Артиллерии в академии обучал капитан-поручик лейб-гвардии Преображенского полка Г.Г. Скорняков-Писарев, ас 1719 года этот предмет стал вести бомбардир-сержант Иван Невский, получавший за свой труд, кроме полковой дачи, 2 рубля в месяц. Искусство фехтования воспитанникам преподавал иностранец Гейман, чье жалованье составляло 550 рублей в год (более чем в 20 раз по сравнению с русским коллегой-бомбардиром).
Для обучения учащихся Морской академии «фронту» со дня основания учебного заведения к нему специально прикомандировали гвардии поручика Бестужева, гвардии прапорщика Ковтырева и двух сержантов лейб-гвардии Семеновского полка.
Изучение «корабельной архитектуры» для воспитанников организовали непосредственно в Адмиралтействе – на его стапелях, где строились сказочно красивые корабли того времени, с четкими, изящными линиями корпуса, множеством парусов, с богато украшенной резьбой кормой и декоративным ростром. Каждый чудо-красавец здесь же вооружался пушками различных калибров и конструкций. В классах размещенной в Адмиралтействе школы учащиеся приветствовали Филиппа Петровича Пальчикова – первого отечественного кораблестроителя, получившего в России законченное инженерное образование и по окончании Морской академии назначенного императором руководителем «модель-каморой», в которой хранились модели, чертежи и описания построенных судов. Но «модель-камора» являлась не только своеобразным хранилищем (архивом), но и местом, где создавались проекты и чертежи будущих военных судов. По существу, здесь тогда находилось первое отечественное конструкторское бюро судостроительной промышленности.
Петр I, принимавший экзамен у выпускника Морской академии, высоко оценил талант и знания Ф.П. Пальчикова и поручил ему готовить в Адмиралтействе стапели для закладки военных кораблей. Кроме того, император возложил на него все работы по ремонту судов Балтийского флота. Талантливый кораблестроитель разработал оригинальные методы ремонта судов в зимнее время, что позволило проводить работы круглогодично.
Личный состав Морской академии обязательно присутствовал в Адмиралтействе на торжественном построении по случаю спуска на воду каждого военного корабля. Строй воспитанников Морской академии располагался рядом с построениями Преображенского и Семеновского гвардейских полков. На Неве обычно выстраивались корабли Балтийского флота, расцвеченные флагами. На флагштоке Адмиралтейства в этот день поднимали три флага: государственный, адмиралтейский и императорский штандарт. Корабль торжественно сходил на воду под орудийный салют и ружейные залпы почетного караула. По принятому обычаю Петр I лично вручал строителю корабля на серебряном блюде по три «царских» рубля за каждую пушку, установленную на спускаемом военном судне.
Администрации и официальным государственным попечителям Морской академии не удалось сразу полностью укомплектовать ее «знатных особ детьми». Официальные сведения, относящиеся к работе учебного заведения за 1717 год, свидетельствуют, что некоторые его ученики были «наги и босы», «кормились вольною работой», а иногда даже «побирались, волочась между дворами». Безусловно, эта категория воспитанников академии не принадлежала к ученикам из богатых и знатных семей. Выпускник Навигацкой школы, а впоследствии обер-секретарь Сената Иван Кириллович Кириллов в своем трактате «Цветущее состояние Всероссийского государства…» приводит интересные официальные данные о социальном составе воспитанников Морской академии за 1727 год. Оказывается, в то время в ней еще продолжали числиться не только воспитанники «из шляхетства», но и из разночинцев. В столичном военно-морском учебном заведении тогда существовало несколько подразделений: арифметическое, геометрическое, меркаторское, астрономическое и геодезическое. Арифметике в 1727 году «обучалось 20 детей шляхетства и 17 разночинцев»; геометрии и тригонометрии – «39 шляхтичей»; плоской навигации – «55 знатных особ детей и 28 разночинцев»; астрономии – «4 шляхетных воспитанника»; геодезии – «24 шляхтича и 7 разночинцев» и т. д. Таким образом, общее число «шляхетных воспитанников» уже в первые годы существования Морской академии значительно превышало численность учеников-разночинцев.
Петр I верил, что Морская академия станет идеальной школой подготовки отечественных морских офицеров новой формации. Особенно часто царь посещал именно это военно-учебное заведение, находившееся неподалеку от Адмиралтейства, где ему нередко приходилось бывать.
На Адмиралтейском дворе продолжались еще строительные работы: возводили валы, прокладывали каналы, заменяли деревянные сооружения на каменные и переделывали «шпиц». С помощью Ивана Шпака, Ивана Сухого и других русских мастеровых голландский мастер Герман Ван Болес возвел башню, украшенную деревянными колоннами с резными капителями. Шпиль обили железом и на самом верху, на «яблоке», укрепили кораблик с парусами.
Слесарь Герасим Иванов и капрал Пимен Куликов установили на башне Адмиралтейства часы.
Француз Обри де ла Мотре, посетив в 1726 году Адмиралтейство, писал: «Это большой корпус или комплекс великолепных и регулярных зданий… В нем есть большой и хорошо вымощенный двор. Этот двор окружен рвами, очень глубокими и полными воды, а также прочным валом и защищен добрым бруствером. Все Адмиралтейство тоже окружено таким валом и рвом, и пройти в него можно только по подъемным мостам. В упомянутом дворе имеются два деревянных склада для хранения древесины, якорей и всего прочего, относящегося к строительству и оснащению кораблей; рядом расположен арсенал для оружия».
В здании Адмиралтейства проходили заседания Адмиралтейств-коллегии, ее президентом в те годы был сподвижник императора Федор Матвеевич Апраксин. Генерал-адмирал, государственный деятель, он стал первым, кто организовал и возглавил морскую Коллегию, решавшую ответственные и важные вопросы. На заседаниях Адмиралтейств-коллегии и в ее канцелярии Петр I появлялся обычно по утрам. Просматривал бумаги, отдавал распоряжения, выслушивал рапорты и проекты высочайших указов.
По дороге во дворец император обязательно заходил в Морскую академию и всякий раз, заметив неполадки, развал в работе, скудность и бедность академии, сердился, «учинял следствие», но, занятый войной, поглощавшей огромные средства, он не мог всюду поспеть и за всем уследить.
В 20-х годах XVIII века Морская академия, находившаяся тогда в ведении Адмиралтейств-коллегии, оказалась в крайне тяжелом положении. Из-за недостатка денег пришлось приостановить строительно-ремонтные работы в ее здании, задерживалась выплата жалованья преподавателям и воспитанникам.
10 июля 1724 года Петр I посетил Морскую академию и заметил среди ее воспитанников очень плохо одетых курсантов. На вопрос о причине подобного царь получил ответ, что жалованье курсантам выдается в неполном размере, да и то не деньгами, а товарами. Кроме бедно одетых учеников царь обратил внимание на то, что «в ученье учеников не весьма много». Выяснилось, что 85 воспитанников академии «за босотою и неимением дневного пропитания» не ходили на занятия по три, четыре и даже пять месяцев. Некоторые из учеников «за скудностию содержания» убегали и записывались в солдаты или же сообща отказывались от учения.
На нужды академии вначале отпускалась лишь половина суммы, ранее расходуемой на московскую Школу математических и навигацких наук. Но даже эти мизерные финансовые средства поступали в новое учебное заведение крайне неисправно. После личного вмешательства императора финансирование Морской академии несколько увеличилось и стало регулярным.
Учебное заведение всегда крайне нуждалось в деньгах, необходимых не только на жалованье преподавателям и содержание воспитанников, но и на приобретение учебного оборудования, учебников и методических пособий. Особенно значительные денежные средства расходовались на ремонтно-строительные работы по приспособлению бывшего жилого строения под учебное заведение. Верхний этаж дома Кикина не имел печей, их установку из-за отсутствия средств даже к зиме 1717 года так и не удалось завершить.