26 июня в повестке дня заседания Совета министров среди прочих значился вопрос о предстоящих военных учениях, поэтому появление в Кремле большой группы армейских генералов не могло насторожить сотрудников 10-го управления МВД (комендатура Кремля), которое Берия курировал лично. Но, войдя в зал заседаний, военные арестовали ни о чем не подозревавшего Берию. Это, по утверждениям Хрущева, выглядело так. Председательствовавший на заседании Совмина Маленков обратился к Жукову: «Товарищ Маршал Советского Союза, предлагаю вам от имени Советского правительства задержать Берию». Маршал приказал Лаврентию Павловичу поднять руки вверх. Генералы, достав спрятанные пистолеты, увели его в комнату отдыха, расположенную за кабинетом.

Тем временем советские руководители решали, что делать. Опасаясь, что внутренние войска и сотрудники госбезопасности могут попытаться освободить шефа МВД, пришли к выводу, что не стоит рисковать и Берию надо убить тут же, а затем уже юридически все оформить. Чтобы не возникло проблем с прокуратурой, Генеральным прокурором вместо Г. Сафонова был назначен протеже Никиты Сергеевича Р. Руденко, прокурор Украинской ССР. Относительно «исполнителя приговора» Хрущев в своих рассказах несколько раз путался: Берию убивал и Москаленко, и Микоян, и даже сам Хрущев.

Позднее Хрущев и его сторонники вбросили в массовое сознание еще несколько «баек», детализирующих события конца июня — начала июля. Это наводит на мысль, что Никита Сергеевич был заинтересован не столько в информировании общественности, сколько в сокрытии истинной картины произошедшего. Так, в оборот был запущен слух о том, что арест Берии носил превентивный характер — дескать, рвущийся к власти министр внутренних дел замышлял арестовать весь Президиум ЦК 27 июня на премьере оперы «Декабристы», и партийному руководству пришлось пойти на крайние контрмеры. Вроде бы правдоподобно, но документальных подтверждений нет…

Другие участники того драматичного заседания в Кремле до самой смерти хранили загадочное молчание. На эту тему не распространялись в своих беседах ни Молотов, ни Каганович. Хитрый Анастас Микоян тоже был очень скуп в рассказе о событиях 26 июня: «…После обмена мнениями, когда особенно резко выступил Хрущев и мы все выступили в том же духе, было принято решение в отношении Берии. Сначала он не понял серьезности дела и нагло сказал: «Что вы у меня блох в штанах ищете?» Но потом до него дошло. Он тут же, в комнате Президиума ЦК, был арестован».

К сожалению, ситуацию не полностью проясняют и воспоминания военачальников — маршалов Москаленко и Жукова. Кирилл Семенович, с которым журналисту «Красной звезды» Александру Кочукову не раз приходилось общаться в неофициальной обстановке, был относительно словоохотлив и вроде бы откровенен. Именно ему, тогдашнему командующему войсками Московского округа ПВО, принадлежит наиболее подробный рассказ об аресте Берии.

Утром 25 июня ему позвонил Хрущев и попросил прибыть к нему с планами по организации противовоздушной обороны. Никита Сергеевич поинтересовался, есть ли в окружении генерала надежные люди и намекнул, что надо захватить с собой пистолеты. Кирилл Семенович вооружил своего начштаба, начальника политуправления и офицера для особых поручений. К ним, по предложению Москаленко, присоединился начальник главного штаба ВВС генерал Батицкий.

Затем, по вызову Булганина, согласованному с Никитой Сергеевичем, вся группа направилась в министерство обороны. Министр был знаком с Хрущевым с 30-х годов, когда был председателем Московского исполкома, а тот возглавлял горком партии, так что Хрущев мог ему полностью доверять. Выбор Москаленко в качестве руководителя «боевой группы» также был не случаен — секретарь ЦК хорошо знал его со времен войны: Москаленко командовал 38-й армией на 1-м Украинском фронте, членом Военного совета которого был Никита Сергеевич.

В Минобороны Булганин в разговоре с глазу на глаз поручил командующему войсками Московского округа ПВО арестовать Берию. То, что кабинет министра, скорее всего, прослушивался специальной службой МВД (2-е спец-бюро МВД), его почему-то не тревожило. Хрущев и Москаленко не были обеспокоены также и тем, что их телефонные разговоры могут контролироваться той же службой.

Булганин посоветовал Москаленко усилить группу, но отверг предложенную кандидатуру маршала Василевского. Было решено привлечь к операции маршала Жукова — первого заместителя министра обороны, но «пистолета ему не давать». Георгий Константинович был самым решительным и популярным военачальником в стране, что давало операции больше шансов на успех, если бы возникли осложнения — офицеры Главного управления охраны МВД могли оказать сопротивление.

26-го, около одиннадцати часов, группа Москаленко въехала в Кремль в машине Булганина. На другой машине приехал Георгий Константинович вместе с генералами Митрофаном Неделиным — командующий артиллерией Советской армии, Андреем Гетманом — начальник штаба бронетанковых и механизированных войск, Леонидом Брежневым и Михаилом Прониным — заместители начальника Главного политуправления Вооруженных сил.

Далее версия Москаленко выглядит так. В приемную председателя Совета министров, где собрались военные, вышли из кабинета Маленкова он сам, Булганин, Молотов и Хрущев. Они проинформировали военных о преступном поведении Берии. Условились, что по сигналу Дмитрия Суханова — помощника Маленкова военные входят в кабинет и арестовывают министра внутренних дел.

Заседание началось в 12 часов дня, а около 13 часов Суханов, получив условленный электрический звонок от Маленкова, дал знать об этом генералам. По команде председателя Совмина: «Именем советского закона арестовать Берию!» Москаленко направил на министра пистолет и приказал ему поднять руки, а Жуков обыскал растерявшегося Лаврентия Павловича…

Однако следует отметить, что ясности нет даже по времени начала заседания. Есть свидетельства, что оно началось не в 12.00, а в 14.00 — это время назвал, в частности, Хрущев в своей речи на июльском пленуме ЦК. Молотов вспоминал, что заседание продолжалось два с половиной часа… О конкретном содержании разговора, позиции тех или иных членов высшего партийного органа практически ничего неизвестно. С некоторой степенью достоверности можно лишь утверждать, что Микоян пытался спасти Берию, предложив компромиссное решение назначить его министром нефтяной промышленности, освободив от должности первого заместителя председателя Совмина.

Не все до конца ясно и с позицией самого главы правительства. Знакомство с документами приводит к неожиданному выводу: еще утром 26 июня Маленков, возможно, намеревался сохранить жизнь своему бывшему соратнику. В Архиве Президента России имеется черновая запись наброска его выступления на заседании Президиума ЦК, написанная 25 или 26 июня. Пункт 56 гласил: «От поста зама [председателя Совета министров СССР] — освободить назнач[ить] мин[истром] нефт[яной] промышленности]…».

Информация о последних днях Берии на свободе также весьма противоречива. По одним свидетельствам, в третьей декаде июня он был в Москве, по другим — в ГДР и вернулся в Москву только 25-го или даже утром 26-го.

В восстановлении картины событий не прибавляют ясности и воспоминания маршала Жукова, оставившего потомкам две версии июньского ареста. По одной из них 25 июня его пригласил секретарь ЦК Хрущев и в присутствии Маленкова обратился с предложением арестовать Берию; тогда же было решено привлечь к операции Москаленко и Батицкого. По другой версии поручение арестовать Берию Жуков получил 26 июня, буквально за несколько часов до заседания Президиума Совмина, в кабинете главы правительства, куда его привез министр обороны Булганин. В присутствии Хрущева, Микояна, Молотова и других членов Президиума Маленков поручил Георгию Константиновичу осуществить арест Берии, который, дескать, стремится захватить власть в стране. Жуков действовал вместе с Батицким, Москаленко и Неделиным, а Серов нейтрализовывал охрану Берии. В кабинет Маленкова, где проходило заседание, они были вызваны в первом часу дня — спустя час после его начала — по звонку. Жуков лихо скрутил Берию и отвел в соседнюю комнату, где его продержали до 22-х часов, а затем, замотав в ковер, вывезли на машине в бункер Московского военного округа.