Когда об этих и других фактах доложили Ленину, Владимир Ильич предложил подвергнуть всю систему Военконтроля строжайшей ревизии. Была создана специальная комиссия под руководством Дзержинского, которая пришла к выводу о необходимости распустить старый Военконтроль и создать вместо него особые отделы при ВЧК. ВЦИК 6 февраля 1919 года утвердил «Положение об особых отделах при Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». В нем говорилось:

«1. Борьба с контрреволюцией и шпионажем в армии и флоте возлагается на Особый отдел Всероссийской Чрезвычайной Комиссии.

2. Особый отдел вместе с тем непосредственно под контролем Революционного Военного Совета Республики выполняет все его задания…»

Особые отделы ВЧК были созданы на всех фронтах и в армиях. В обязанность Особого отдела ВЧК также входила организация и руководство работой разведчиков за границей и в оккупированных иностранными державами и занятых белогвардейцами областях. Постановлением ЦК РКП (б) от 28 августа 1919 года председателем Особого отдела был утвержден Дзержинский. На работу в Особый отдел партия направила ряд старых коммунистов, в том числе и Менжинского. Свою работу в Особом отделе в качестве особоуполномоченного Вячеслав Рудольфович начал 15 сентября 1919 года.

Вновь на работу в ЧК Менжинский пришел в трудное для нашей страны время. Кольцо фронтов сжималось вокруг Советской республики. Международный империализм организовал против нее поход 14 государств. Снаряженные и вооруженные американским и англо-французским капиталом белогвардейские полчища Деникина наступали с юга. Они заняли Орел и угрожали Туле и Москве. Новое наступление на Петроград вела белая армия Юденича и Родзянко, На востоке вновь перешел в наступление Колчак, а на западе — белополяки. Активизировалась внутренняя контрреволюция. Агенты Антанты и белогвардейских генералов плели сети заговоров. Когда Менжинский пришел на работу в Особый отдел, ВЧК разматывала нити заговора так называемого «Национального центра».

Еще при ликвидации мятежа на Красной Горке в мае 1919 года чекисты напали на след шпионской организации на Петроградском боевом участке. Приблизительно в то же время на Лужском направлении полевым караулом был убит человек, пытавшийся перебежать к белым. Убитый оказался бывшим офицером Никитенко. У него было обнаружено письмо к белогвардейскому деятелю Родзянко, подписанное «Вик», в котором сообщались шпионские сведения. От «Вика» нити вели к заговорщицкой организации в Москве. Летом на границе с Финляндией пограничники задержали юденичского агента Борового-Федотова. Когда его задерживали, он выбросил, но пограничники подобрали зашифрованное письмо. В письме имелись сведения о существовании заговорщицкой организации в Москве. Другая нить, ведущая к московским заговорщикам, была получена от Вятской чека. В селе Вахрушево Вятской губернии милиция задержала некоего Карасенкова (на самом деле Крашенинникова) с миллионом рублей в мешке. Доставленный в столицу Карасенков на допросе в ВЧК показал, что деньги он вез в Москву. Крашенинников пытался передать из тюрьмы на волю две записки, попавшие в руки ВЧК. В первой из них 20 августа арестованный сообщил: «Я, спутник Василия Васильевича, арестован и нахожусь здесь». Во второй записке, отправленной из тюрьмы 28 августа, он просил заготовить для него документы, видимо, на случай побега, и сообщить, арестован ли некий ННЩ, которого Крашенинников знает.

Допрос Крашенинникова проводил сам Дзержинский, Когда Феликс Эдмундович предъявил арестованному эти записки, тот показал, что в Москву от Колчака будет отправлено 25 миллионов рублей в распоряжение «Национального центра» — так называлась эта заговорщицкая организация. Возглавляет же этот «центр» ННЩ — Николай Николаевич Щепкин, известный кадет, депутат Государственной думы 3-го и 4-го созывов.

В ночь с 28 на 29 августа при личном участии председателя Особого отдела Дзержинского Щепкин был арестован. Квартиру его обыскали и нашли документы, которые, во-первых, изобличали связь Щепкина с Деникиным и, во-вторых, подтверждали существование заговора «Национальный центр», наличие у заговорщиков военно-технической организации, готовившей вооруженное выступление.

В поленнице дров во дворе щепкинского дома чекисты обнаружили жестяную коробку, а в ней целую пачку документов, не оставляющих сомнений в том, чем занимались бывший депутат и его сообщники.

В коробке были зашифрованные сводки шпионских сведений о Красной Армии, предназначенные для штаба Деникина. Среди них оказались: записка с изложением плана действий Красной Армии от Саратова; список номерных дивизий Красной Армии на 15 августа, сведения об артиллерии одной из армий, план действий и состав армейской группы, сообщение о местоположении и предполагаемых перемещениях некоторых штабов; подробное описание Тульского укрепленного района, точное расположение зенитных батарей в нем, сведения о фронтовых базовых складах. Кроме того, в жестянку было вложено письмо, датированное 27 августа: «Начальнику штаба любого отряда прифронтовой полосы. Прошу в срочном порядке протелеграфировать это донесение в штаб верховного разведывательного отделения [деникинской армии] полковнику Халтулари…»

Депеши, переписанные рукой Щепкина, указывали также, что в Москве 21–22 сентября 1919 года готовится вооруженное восстание.

Щепкин на допросах сознался, что именно он руководитель подпольной политической организации, но не назвал имен заговорщиков и категорически отрицал наличие военной организации. В своих показаниях от 12 сентября Щепкин писал: «Из найденных у меня депеш я намерен был исключить все, что касается вопроса о возможности устройства вооруженного восстания».

Но это показание как раз и утверждало, что вооруженный мятеж готовится. ВЧК располагала и другими данными, свидетельствующими о наличии военного заговора.

Во-первых, это была фотопленка с зашифрованными шпионскими сведениями, которая была обнаружена под ногтями курьера, задержанного при попытке перехода южного фронта.

Во-вторых, письмо учительницы 76-й московской школы, в котором она сообщала ВЧК, что у директора этой школы Алферова часто собираются какие-то подозрительные личности. Фамилия Алферова наряду с фамилией Щепкина фигурировала и в записке, пересланной Крашенинниковым из тюрьмы.

В-третьих, показания врача одной из военных школ. В конце августа этот врач попросил Дзержинского принять его и сообщил, что он состоит в белогвардейской организации, но, усомнившись в целях этой организации, пришел в ВЧК, чтобы помочь поймать заговорщиков. Врач не знал состава организации, но указал, что видную роль в ней играет начальник окружной артиллерийской школы, бывший гвардейский полковник Миллер. За Алферовым и Миллером было немедленно установлено наблюдение.

Наконец 28 августа на квартире Щепкина был арестован один из руководителей военной организации, белогвардеец Мартынов, который признался в существовании подпольной офицерской организации «Штаб добровольческой армии Московского района», действующей под руководством «Национального центра».

Все эти данные, полученные Особым отделом, показывали, что в Москве существует военно-заговорщицкая организация, тесно связанная с «Национальным центром», и что эта организация готовит мятеж, который должен начаться 21–22 сентября, при подходе Деникина к Москве.

Подготовку и проведение операции по снятию «Штаба добровольческой армии Московского района» Дзержинский поручил Менжинскому 15 сентября — в первый же день, как Вячеслав Рудольфович приступил к исполнению своих новых обязанностей. На следующий день, вспоминает бывший сотрудник Особого отдела старый чекист Ф. Т. Фомин, «В. Р. Менжинский явился в Особый отдел ВЧК со специальным поручением Феликса Эдмундовича и приступил к расследованию заявлений от военного доктора, учительницы одной из московских школ и других советских патриотов…»

Времени на разработку и подготовку операции было мало. До начала намечаемого восстания оставалась всего лишь неделя. Но именно в разработке плана этой операции и его четком осуществлении и проявились организаторские и криминалистические способности Менжинского. Особому отделу стало известно, что Миллер обращался в Реввоенсовет с просьбой выделить ему мотоцикл и скорострельные пушки. В пушках ему отказали, а мотоцикл по просьбе Особого отдела Реввоенсовет выделил из своего гаража. Мотоциклистом к Миллеру был направлен чекист Горячий. Ему удалось установить адреса, по которым ездил к заговорщикам Миллер.