В форту их встретили комендант подпоручик Фролов и руководивший минными работами подполковник Рашевский. Действительно, ни о каких отравляющих веществах не могло быть и речи. Просто японцы зажгли в занятой ими части контрэскарпной галереи пропитанный чем-то войлок и вынудили защитников форта оставить галерею. Выслушав доклады, Кондратенко предложил всем осмотреть укрепление.
Обстрел начался неожиданно, когда генерал и сопровождающие его офицеры выходили из каземата. Пришлось вернуться назад. Роман Исидорович сел за карту, одновременно слушая Рашевского, который объяснял причины последних неудач в контрминной борьбе. Обстановка была привычной. От близких разрывов дрожала земля, на мигающий язычок керосиновой лампы с потолка сыпались песок и земля. Офицеры тихо переговаривались. И только при приближении гула одиннадцатидюймового снаряда умолкали… Было девять часов вечера, когда раздался оглушительный взрыв…
Одиннадцатидюймовый гаубичный снаряд, пробив перекрытие, разорвался внутри каземата. От взрыва погибли генерал Кондратенко, подполковники Науменко и Рашевский, капитан Зангенидзе, еще пять офицеров и несколько солдат. Погибли разом те, о которых участник обороны Ф. И. Булгаков позднее напишет: «Для него и его достойных сотрудников: Науменко, Рашевского… и других не существовало понятий: „не время“, „поздно“, „не наше дело“ и т. п., что создавались формализмом и рутинной канцелярией. Все они готовы были делать самое маленькое дело, не считаясь ни очередью, ни служебным положением».
Смерть Кондратенко потрясла защитников крепости. После гибели адмирала Макарова это была главная потеря для Артура, но в начале обороны смерть адмирала воспринялась не так остро. Сейчас, в самые тяжелые, критические дни осады, потеря Кондратенко была поистине невосполнима. 3 декабря в приказе по гарнизону было объявлено: «День 2 декабря есть день печали для нас, защитников крепости. В 9 часов вечера на форте № 2 убит бомбой наш герой, наша гордость — командующий 7-й Восточно-Сибирской дивизией генерал-майор Кондратенко…»
4 декабря после панихиды, на которую, несмотря на непрекращающуюся бомбардировку, собралось огромное количество народа, состоялись скромные похороны. Моряки и пехотинцы, артиллеристы и саперы — все двигались в скорбной процессии. В толпе было много раненых и гражданских лиц. На лафете, в который была впряжена пара лошадей, стояли гробы с телами Кондратенко и Науменко. Не было траурного оркестра и торжественного песнопения. Хоронили героев под звуки артиллерийской канонады и затихающей вдали ружейно-пулеметной перестрелки. На кладбище у батареи Плоского мыса появились две новые могилы. Под большими белыми крестами лежали два друга-соратника. Рядом шли они по жизни, рядом и обрели вечный покой…
Уже после капитуляции в артурской газете «Новый край» было напечатано стихотворение Вельянинова:
Еще позже, по окончании войны, имя Кондратенко будет присвоено 25-му Восточно-Сибирскому стрелковому полку, одному из новых минных крейсеров, пяти городским начальным училищам. В Николаевской инженерной академии будет введена премия имени генерал-лейтенанта Кондратенко за лучший проект по фортификации. Памятники герою поставят в Петербурге на кладбище Александро-Невской лавры, куда перевезут останки героя, в Георгиевском зале Николаевского инженерного училища.
Это все будет память благодарного народа, а в те декабрьские дни гибель Кондратенко, несомненно, отразилась на судьбе крепости. С его смертью, по существу, кончилась оборона Порт-Артура. События стали разворачиваться с поразительной быстротой. Начальником сухопутной обороны вместо погибшего Кондратенко был назначен генерал Фок, и уже 5 декабря наши войска оставили форт № 2. Накануне ночью, когда японцы закончили саперные работы и всем стало ясно, что утром начнется штурм, Фок не только не усилил, а, наоборот, ослабил и без того малочисленный гарнизон, сняв с укрепления 140 человек. «Гарнизон форта № 2 в составе 275 человек я признаю при настоящих обстоятельствах чрезмерным», — писал он Горбатовскому.
В час дня японцы произвели взрыв форта и сквозь разрушенный бруствер бросились в атаку. Рукопашный бой с переменным успехом шел до полуночи, после чего лишенные подкреплений защитники форта оставили его.
Еще через десять дней японцы решили провести такую же операцию против форта № 3, заложив под его бруствер более шести тонн динамита. Форт № 3 нужно было держать во что бы то ни стало, ибо он являлся ключевым пунктом всей позиции, но маховик предательства закрутился с новой силой. Произведя взрыв, японцы пошли на штурм. После одиннадцатичасового боя русские, оборонявшие, по сути дела, одни развалины, не получив в подкрепление ни одного солдата, отошли, сжигая все, что может гореть. В плен японцы взяли только трех раненых солдат, а потеряли больше тысячи.
С оставлением форта № 3 Стессель наконец решил открыто заговорить о капитуляции. Положение было угрожающим, так как японцы на этом участке могли ворваться в город, но не безнадежным. В руках Стесселя оставались почти все укрепления, большое количество артиллерии и личного состава. Люди горели желанием сражаться и при умелой организации и четком руководстве творили чудеса. Но Стессель искал любого предлога к сдаче крепости. 16 декабря он собирает военный совет из старших начальников крепости: генералов, адмиралов, командиров полков, начальников штабов дивизий.