Пока строился Михайловский замок, Баженов был занят другими делами.
26 февраля 1799 года особым указом императора Павла Баженов был назначен первым по времени вице-президентом Академии художеств, с жалованьем 1875 рублей в год, и — награжден орденом Анны 2-й степени.
В Академии прочно укоренилась система преподавания, введенная Бецким и не изменившаяся при графе Шуазель Гуфье — французском аристократе, который укрылся в России от революции и был пригрет Екатериной II. Какими данными обладал этот аристократ для руководства художественным образованием в России — неизвестно. Академия превратилась при нем в пансион, воспитывающий благопристойных чиновников, а не работников искусства. Даже по описанию восторженного француза аббата Жоржеля не чувствуется, что Академия являлась художественным центром и мозгом страны.
«Императорская Академия Художеств, — пишет Жоржель, — благодаря своей величине и благородству архитектуры представляет чудное зрелище, когда глядишь на нее с набережной Невы, называемой Английской. Обширные залы внутри представляют студии для изучения живописи, гравирования, лепки, рисования, архитектуры и механики с моделями для этих разнообразных искусств. В Академии живут двести человек учеников, собранных со всех губерний империи; они получают даром квартиру, стол, одежду и образование с девятилетнего возраста до восемнадцати-двадцати лет; по всем отраслям искусства имеются особые учителя; каждый ученик помещен в ту студию, где изучает искусство, к которому он чувствует призвание. Когда эти ученики оканчивают курс, они несут свои таланты на родину, где правительство дает места наиболее отличившимся из окончивших. Я присутствовал при обеде этих двухсот учеников. Они все были в обширном зале, разместившись по двадцати человек за столом; за каждым столом сидел надзиратель и служили два лакея. Ученики разделены на два класса по сотне человек в каждом. Первый — старший, второй — для менее успевающих. Тишина, порядок, благопристойность и чистота царят за этими столами. Классы различаются по цвету одежды».
Вот эту казенную, похожую на монастырь или казарму, императорскую Академию Баженов решил преобразовать и наполнить живым содержанием.
По-новому, для того времени, определяет он роль преподавателя Академии, и многие из его взглядов не утратили значения и для современности.
В докладной записке Павлу Баженов с большим мужеством критикует систему воспитания и художественного образования, считавшуюся тогда наилучшей.
Записка эта, названная Баженовым «Примечаниями», — начиналась так: «Войдя во все потребности нынешнего положения Академии Художеств, нашел я, что она по нижеследующим причинам в рассуждении переменившихся обстоятельств, во многом отошла от намерения, с каким она была основана…
Более тридцати лет уже приметно стало, — пишет Баженов, — что от Академии Художеств желаемого успеха не видать; хотя появились прямые и великого духа российские художники, оказавшие свои дарования, но цену им немногие знали и сии розы от терний зависти либо невежества заглохли; при том же признаться должно, что таковых художников было не много, а причина сему та, что мы взялись неосторожно за воспитание, не сходственное с нравами национальными, не узнавши склонности молодого человека»…
В этих строках, горьких и правдивых, чувствуется собственный опыт Баженова, которого Академия не только не поддержала, но оттолкнула от себя грубым отказом в звании профессора… И действительно — после Баженова, Воронихина, Старова, Захарова, — кого дала Академия за минувшие тридцать лет?
Первым условием реформы художественного образования Баженов считает прием в Академию художеств уже образованных и обнаруживших «врожденную склонность» к искусству людей: «Большое число малолетних детей, принимаемых в воспитательное ее училище, прежде нежели развернулась влиянная [отпущенная] природою господствующая к наукам ли, или к художествам, или к мастерствам склонность, отягощается вдруг многими и трудными понятиями в разборе разных букв иностранных языков, когда те дети не знают еще собственного своего языка. И в то же время начинают обучать их рисованию, часто против склонности их, от чего при самом начале учения показывается им горестно и делается отвращение, рождается душевная унылость… ибо хотя бы кто родился с великой способностью к одному которому-нибудь из трех знатнейших художеств, то тот его дух от трудов, летам его несоразмерных, в самом зародыше умолкает».
Баженов считал необходимым отделить Академию художеств, как высший научный и художественный центр, от собственно художественной школы, которая давала первоначальное образование. По мнению Баженова, художественное воспитание надо давать детям вне Академии, вручив им карандаш и бумагу вместо игрушки и «примечать, к чему более стремится желание их: а после таких замечаний должно вести их постепенно к цели академической, паче же всего возбуждать в них охоту к рисованию, без чего не только художником, но и ремесленником хорошим быть не можно».
Исходя из этих положений, Баженов предлагает: «Впредь не принимать малолетних в Академию Художеств, но отворить сие училище для всякого желающего спознать художества… когда успехами своими, соединенными с добронравием, откроют явную охоту и склонность, тогда, а не прежде, принимать таковых на содержание академическое и определить их к тому художеству, к которому открылась врожденная склонность».
Переходя к роли преподавателя, Баженов, исходя из своей богатой учебной практики в «архитекторской команде» и экспедициях строения Кремля и Царицына, пишет: «Для лучшего успеха профессорам должно быть всякий день в своих классах в часы учения, ибо, когда учитель не работает сам в классе, тогда ученик не может примениться к приемам учителя, «не видит, как рука его действует молотом или владеет кистью. Эстампы, гипсы и картины суть учителя немые, горячат идею, но без деятельного учения мальчик должен доходить до искусства ощупью и наконец по хорошему образцу из него выйдет холодный подражатель, но не будет он никогда мастером своего художества… с разных картин списывая копии, не будет никогда хорошим оригиналистом. Следует из всего, что все профессоры и другие разных наименований учители и мастера художеств, пользующиеся академическим жалованием, должны работу свою, какая бы она ни была, т. е. собственная или заказная, партикулярная или казенная, делать в академическом классе с такою же заботою, как в своей комнате. Сие будет тем полезнее для воспитанников, что будет кому поправлять их в рисунке и давать им мысли».
Баженов ратует также за разрешение воспитанникам Академии художеств «снимать копии с оригинальных картин и эстампов, в галлереях императорских находящихся». До этого времени дворцовые собрания и Эрмитаж были недоступны для художников. Кроме того, Баженов считает необходимым разрешить и посторонним Академии лицам выставлять свои работы на устраиваемых Академией выставках.
Подробно познакомившись с «Примечаниями», император Павел вернул их Баженову вместе с рескриптом, в котором говорилось: «С большим удовольствием вижу употребление, которое делаете вы из известных мне талантов и способностей ваших по части художеств, всякого одобрения достойное. Продолжайте таковые упражнения, вам отличную похвалу приносящие, уверяясь в том, что усердие и труды ваши мне всегда будут приятны и приобретут вам мое благоволение».
«Примечания» Баженова, производившие решительную реформу Академии художеств, получили силу законодательного акта: они вошли в «Полное собрание законов Российской империи».
К этому же периоду относится еще одно важное начинание Баженова, подтвержденное особым указом, предписывавшим Академии начать под его наблюдением сбор чертежей и проектов всех выдающихся произведений русской архитектуры.
Этот большой многотомный труд должен был содержать проекты осуществленных, а также неосуществленных строений с критическим разбором каждого.
В связи с намечавшимся изданием Академии предоставлялось право требовать от всех учреждений необходимые материалы.