В официальной переписке того времени военные грузы и стратегическое сырье, переправляемые из европейских стран в Японию, именовались «японской контрабандой». Главный Морской штаб своевременно получал информацию о выходе судов и предполагаемых маршрутах следования. Однако из-за недостаточности сил и средств была предпринята единственная попытка перехвата парохода «Симбия» с военно-стратегическими грузами для Японии. Дело в том, что практически весь военно-морской флот России в составе 2-й Тихоокеанской эскадры под командованием вице-адмирала 3. П. Рожественского и эскадры Черноморского флота под командованием вице-адмирала В. П. Безобразова находился у Западного побережья Африки. Это было хорошо известно за границей, и поэтому пароход «Самбия» пошел не Магеллановым проливом, как считали русские флотоводцы, а Суэцким каналом и не был перехвачен. В дальнейшем на все уведомления Главного штаба о выходивших судах с японской контрабандой начальник Главного Морского штаба сообщал, что ввиду отсутствия необходимых сил и средств «контрабанда эта может быть задержана лишь у берегов Японии по распоряжению командующего флота Тихого океана, если представится к тому возможность».

Летом 1904 г. операция по перехвату военной контрабанды была проведена Владивостокским отрядом крейсеров. Она проводилась на неприятельских коммуникациях, с целью на время прервать сообщение тихоокеанских портов противника с Желтым морем. По приказу Главнокомандующего вооруженными силами Российской империи адмирала Е. И. Алексеева в море вышли броненосные крейсера «Россия», «Громобой» и «Рюрик». 21 июня был задержан германский транспортный пароход «Аравия».

При досмотре выяснилось, что он вез военную «контрабанду» в японский порт Иокогаму из США. Через день 23 июня у входа в Токийский залив был остановлен английский пароход «Найт Ком-мандер», который шел из Нью-Йорка в Японию с военным грузом. Поскольку на британском транспорте была острая проблема с топливом, практически не оставалось угля, чтобы дойти до Владивостока, он был потоплен.

В ходе этой набеговой операции русские крейсера уничтожили несколько японских транспортных шхун, германский пароход «Tea» с военным грузом для Японии и захватили английский пароход «Калхас». В Японии поднялась тревога. Владивостокскому отряду крейсеров не удалось перерезать коммуникации, по которым шла перевозка войск и снаряжения на материк и под осажденный Порт-Артур. Однако сам факт появления русских крейсеров вблизи японской столицы всколыхнул морские державы. В американских и английских торговых кругах началась паника. Самые крупные пароходные компании мира немедленно прекратили рейсы в Японию и разорвали с ней уже подписанные контракты. В результате Япония, как воюющее государство, не получила вовремя многие военные грузы, заказанные в США и странах Западной Европы. Это особенно сказалось на завершающем этапе войны в 1905 г. и повлияло на позицию японского правительства при заключении Портсмутского мира.

К этому времени к активным действиям перешло и Разведочное отделение. В. Н. Лавров получил информацию о попытке Акаси восстановить связи со своей агентурой в Петербурге и принял решение о задержании ротмистра Ивкова. 26 февраля 1904 г. он был под благовидным предлогом приглашен в Санкт-Петербургское охранное отделение, где ему было предъявлено обвинение в государственной измене. После ареста на допросах под давлением неопровержимых улик Ивков признал себя виновным, показав при этом, что «он передавал Акаси и Тано сведения военного характера, частью из мобилизационного плана, частью составленные по случайным данным и собственному соображению…».

В ходе следствия подтвердились данные наружного наблюдения о контактах Ивкова с германским военным агентом фон Лютвицем. Во время конспиративной встречи с ним 2 февраля 1904 г. в Варваринской гостинице Ивков передал Лютвицу часть секретных военных сведений, получив за это 2 тыс. руб. Обыск на его квартире подтвердил эти показания. На квартире Ивкова были обнаружены не только деньги, но и копии частей мобилизационного плана русской армии и еще не переданные немцам выписки из секретных документов военного характера. «Впоследствии, — писал Лавров, — при формальном дознании Ивков, допрошенный по имевшимся заграничным агентурным сведениям, сознался и в том, что вел такие же преступные сношения с австрийским военным представителем». К моменту окончания предварительного следствия Ивков, находясь под арестом, покончил жизнь самоубийством. Зная систему охраны преступников, обвиняемых в государственной измене в российских тюрьмах, можно предположить, что в целях сохранения тайны деятельности Разведочного отделения по агентурной разработке целого ряда военных агентов иностранных государств не только противников, но и союзников России и ввиду нежелательности судебного процесса Ивкову помогли или вовремя не помешали уйти из жизни. К тому же заметим, что это был уже не первый случай смерти разоблаченного шпиона. В 1907 г. при весьма похожих обстоятельствах ушел из жизни завербованный австрийской разведкой поручик Турчанинов.

Дело ротмистра Ивкова совпало с началом Русско-японской войны. Оно стало своеобразным импульсом для активизации борьбы с японским шпионажем. Однако в полной мере противостоять наплыву японских шпионов в Россию не удалось. К контрразведывательной работе в срочном порядке стали подключаться разведывательные отделения штабов военных округов, а на флоте — иностранная часть Главного морского штаба. В сентябре 1904 г. в Санкт-Петербурге были арестованы два японца, мелкие служащие коммерческой пароходной кампании — Кензо Камакура и Сейко Акиоши. К этому времени они приняли православие, регулярно посещали православные богослужения, а один из них — Камакура в день своего ареста предполагал обвенчаться с русской невестой. В ходе следствия выяснилось, что под маской скромных служащих скрывались кадровые морские офицеры военно-морского флота Японии. Они длительное время собирали разведывательную информацию о русском Балтийском флоте.

В августе 1904 г. российская контрразведка раскрыла еще одну резидентуру японской разведки. Начиналось это так. В 1901 г. в контору чайного магазина «Васильев и Дементьев» явился японский подданный Хори Сан с лучшими рекомендациями своего посольства, прекрасно и всесторонне образованный, владеющий иностранными и отчасти русским языком. Он предложил свои услуги в качестве подручного приказчика и посредника в связях с китайскими и японскими чайными фирмами. В декабре того же года по рекомендации уже Хори Сан к Дементьеву поступил на тех же основаниях другой японский подданный, Миура Кен Забура, высокообразованный господин 30-35 лет, отлично знакомый с большими городами России, Сибирью, островом Сахалин. По его словам, он исколесил всю Сибирь и Сахалин вдоль и поперек и был хорошо знаком не только с местностью, но и с обычаями населения. Оба японца проживали в квартире служащих магазина по адресу: Морская улица, дом № 13.

1 апреля 1902 г. Хори Сан оставил службу в магазине и переехал в Москву, не прерывая связей с Миура-Кен-Забура, который в ноябре того же года перешел на службу в японское посольство. На свое место он рекомендовал японца Сиратори, который, как выяснилось впоследствии, был выпускником философского института в Токио. Сиратори, в свою очередь, устроил на службу в этот же магазин некоего Мамиури Токаки, окончившего морскую школу в Токио и прибывшего будто бы из Одессы. Эти японцы проживали сначала на Садовой улице, а потом в той же квартире на Морской улице, получая жалованье 30-40 руб. в месяц. Цель своего прибытия в Россию они объясняли тем, что при содействии японского посольства хотели открыть в Санкт-Петербурге японско-русский банк.

Наружное наблюдение установило их связи и круг знакомств в столице. Среди них был студент университета, с которым они занимались русским языком, сотрудники японского и китайского посольств и консульств, а также американские и английские представительства. Миура рассказал им об особенностях российской столицы и о ряде лиц, с которыми познакомился во время работы в посольстве. Среди них были морские офицеры лейтенант де Лаврон, капитан 2 ранга Катаев, курсистки Кажданская и Никольская, замеченные в политической неблагонадежности, и ученый-лесовод Марк Левин.