Естественно, богиня была разгневана отказом Гильгамеша и в ярости обратилась к властителю неба Ану с просьбой послать на землю небесного быка на погибель людей. Ану заколебался, но Иштар пригрозила ему:

После этого бык был послан на землю и страшно свирепствовал там, так что Гильгамеш и Энкиду должны были вмешаться и помочь людям.

Иштар была вне себя от гнева, к тому же Энкиду, «вырвав у быка корень», бросил его ей, прорычав:

Позже в одном из снов Энкиду было сообщено, что и другие боги недовольны убийством небесного быка и Хумбабы, что они намереваются строго наказать одного из героев или даже их обоих. Энкиду впал по этому поводу в глубокую тоску, его мучили дурные сны: он видел себя призраком, изгнанным в преисподнюю, затем он снова и снова проклинал блудницу, которая сделала его настоящим человеком, так что теперь он должен будет переносить многие муки. Наконец Энкиду поразила болезнь, и он умер. Гильгамеш, охваченный безмерной печалью, сетует, проводит целые дни у ложа смерти, оплакивая друга, и медлит предать его земле:

Гильгамеш приказал сделать из драгоценного материала статую Энкиду и поставить ее на почетное место.

Страх перед смертью охватил Гильгамеша, решившего, что и ему придется последовать за своим другом в темное царство теней. Он отправился в путь искать бессмертия. Это был очень трудный путь, который привел его сначала к человеку-скорпиону, охранявшему вход и выход у ворот Шамаша. Оттуда, после жалоб и просьб получив разрешение пройти и проделав путь в двенадцать «поприщ» в полной темноте, он достиг мрачных гор. Он пришел к дому Сидури — «хозяйки богов, что живет на обрыве у моря», которая сначала затворила перед ним дверь своего дома. Гильгамеш рассказал ей, кто он, и перечислил свои подвиги. Он просил ее указать ему путь к прародителю рода людского Утнапишти. Она послала его сначала к корабельщику, который может отвезти через море к Утнапишти. Миновав множество опасностей, Гильгамеш добрался до желанной цели. Утнапишти принял его без неприязни, а жалоба Гильгамеша:

тронула его. Вняв просьбе героя, он решился рассказать ему историю своего спасения и обретения бессмертия.

Это был рассказ о всемирном потопе, во время которого все человечество было уничтожено, и только Утнапишти и его семья остались живы. После того как Утнапишти, послушавшись мудрого совета Эа, построил ковчег, на который погрузил представителей животного мира и семена растений, продовольствие и ценности, он наглухо засмолил двери ковчега. Разразилась страшная гроза. Молния, гром, буря и дождь день за днем бушевали над землей, так что даже богов охватил страх, и они сетовали и плакали на небе. Наконец, на седьмой день гроза утихла, и Утнапишти решился действовать:

Корабль Утнапишти пристал наконец к горе по названию Ницир. Спустя семь дней Утнапишти выпустил голубя, который вернулся на корабль, не найдя земли; затем он послал ласточку; наконец, пустил в полет ворона, и тот не вернулся, так как нашел сушу. Вне себя от радости, Утнапишти приготовил жертву богам, от которой боги сначала хотели отстранить Энлиля, потому что тот, неразумно вызвав потоп, погубил почти все человечество. Энлиль же признал, что поспешил с потопом, и сказал Утнапишти:

Единственный совет, который смог дать бессмертный Утнапишти ищущему бессмертия Гильгамешу, заключался в том, что тот не должен спать шесть дней и семь ночей, чтобы таким образом добиться вечной жизни. Однако герой почти мгновенно погрузился в сон. При пробуждении он никак не хотел поверить, что проспал семь дней, пока жена Утнапишти не показала ему в качестве доказательства хлебы, которые она пекла ежедневно для него. Из сострадания Утнапишти велел помыть покрытого грязью и одичавшего Гильгамеша и дать ему новые одежды. Наконец, по просьбе своей жены Утнапишти сообщил Гильгамешу следующее:

Гильгамеш тотчас же нырнул за этим цветком, который рос на дне моря, и действительно извлек его на поверхность. Велика была его радость, и он решил взять этот драгоценный цветок с собой в Урук, чтобы поделиться со своими согражданами теми благами, которые дает цветок.