной фамилии, которая бы не представляла в Морской академии сына или ближайшего родственника».

Размещалась Морская академия в непосредственной близости от Адмиралтейства, в доме бывшего единомышленника Петра I, кораблестроителя и государственного деятеля А.В. Кикина, необоснованно арестованного по делу царевича Алексея и казненного.

Здание находилось «на набережной линии» Невы, на месте нынешнего Зимнего дворца, на углу, обращенном к Адмиралтейству и Главному штабу. Дом был, по-видимому, небольшой (описания его не сохранилось), так что к нему пришлось срочно пристроить несколько мазанок. Неподалеку от него располагались хоромы командующего российским флотом, генерал-адмирала Ф.М. Апраксина.

Набережная Невы на участке от Адмиралтейства до «почтового дома» (впоследствии на его месте возвели Мраморный дворец) в то время усиленно укреплялась. В болотистую почву забивали бесконечное число свай, закидывали фашинник, землю, щебень. Участок обсаживали вывезенными из Гамбурга липами. Против Адмиралтейства специально отгородили часть заливного луга для выпаса коров и овец адмиралов Апраксина и Крюйса.

На первых порах работы Морской академии ощущалась едва ли не полная неподготовленность ее к началу занятий. В первую очередь существовали многочисленные проблемы с обживанием неприспособленного для учебных целей дома Кикина. Строение нуждалось в капитальной перепланировке и ремонте. Для этого требовалось не только время, но и значительные финансовые средства, постоянно отсутствовавшие у дирекции академии.

Не менее важной проблемой в тот период являлся недостаток необходимого числа опытных преподавателей для проведения полноценных занятий в объеме высочайше утвержденной учебной программы.

Из Москвы в Морскую академию перевели профессоров А.Д. Фархварсона и Стефана Гвина. Им на первых порах приходилось вести занятия по нескольким учебным дисциплинам. Правда, вскоре в помощь профессорам – англичанам из Школы математических и навигацких наук срочно откомандировали 8 навигаторов, успешно окончивших полный курс обучения в Москве. Позже по распоряжению Адмиралтейств-коллегии профессор Фархварсон подготовил из пяти бывших выпускников Навигацкой школы преподавателей навигации и астрономии, занявших соответствующие вакантные места в новом учебном заведении.

Педагоги-профессора, являвшиеся по своему положению руководителями отдельных предметных курсов Морской академии, стали официально именоваться «мастерами», а их помощники – выпускники Навигацкой школы – «подмастерьями». Следует особо отметить, что преподавателей, желавших занять вакансии в штате Морской академии, в начале XVIII века недоставало главным образом из-за довольно низкого жалованья и проблем с жильем. Тогда при приеме на работу преподавателей в Академию конкурсы или аттестации не устраивались. Обычно принимали всех, кто хотел работать. Неудивительно, что в первые годы существования Морской академии в Петербурге уровень подготовки воспитанников был не очень высоким.