Условия были мягкие. Ратные люди — московские и иноземцы, могут по усмотрению перейти на службу к королю польскому или вернуться домой. Те, кто идут домой, целуют крест, что четыре месяца не будут служить против короля. Пушки (всего 107) с припасами и оружие убитых остаются полякам. Войско выходит из острога с опущенными знаменами, с погашенными фитилями, без барабанного боя; знаменосцы идут до места, где находится король; там кладут знамена у ног короля и отступают на три шага; по знаку польского гетмана снова берут знамена; солдаты зажигают фитили, бьют в барабаны и отправляются в путь; с собой дозволено взять двенадцать пушек. 19 февраля 1634 г. Шеин с остатками войска выступил в путь. С ним шло 8056 человек; 2004 больных остались под Смоленском; для их пропитания передано 60 четвертей муки, сухарей и круп. Из русских Владиславу согласились служить только восемь человек (из них шестеро казаков), зато королю присягнула почти половина из 2140 немцев.

В Москве воевод побеждённого войска — Михаила Шеина и Артемия Измайлова, — уже ждали для допроса. Покровитель Шеина, патриарх Филарет, к тому времени умер (1633) и заступиться было некому. Бояре ненавидели Шеина за высокомерие, особенно за то, что не прочь был напомнить их трусость и нерадение во время Смуты. 18 апреля 1634 г. царь Михаил Фёдорович с боярами слушал дело о Шеине и его товарищах. Было поставлено: Шеина и Измайлова с сыном Василием казнить, а поместья их, вотчины и все имущество взять на государя; семейство Шеина сослать в понизовые города. 28 апреля осужденных отвезли за город «на пожар», место казни преступников, и там перед плахою дьяк прочитал обвинения. Первое обвинение Шеину было, что он, отправляясь на службу, пред государем «вычитал прежние свои службы с большой гордостью», а о боярах говорил, что пока он служил, «многие за печью сидели и сыскать их было нельзя». Царь для государева и земского дела не хотел его оскорбить и смолчал; бояре «не хотя государя тем раскручинить, также... смолчали».

Шеина обвинили в мешкотном переходе к Смоленску, что он потерял лучшую пору и позволил литовским людям укрепить крепость; был небрежен при нападениях неприятеля; государю всю правду не писал; приступы проводил не ночью, а днем; приказал стрелять в своих ратных людей (?); не слушал советы своих полковников; обесчестил имя государя тем, что клал перед королем царские знамена. Припомнили Шеину, что утаил от царя, как 15 лет назад, в плену, целовал крест королю не воевать против Литвы. Обвинили, что выдал врагу литовских перебежчиков. Сходные обвинения выдвинули против Арсения Измайлова. Сын его, Василий, «больше всех воровал» — на пиру с поляками говорил поносные слова: «Как может наше московское плюгавство воевать против такого монарха?» По зачтении обвинений всем троим отрубили головы.

Казнь Шеина в народе встретили по-разному. Многие помнили о его подвиге во время Смуты. Московский сын боярский рассказывал гетману литовскому Радзивиллу, что «на Москве Шеина и Измайлова казнили, и за это учинилась в людях рознь великая». Сын Михаила Борисовича, Иван, умер в ссылке, но остался внук, давший жизнь ещё одному знаменитому Шеину. Правнук казнённого воеводы, Алексей Семёнович Шеин, командующий сухопутными войсками во Втором азовском походе, в 1696 г. взял Азов. В том же году Пётр I присвоил ему звание генералиссимуса. А.С. Шеин стал первым генералиссимусом России.

Оборона Смоленска и М.Б. Шеин в литературе и истории. Во времена Смуты Смоленск служил моральным примером для московских людей. Стойкость смолян и неколебимость патриарха Гермогена соседствуют в грамотах, призывающих к борьбе с поляками. Из них наиболее художественно выразительна «Новая повесть о преславном Российском царстве и великом государстве Московском», написанная в начале 1611 г. Автор воспевает крепость града Смоленска и мужество «смольнян»: «Поревнуем и подивимся великому оному нашему граду Смоленьску, его же стояние к Западу, како в нем наша же братия... сидят, и великую всякую скорбь терпят, и ставят крепце за православную веру, и за святыя Божия церкви, и за свои души, и за всех нас, а общему нашему супостату и врагу, королю, не покорятся и не здадутся... А какое мужество показали и какую славу и похвалу снискали во всем нашем Российском государстве! Да и не только во всей нашей преславной земле, но и в иных землях... чают, что и до Рима... снискали ту же славу и похвалу». Для России Смоленск — «воистину великий град», который «все великое наше Российское государство держит».

Доблестному смоленскому дворянству посвящена «Повесть о победах Московского государства...», написанная во второй половине 1620-х годов. Автор — смоленский дворянин, участник войны с Болотниковым, похода Скопина-Шуйского и освобождения Москвы от поляков. Он хорошо осведомлен об обороне Смоленска, хотя сам не сидел в осаде. В повести с уважением упоминается Шеин, но не он является главным героем обороны Смоленска, а «смольняне». Здесь автор, отбросив дворянские симпатии, пишет обо всех горожанах и особо — о посадском человеке Иване Беляницыне, взорвавшем церковь, куда ворвались поляки, избивавшие укрывшихся там людей.

Несмотря на то что Смоленск надолго вошел в состав польско-литовского государства, в память народа чётко вошло, что Смоленск — щит России. В конце XVII в. была сложена историческая песня «Земский Собор», записанная в разных версиях на Русском Севере. Песня связана с событиями Русско-польской войны 1654—1667 гг., когда русские заняли Смоленск и Вильно, но потом поляки Вильно отвоевали. В песне царь Алексей Михайлович просит князей и бояр «думу думати» о наступлении короля Литовского на «город на Смоленец». Первым слово молвил боярин из больших бояр: «А Смоленец есть строенье не Московско, || А Смоленец есть строеньице Литовско; || Во Смоленце силы нету, казны не бывало: || Отдадим-ко мы город Смоленец». Боярин из «середних бояр» дает тот же совет. Третьим слово сказал боярин из младших бояр: «А Смоленец есть строеньице не Литовско; || А Смоленец есть строеньице Московско, || Во Смоленце силы сорок тысяч, || Казна есть бесчётна: || Нам надо постоять за Смоленец». Царь отправил его в Смоленск воеводой, а первых двух бояр приказал «сказнити».

Героизм смолян и Шеина прославляет Н.М. Карамзин в «Истории государства Российского»: «Шеин, воины его и граждане оказали более нежели храбрость: истинное геройство, безбоязненность неизменную, хладнокровную, нечувствительность к ужасу и страданию, решительность терпеть до конца, умереть, а не сдаться». Когда враги ворвались в город и устремились к храму Богоматери, где заперлись многие из граждан с семействами, то «россияне зажгли порох и взлетели на воздух с детьми, имением — и славою!... не Польша, но Россия могла торжествовать сей день, великий в её летописях». Последним, как пишет историк, сложил оружие Шеин: «Ещё один воин стоял на высокой башне с мечем окровавленным и противился Ляхам: доблий Шеин. Он хотел смерти; но пред ним плакали жена, юная дочь, сын малолетний: тронутый их слезами, Шеин объявил, что сдается Вождю Ляхов — и сдался Потоцкому».

Под влиянием «Истории» Карамзина популярный драматург начала XIX в. князь А.А. Шаховской пишет пьесу «Смольяне в 1611 году. Драматическая хроника в 5 действиях» (1829). В 1830 г. автор читал «Смольян» у Жуковского; литераторы пьесу одобрили, а Пушкин предложил опубликовать отрывок в «Литературной газете». Отрывок из пьесы был напечатан в «Театральном альманахе» (1830), но поставили её в Петербурге и Москве только в 1834 г., уже в четырех актах. В обеих столицах пьеса удержалась на сцене всего два спектакля. В пьесе Шаховского выражен трагический момент — в борьбе с врагом гибнут все русские герои. Шеина от верной смерти спасает рыцарь Новодворский — положительный образ поляка. Характерно, что Шаховской не возносит воеводу над простыми смолянами, а показывает народное единство. В ответ на слова посланника, ведущего с ним переговоры о сдаче Смоленска: « Король твой ум глубокий уважает || И видит всех граждан в тебе одном», — Шеин отвечает, — «Нет, я один ничто; но вместе с ними || Я всё: они со мной одна душа, || И ваш Король нас разлучить не в силах. || Так говори им всем или иди!»