Последний штурм. Отбушевала страшная весна 1611 г.: восставшая Москва была выжжена поляками, в свою очередь осажденными в Китай-городе и Кремле Земским ополчением, послов, Василия Голицына и Филарета, отправили пленниками в Польшу, а патриарха Гермогена заключили в Чудовом монастыре. Между тем Смоленск ещё держался, хотя большинство горожан и воинов вымерло. К началу июня в Смоленске оставалось всего 200—300 человек, способных сражаться. Воинов не хватало даже на оборону стен. «Шеин, — пишет Жолкевский, — исполнен был мужественным духом и часто вспоминал отважную смерть отца своего, павшего при взятии Сокола... участвовало тут и упорство; ибо, не имея надежды на помощь, при таком недостатке в людях и видя ежедневно смерть их, все ещё упорствовал». Поляки очень боялись неудачи. Смоленск решили штурмовать лишь когда перебежчик рассказал, что крепость почти беззащитна, и указал уязвимое место в северной части стены, где в овраге находился небольшой свод, по которому из города стекали нечистоты. Мальтийский кавалер Новодворский взялся подложить под этот свод порох и взорвать стену.
Последние дни перед штурмом поляки усиленно обстреливали крепостные стены и смогли пробить небольшую брешь. Однако штурмовать крепость решили со всех сторон. Для подъема на стены уже давно были заготовлены 80 штурмовых лестниц, «такой ширины, чтобы пять и шесть человек могли всходить рядом, а длиной, как самые высокие в лесу деревья». Вечером 2 июня четыре штурмовых отряда, по 600—700 человек в каждом, заняли исходные позиции. Ровно в полночь запорожцы тихо подошли к восточной стене, незаметно взобрались по лестницам и начали расходиться по стене, занимая башни. В это время ландскнехты проникли через брешь, пробитую пушками. Здесь их встретили несколько десятков смоленских воинов во главе с Шейным. На стене тоже завязался бой, русские рубились отчаянно, и запорожцы начали сходить со стены. Казалось, дело поляков проиграно, и тут Новодворский зажег порох, подложенный под сток в северной стене. Взрыв обрушил часть стены и в пролом устремились литовцы маршала Дорогостайского. Малочисленные защитники пали на стенах и в уличных схватках.
В Смоленске вспыхнул пожар, солдаты всех подряд грабили и убивали. Горожане пытались затвориться в Успенском соборе, где вел службу архиепископ Сергий, но озверевшие солдаты выбили двери и начали людей рубить и живых хватать. Сергия, хотевшего остановить избиение, ранили и захватили в плен. Тогда посадский Андрей Беляницын взял свечу, спустился в подвал собора и запалил бочки с порохом, весь пушечный запас. Был сильный взрыв, и множество людей, русских и поляков, побило. Король польский ужаснулся и приказал прекратить избиение горожан. Между тем Шеин с женой, маленьким сыном, воеводой Горчаковым и несколькими дворянами заперся в Коломенской башне. Ландскнехты пытались туда ворваться, но были отбиты. Шеин сам застрелил с десяток солдат. Разъяренные немцы готовились к новому приступу. Тут появился гетман Яков Потоцкий и стал призывать пощадить свои жизни и сдаться. Близкие Шеина упрашивали его, и раненый воевода, наконец, согласился.
Урожай польской победы. Сигизмунд встретил Шеина сурово. Его подвергли допросу и, как утверждает «Новый летописец», пытке. Последнее сомнительно: Михаил Борисович был боярского рода, герой в глазах поляков, вдобавок раненый. Его могли держать в оковах и изводить допросами, но не пытать, ибо это нарушало привилегии знатных, на чём держалась Речь Посполитая. При всей ненависти к Шеину Сигизмунда магнаты пыток бы не допустили. Шейным восхищался сын Сигизмунда, Владислав, а геройский кавалер Новодворский стал его другом. Во время допроса воеводу спросили: «Кто ему советовал и помогал так долго держаться в Смоленске?» Шеин отвечал: «Никто особенно, потому что никто не хотел сдаваться». Ответ Шеина содержит и ключ к отгадке, почему Россия выстояла в страшном 1611 г. Ведь поляки и их приспешники захватили Москву и пол-России, а шведы — Новгородчину. Но именно тогда до народа дошло, что перед ними захватчики, а не помощники правильного царя. А против захватчиков русские неодолимы.
Для смолян нужды в прозрении не было: как жители пограничья, они знали хищнические интересы поляков, знали, что такое воинствующий католицизм и не верили словам Сигизмунда о защите православной веры. Поляки, ссылаясь на перебежчиков, писали, что Шеин силком всех принуждает терпеть муки осады. На самом деле сами смоляне не хотели сдавать крепость. Их массовое непокорство польскому королю подтверждают факты. После штурма в Смоленске осталось около четырех тысяч жителей. Король Сигизмунд разрешил уйти всем, кто не хочет перейти на королевскую службу. Почти все и ушли. Так же поступили жившие в поместьях дворяне Смоленской и Северской земель. Весной 1611 г. они собрали ополчение, чтобы «Смоленску помощь учинити и полского короля отогнати». На подавление восстания король «посла роты и повеле дворян побивати». Но тут пал Смоленск, и дворянам оставалось присягнуть Сигизмунду и сохранить поместья либо нищими уйти в разоренное Московское государство. Смоленские дворяне предпочли уйти. Как пишет Б.Ф. Флоря: «По окончании Смуты на королевской службе осталось не более десятка смоленских детей боярских».
Осада Смоленска дорого стоила Сигизмунду — погибло две трети армии (по некоторым оценкам, свыше 30 тыс. человек). Больше других пострадали ударные части: из 2000 немецких ландскнехтов уцелело меньше 400. Оставшиеся в живых солдаты желали вернуться домой, к тому же у Сигизмунда кончились деньги. Король сдал командование остатками войск Карлу Ходкевичу и вернулся в Варшаву принимать триумф но поводу взятия Смоленска, пленения Шуйского и победы над Россией.
Печальный конец воеводы Михаила Шеина. Шеин провел в плену девять лет. Сына его держал при себе Сигизмунд, а жену и дочь — канцлер Лев Сапега. В плену Михаил Борисович близко сошелся с митрополитом Филаретом, отцом царя Михаила Романова. По Деулинскому перемирию их обоих в 1619 г. вернули в Россию. Филарет стал патриархом и фактическим правителем страны, а Шеин — одним из придворных бояр. В 1628—1632 гг. он возглавлял Пушкарский приказ. В июне 1632 г. истекал срок Деулинского перемирия, и Россия готовилась к реваншу, чтобы вернуть Смоленскую и Северскую земли. Как по заказу, в апреле 1632 г. умер король Сигизмунд III, и в Речи Посполитой наступило бескоролевье. Царь Михаил Фёдорович и Дума решили не терять время и приговорили начать войну. Главным воеводой назначили боярина Михаила Шеина.
В августе 1632 г. русское войско перешло границу Речи Посполитой и в октябре — декабре овладело многими городами Смоленщины и Северщины. Из-за распутицы и медленного подвоза припасов 32-тысячное войско Шеина подошло к Смоленску только в конце января 1633 г. Промедление позволило полякам подготовить крепость к осаде. Осада Смоленска русскими во многом повторяла его осаду поляками в 1609—1611 гг. Осажденные держались стойко и два приступа (в мае и июне) были отбиты. Между тем в феврале 1633 г. закончилось бескоролевье в Речи Посполитой — королем был выбран сын Сигизмунда III Владислав IV. Король спешно собирал армию и, чтобы выиграть время, подговорил запорожцев и крымского хана совершить в июле набег на Южную Россию. Обеспокоенные дворяне южных земель тысячами покидали войско Шеина и возвращались охранять близких. Собрав армию в 23 тыс. человек, Владислав в августе 1633 г. блокировал русских под Смоленском. Воевода обратился в Москву за помощью: помощь обещали, но так ничего не сделали. Шеин дал несколько сражений Владиславу, но не смог снять блокаду.
Наступила зима. Голод и холода расшатали мораль московского войска, особенно наёмников; начались болезни. Зная о бедственном положении русских, Владислав послал Шеину грамоту, с увещанием обратиться к его милости, а не гибнуть от меча и болезни; воевода возвратил грамоту без ответа, указав, что в ней «непригожие речи». Шеин написал царю о возможности заключения перемирия, на что Михаил Фёдорович согласился. 1 февраля 1634 г. царь получил от Шеина последнюю отписку, что ему и ратным людям от польского короля утеснение и в хлебных запасах и в соли оскуденье большое. На этот раз царские войска в Можайске и Калуге получили приказ о выступлении под Смоленск. Но было поздно: 16 февраля 1634 г. Шеин заключил с Владиславом договор о сдаче.